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##########################     Trinity PBS job submission with multi part dependencies    ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### Inchworm P1 script
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if [[ $MEM_P1 =~ ^([0-9]+) ]]; then
        let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
	JM_MEM="$MEM_BASE"G
else
	echo No memory given for kmer counter: "$MEM_P1"
	exit 1
fi

JOBSTRING1=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"

    cd "$OUTPUTDIR"
    export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P1"
    export KMP_AFFINITY=compact
    # this runs Inchworm only
    "$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$JM_MEM" --CPU "$NCPU_P1" --no_run_chrysalis
"
# Write the JOBSTRING1 to a file for later execution
echo "${JOBSTRING1}" | cat -> ""$JOBNAME1".sh"