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##########################     Trinity PBS job submission with multi part dependencies    ########################################
##########################                                                                ########################################
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### Author: Josh Bowden, Alexie Papanicolaou, CSIRO
### Version 1.0
### Chrysalis P2 script
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if [[ $MEM_P2 =~ ^([0-9]+) ]]; then
        let MEM_BASE="${BASH_REMATCH[1]}"
        let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-5
        if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
                let ALIGN_MEM=$MEM_BASE-2
                if [ $ALIGN_MEM -le 0 ];then
                        echo "Memory requested for MEM_P2 is too low. Ask for at least 5 gigabytes"
                        exit 1
                fi
        fi
        ALIGN_MEM="$ALIGN_MEM"G
else
        echo No memory given: "$MEM_P2"
        exit 1
fi


JOBSTRING2=""$HASHBANG"
"$NODESCPUS"
 cd "$OUTPUTDIR"
 # set stack size to unlimited for Chrysalis (part 1)
 ulimit -s unlimited
 export OMP_NUM_THREADS="$NCPU_P2"
 export KMP_AFFINITY=scatter
 # this runs Chrysalis::GraphFromFasta and maybe Chrysalis::GraphFromFasta if there is still walltime
 "$STANDARD_JOB_DETAILS" --JM "$ALIGN_MEM" --CPU "$NCPU_P2" --no_run_quantifygraph
"


# Write the JOBSTRING2 to a file for later execution
echo "${JOBSTRING2}" | cat -> ""$JOBNAME2".sh"