#NEXUS begin data; dimensions ntax=30 nchar=1456; format datatype=dna interleave=yes missing=? gap=-; matrix Anolis_ahli ATGAGCCCAATAATATACACAATTATACTATCAAGCCTAGCAACAGGCACTATCGTTACCATAACGAGCTACCACTGACTCCTAGCCTGAATCGGACTAGAAATAAACACTTTATCAATTATTCCAATTATTTCTACCATACACCACCCACGATCAACAGAGGCCGCCACAAAATACTTTTTAACACAAGCAGCGGCTTCTGCCATAATCTTGTTTTCAAGCATAATTAACGCCTGACAAACCGGATCAT Anolis_aliniger ATGAGCCCTACAGTTTATTCAATTATTTTGTCAAGCCTACCAACAGGCACAGTTATTACTATAACCAGCTACCATTGATTAATAGCCTGAGTCGGGCTAGAAATTAACACACTCGCAATTATTCCTGTTGTTTCAATACAACATCACCCACGGTCCACAGAAGCCGCCACAAAATATTTTCTAACACAAGCAGCAGCCTCCGCCTTAATTCTATTTGCTAGCACAACTAACGCCTGATCAACGGGCACAT Anolis_alutaceus ATGAACCCAACAATTATTATAATTACCCTAACCAGCCTGGCAACTGGTACAGTTATTACCATACATAGCTTCCATTGATTAATGGCCTGA?TCGGATTAGA?ATCAATACACTATCAATTATTCCAATAATTTCAACATTACACCACCCACGATCAACTGAAGCTGCTACAAAATATTTCCTCACCCAAGCAGCTGCTTCA?CTTTAATCCTTTTTTCAAGCACAATTAATGCCTGACAAACAGGATCAT Anolis_angusticeps 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Anolis_brevirostris TAGCCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTATT--GGGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGACGTAA----AACACCTCGAGGCTAT-----GATAAAGAAAGGACTTGAACCAATATGGGTAGGTTTACAGCCTACCACCT-AAACCTCGGTCACTTTACCTGTGTCTATTAATCGTTGA Anolis_coelestinus AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCCTTTA--GGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGATGTGG----AACACCCCAGGACTT------GATGAGGAAGGGAATTAAACCCCTGTTAATGAGTCTACAGCTCACCACCT-AACACTCGGCCACCTTACCTGTGTCTA??????????? Anolis_cristatellus AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCAATA?--GGGCT?GCTTTCAAA?TTGCATTTTGACGTGA----AATACTACAGGACTCGT----AGTAAAGAAAGGGTTTAAA?CAATATAAA?AGATTTACA?GCTACCGCCT-AA?AGTCAGCCACTTTACCTGTGTCCATTAAGCGTTAA Anolis_cuvieri AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGGCCCGGAGCCCTTTT--GGGCTCTTCTTCAAATTTGCATTTTGACGTGAA----ACACTTCAGGACTTT-----GATAAAGAAGGGAATTAAACCAATGTAAGTAGGACTACAGCCTACCGCCT-AACATTCGGCCACTTTACCTGTGTTTATTAATCGTTGA Anolis_distichus TAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCCTTTT--GGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGACGTAA----AACACCTCGAGGCTTT-----GATAAAGAAAGGGCTTCAACCAATATAAATAAGTTTACAACTTACCGCCT-AAATTTCGGCCACTTTACCTGTGTTCATTAATCGTTGA Anolis_equestris AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCCTATT-GGGGCTCTTTTTCAAACTTGCATTTTGACGTGA----AACACTTCAGGGCTTT-----GATAAGAAAAGGAATTAAACCTAT??????AGGACTACAGCCTACCGCCT-AACACTCAGCCATCTTACCTGTGTCTATTAACCGTTA? Anolis_garmani AATCCAGCGGGCTTCTCTTTAGCTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCC?GGGCCCTTTA--GGGCTCTTTTTCAAACTTGCATTTTGATGTGA----ATCACTTCAGAGCTGT-----GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTAAA??GGTCTACAGCCTACCGCCT-AACATTCGGCCACTTTACCTGTGTCTATTAATCGTT?? Anolis_grahami AATCCACGGG?CTTCTATTTAGCTTCTCCCGTACGGGA--AAG?CCCGGAGCCCTTTA--GGGCTCTTTTTCAAACTTGCATTTTGATGTGG----ATCACTTCAGGGCTGT-----GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTAAATAGGACTACAGCCTACCGCCT--ACATTCGGCCACTTTACCTGTGTTCATTAATCGTT?? Anolis_insolitus TAACCAGCGGGCTTTTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AA??C?CGGAGCCTTTTT--GGGCTCCTTTTCAAACTTGCATTTTGACGTGA----AGCACTTCGGGACTTT-----GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTAAATAGGACTACAGCCTACCGCCT-AGCACTCGGCCACTTTACCTGTGTTTATT????????? Anolis_krugi ATTCCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCCCTTA--GGGCTCTTTTTCAAACTTGCATTTTGACGTGA--AAGCCACTTCAAGGCTGT-----GACAAAGAAAGGATTCAAACCAATATAAGTAAGTTTACAGCCTACCGCCT-AATATTCGGCCACTTTACCTGTGTCTATTAATC????? Anolis_lineatopus AAGCCAGCGGGCTTCTATTTG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTTTAA--GGGCTCCTTTTCAAACTTGCATTTTGATGTGA----ATCACTTCGGGGCTGT-----GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTAAATAGGACTACAGCCTACCGCCT-ACCATTCGGCCACTTTACCTGTGTTTATTAATCGTTGA Anolis_loysiana TAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTTTTA--TGGCCCTTCTTCAAACTTGCATTTTGACGTGAA---AACACTACGAGACTCT-----GATAAAGAAAGGAATCAAACCAGTGTAAGTAGGTCTACAGCCTACCGCCT-AACATTCGGCCACTTTACCTGTGTTTATTTACCGTTGA Anolis_luteogularis AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCC-TATT-GGGGCTCTTTTTCAAACTTGCATTTTGACGAGA----AACACTTCAGGGCTTT-----GATAAGAAAAGGAATTAAACCTATGTAAATAGGACTACAGCCTACCGCCT-AACACTCGGCCATCTTACCTGTGTCTATCAATCGTTGA Anolis_marcanoi AAACCAGCGGGCTTCAATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTTTTA--GGGCTCATCTTTAAATTTGCATTTTAACGTAT----AACACCTCGGGACTTT-----GATAAAGAAGGGG-TTTAGCCCTCATGGGTGGAGCTACAAGCCACCGCCT-ATTATTCGGCCACTTTACCTGTGTTTTTTACTCGTTGA Anolis_occultus AAACCAGCGGGCTTCTACTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCC-TTTT-GGGGCTCCTTTTCAAACTTGCATTTTGACGTGAA---AACACTTCGAGACTTT-----AATAAG?AAAGGAATCAAACCCC?G?AAATAGGACTACAGCCTACCGCCT-AACACTCGGCCACCTTACCTGTGTCTATTAATCGTTA? Anolis_olssoni AAACCAGCGGGCTTCTACTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCGTTT--GGGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGATGTGA----AACACTTCGGGACTTT-----GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTTAATAGGACTACAGCCTACTGCCT-ATCATTCGGCCACTTTACCTGTGTTCATTAAT?????? Anolis_ophiolepis AAACCAGCGGGCTTCCATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTTTTA--GGGCTCCTCTTCAAACTTGCATTTTGATGTGG----GTCACTTCGGGGCTTT-----GATAAAGAAAGGAATTGAACCAATGTTAGTAGGACTACAGCCTACCGCCT-ATTACTCAGCCACTTTACCTGTGTCTATTAATCGTTGA Anolis_paternus AAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCC-TTTA--GGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGATGTGGA----ACACTTCGGGACTTT-----GATAAATAAAGGAATTA?ACCAATGTAAATAGGACTACAGCCTACTGCCT-AACACTCGGCTACTTTACCCGTGTTTATTAACCGTTAT Anolis_sagrei AAACCAGCGGGCTTCCATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AA????CGGAGCCTTTTA--GGGCTCCTTTTCAAACTTGCATTTTGACGTGG----GTCACTTCGGGGCTTT-----GATAAAGAAAGGAATTGAACCAATGTTAGTAGGACTACAGCCTACCGCCT-ATCACTCGGCCACTTTACCTGTGTCTATTAATCGTTGA Anolis_strahmi AAACCAGCGGGCTTCAATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCCTTTTA--GGGCTCATCTTTAAACTTGCATTTTAATGTAGT---AACACTTCGGGGCTTT-----GGTACAGAAAGGAATT-AACCAATGTGAGTAGGACTACAGCCTACCGCCT-GACATTCGGCCACTATACCTGTGTACCTTAATCGTTGA Anolis_stratulus TAACCAGCGGGCTTCTATTCG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCC-TTTA--AGGCTCTTCTTCAAACTTGCATTTTGACGTGA---AAACACTACAGGGCTTTT----AGTAAAGAAAGGGATTAAACCAATGTAAGTAAGTTTACAGCTTACCGCCT-AACACTCAGCCACTTTACCTGTGTTTATTAATCGTTGA Anolis_valencienni AAACCAGAGGGCTTCCATTTG-CTTCTCCCGTACGGGAG-AACCCC?GGAGCCTTTCA--GGGCTCATTTTCAAACTTGCATTTTGATGTGA----ATCACTTCGGGGCT-------GATAAAGAAAGGAATTAAACCAATGTAAATAGGACTACAGCCTACCGCCT-ACCATTCGGCCACTTT?????????????????????? Anolis_vanidicus AAACCAGCGGGCTTCAATTCTGCTTCTCCCGTACGGGAG-AAGCCCCGGAGCC-TTTA-GGGGCTCTTCTTCAAACTTGCAATTTGACGTAA----GTCACTTCGGAGCTGT---GTGATAAAGAAAGGAATTAAACCAATATTAGTAGGACTACGGCCTACCGCCT-ATCATTCGGCCACTTTACCAGTGTTTATTAATCGTTGA Diplolaemus_darwinii AAACCAGCGGGCTTCTATCCG-CTTCTCCCGCACGGGAG-AA??CCCGGAGCCCTTTAT-GGGCTC---TTCAAATTTGCATTTTGACGTGCT---TACACCACAGGACTTT-----GATAAAAAGAGGAGTTAAACCCCTGTAAATAGGACTACAGCCTACCTCCTAAACGCTCGGCCATTTTACCTGTGTTTATTAA??????? ; end; begin mrbayes; [The following line sets up a GTR model with gamma-distributed rate variation and a proportion of invariant sites. Note that proportion of invariants, gamma shape (alpha), revmat rates and state frequencies will all be estimated automatically using the default priors unless you specify otherwise using prset. The starting values are set arbitrarily for substitution model parameters and it normally makes little sense to override this behavior by forcing specific values onto any parameter.] lset nst=6 rates=invgamma; end;