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##########################     Trinity PBS job submission with multi part dependencies    ########################################
##########################                                                                ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### QuantifyGraph p4b Script
##################################################################################################################################

JOBSTRING4b=""$HASHBANG"
 "$NODESCPUS"
 if [[ ! \$JOB_INDEX_PADDED ]];then
	echo \"Error: not a proper submission\"
	exit 255
 fi
 echo \"Processing quantifyGraph_commands index \$JOB_INDEX_PADDED \"
 cd "$OUTPUTDIR"
 export OMP_NUM_THREADS=1
 COREFILENAME=""$OUTPUTDIR"/chrysalis/quantifyGraph_commands.pbs"
 MYJOBQ=\$COREFILENAME.\$JOB_INDEX_PADDED
 JOB_FILESIZE=\$(stat -c%s \"$MYJOBQ\")
 if [ -s \"\$MYJOBQ.completed\" ] ; then
	JOB_COMPLETED_FILESIZE=\$(stat -c%s \"\$MYJOBQ.completed\")
	if [ \"\$JOB_FILESIZE\" != \"\$JOB_COMPLETED_FILESIZE\" ] ; then
        	trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBQ Chrysalis QuantifyGraph processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
	        "$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly  -CPU "$NCPU_P4" -v -failed_cmds \$MYJOBQ.failed -c \$MYJOBQ
        	trap - INT TERM EXIT
	fi
 else
        	trap \" echo \\\"Please check \$MYJOBQ Chrysalis QuantifyGraph processes had enough walltime.\\\"; exit 255 \" INT TERM
	        "$TRINITYPATH"/trinity-plugins/parafly/bin/ParaFly -CPU "$NCPU_P4" -v -failed_cmds \$MYJOBQ.failed -c \$MYJOBQ
        	trap - INT TERM EXIT
 fi

 sleep 30 # IO friendship for following butterfly job - sometimes butterfly fails to find output if io is overwhelmed
 exit

"
# Write the above script to a file for later execution
echo "${JOBSTRING4b}" | cat -> "$JOBPREFIX"_p4b.sh