HMMBuildDialog ... ... HMM Build Построение HMM профайла Multiple alignment file: Файл множественного выравнивания: File to save HMM profile: Файл HMM профайла: Expert options Дополнительные опции Name can be any string of non-whitespace characters (e.g. one ”word”). Удобное для человека имя профайла, не должно содержать пропусков. Name this HMM: Имя HMM профайла: By default, the model is configured to find one or more nonoverlapping alignments to the complete model: multiple global alignments with respect to the model, and local with respect to the sequence По умолчанию, профайл настраивается на поиск одного или более неперекрывающихся выравниваний к полной модели: множественные выравнивания глобальные относительно профайла, локальные относительно последовательности Default (hmmls) behaviour: Стандартное поведение (hmmls): Configure the model for finding multiple domains per sequence, where each domain can be a local (fragmentary) alignment. This is analogous to the old hmmfs program of HMMER 1. Профайл настраивается на поиск множественных доменов, каждый из которых может быть локальным (фрагментарным) выравниванием. Это аналог программы hmmfs пакета HMMER 1. Emulate hmmfs behaviour: Эмуляция hmmfs: Configure the model for finding a single global alignment to a target sequence, analogous to the old hmms program of HMMER 1. Профайл настраивается на поиск единственного глобального выравнивания в целевой последовательности. Это аналог программы hmms пакета HMMER 1. Emulate hmms behaviour: Эмуляция hmms: Configure the model for finding a single local alignment per target sequence. This is analogous to the standard Smith/Waterman algorithm or the hmmsw program of HMMER 1. Профайл настраивается на поиск единственного локального выравнивания в целевой последовательности. Это аналог стандартного алгоритма Смита-Ватермана или программы hmmsw пакета HMMER 1. Emulate hmmsw behaviour: Эмуляция hmmsw: HMMBuildWorker Fix the length of the random sequences to <n>, where <n> is a positive (and reasonably sized) integer. <p>The default is instead to generate sequences with a variety of different lengths, controlled by a Gaussian (normal) distribution. Фиксированная длина случайных последовательностей, положительное число разумной величины. По умолчанию, генерируются последовательности с нормальным (Гауссовым) распределением по длине. Mean length of the synthetic sequences, positive real number. The default value is 325. Средняя длина синтетических последовательностей. Положительное число, 325 по умолчанию. Number of synthetic sequences. If <n> is less than about 1000, the fit to the EVD may fail. <p>Higher numbers of <n> will give better determined EVD parameters. <p>The default is 5000; it was empirically chosen as a tradeoff between accuracy and computation time. Количество синтетических последовательностей. Значение по умолчанию (5000) было эмпирически определено как компромисс между точностью и временем вычисления. Standard deviation of the synthetic sequence length. A positive number. <p>The default is 200. Note that the Gaussian is left-truncated so that no sequences have lengths <= 0. Стандартное отклонение длины синтетической последовательности. Должно быть больше нуля, по умолчанию 200. The random seed, where <n> is a positive integer. <p>The default is to use time() to generate a different seed for each run, <p>which means that two different runs of hmmcalibrate on the same HMM will give slightly different results. <p>You can use this option to generate reproducible results for different hmmcalibrate runs on the same HMM. Случайная затравка положительным целым числом. По умолчанию используется текущее время в миллисекундах для каждого запуска,что приводит к небольшим и незначительным различиям при каждой калибровке одного и того же профайла. Вы можете использовать эту опцию для получения воспроизводимых результатов калибровки. HMMCalibrateDialog HMM file: Файл c HMM профайлом: ... ... Expert options Дополнительные опции Fix the length of the random sequences to n , where n is a positive (and reasonably sized) integer. The default is instead to generate sequences with a variety of different lengths, controlled by a Gaussian (normal) distribution. Фиксированная длина случайных последовательностей, положительное число разумной величины. По умолчанию, генерируются последовательности с нормальным (Гауссовым) распределением по длине. Fix the length of the random sequences to: Фиксированная длина случайных последовательностей: Mean length of the synthetic sequences: Средняя длина последовательностей: Number of synthetic sequences. If n is less than about 1000, the fit to the EVD may fail Higher numbers of n will give better determined EVD parameters. The default is 5000; it was empirically chosen as a tradeoff between accuracy and computation time. Количество синтетических последовательностей. Значение по умолчанию (5000) было эмпирически определено как компромисс между точностью и временем вычисления. Number of synthetic sequences: Количество последовательностей: Standard deviation of the synthetic sequence length. A positive number. The default is 200. Note that the Gaussian is left-truncated so that no sequences have lengths less or equal 0. Стандартное отклонение длины синтетической последовательности. Должно быть больше нуля, по умолчанию 200. Standard deviation: Стандартное отклонение: The random seed, where n is a positive integer. The default is to use time() to generate a different seed for each run, which means that two different runs of hmmcalibrate on the same HMM will give slightly different results. You can use this option to generate reproducible results for different hmmcalibrate runs on the same HMM. Случайная затравка положительным целым числом. По умолчанию используется текущее время в миллисекундах для каждого запуска,что приводит к небольшим и незначительным различиям при каждой калибровке одного и того же профайла. Вы можете использовать эту опцию для получения воспроизводимых результатов калибровки. Random seed: Случайная затравка: Save calibrated profile to file Сохранить откалиброванный HMM профайл Save calibrated profile to file: Сохранить откалиброванный HMM профайл: HMM Calibrate Калибровать HMM профайл Mean length of the synthetic sequences, positive real number. The default value is 325. Средняя длина синтетических последовательностей. Положительное число, 325 по умолчанию. HMMSearchDialog HMM Search Поиск HMM сигналов в последовательности File with HMM profile: Файл HMM профайла: ... ... Expert options Дополнительные опции E-value filtering can be used to exclude low-probability hits from result. Отбрасывание результатов по Е-величине помогает исключить мало-вероятные сигналы. Filter results with E-value greater then: Отбрасывать результаты с Е-величиной более: Score based filtering is an alternative to E-value filtering to exclude low-probability hits from result. Помогает исключить мало-вероятные сигналы. Filter results with Score lower than: Отбрасывать результаты с итоговой суммой меньше: Calculate the E-value scores as if we had seen a sequence database of <n> sequences. Считать Е-величину как если бы имелась база из <n> последовательностей. Number of sequences in dababase: Количество последовательностей в базе: Variants of algorithm Версии алгоритма 1E 1e Algorithm Алгоритм Calculate the E-value scores as if we had seen a sequence database of &lt;n&gt; sequences. Считать Е-величину как если бы имелась база из <n> последовательностей. QObject HMM Profile Профайл HMM U2::GTest_uHMMERCalibrate uhmmer-calibrate-subtask Калибровка HMM профайла U2::HMM2QDActor HMM2 HMM2 QD HMM2 search Искать сигналы HMM2 Power of e-value must be less or equal to zero. Using default value: 1e-1 Степень e-value должна быть меньше или равна нулю. Исползутся значение по умолчанию: 1е-1 Searches HMM signals in a sequence with one or more profile HMM2 and saves the results as annotations. Поиск HMM сигналов в последовательности, используя один или несколько HMM2 профилей и сохранение результирующих аннотаций. Profile HMM Профиль HMM Semicolon-separated list of input HMM files. Список входных HMM-профилей, разделенных точкой с запятой. Min Length Мин длина Minimum length of a result region. Мин длина результирующего региона. Max Length Макс длина Maximum length of a result region. Максимальная длина результируюшего региона. Filter by High E-value Фильтрация по высокому Е-значению Reports domains &lt;= this E-value threshold in output. Возвращать результаты &lt;= данного E-value (математическое ожидание). Filter by Low Score Фильтрация по низкому score Reports domains &gt;= this score cutoff in output. Возвращать результаты &lt;= данного score (веса). Number of Sequences Число последовательностей Specifies number of significant sequences. It is used for domain E-value calculations. Число значимых последовательностей. Используется для вычисления E-value. U2::HMMADVContext Find HMM signals with HMMER2... Поиск с помощью скрытой марковской модели (HMMER2)... Error Ошибка No sequences found Не выбрана последовательность U2::HMMBuildDialogController Build Построить Close Отмена Select file with alignment Выберете файл с выравниванием Select file with HMM profile Выберете файл с HMM профайлом Incorrect alignment file! Некорректный файл выравнивания! Incorrect HMM file! Укажите файл с HMM профайлом! Error Ошибка Starting build process Начинается построение Hide Скрыть Cancel Отмена HMM build finished with errors: %1 Построение HMM профайла завершилось с ошибкой: %1 HMM build canceled Построение HMM профайла отменено HMM build finished successfuly! HMM профайл успешно построен! Progress: %1% Прогресс: %1% HMM models Профайлы HMM U2::HMMBuildTask Build HMM profile '%1' Построение HMM профала '%1' Multiple alignment is empty Выравнивание не содержит данных Multiple alignment is of 0 length Выравнивание длины 0 Invalid alphabet! Only amino and nucleic alphabets are supported Неподдерживаемый тип алфавита Error creating MSA structure Недостаточно памяти для построения выравнивания U2::HMMBuildToFileTask none нет Build HMM profile '%1' -> '%2' Построение HMM профайла '%1'->'%2' Error reading alignment file Ошибка чтения файла Build HMM profile to '%1' Построение HMM профайла '%1' Incorrect input file Неправильный входной файл Alignment object not found! Объект выравнивания не найден! Source alignment Исходное выравнивание Profile name Имя профайла Task was not finished Задача была не завершена Profile file Файл Expert options Дополнительные опции U2::HMMCalibrateDialogController Calibrate Калибровать Close Закрыть Select file with HMM model Выбор HMM профайла для калибровки Incorrect HMM file! Не указан файл c исходным HMM профайлом! Illegal fixed length value! Некорректное значение фиксированной длины последовательностей! Invalid output file name Не указан файл для сохранения результата Error Ошибка Starting calibration process Начинается калибровка Hide Скрыть Cancel Отмена Calibration finished with errors: %1 Калибровка завершена с ошибкой: %1 Calibration was cancelled Калибровка отменена Calibration finished successfuly! Калибровка успешно завершена! Progress: %1% Прогресс: %1% HMM models Профайлы HMM U2::HMMCalibrateParallelSubTask Parallel HMM calibration subtask Подзадача параллельного калибрования U2::HMMCalibrateParallelTask HMM calibrate '%1' HMM калибровка '%1' U2::HMMCalibrateTask HMM calibrate '%1' HMM калибровка '%1' U2::HMMCalibrateToFileTask HMM calibrate '%1' HMM калибровка '%1' Source profile Исходный профайл Task was not finished Задача была не завершена Result profile Файл результата Expert options Дополнительные опции Number of random sequences to sample Кол-во случайных синтетических последовательностей Random number seed Затравка Mean of length distribution Средняя длина синтетических последовательностей Standard deviation of length distribution Стандартное отклонение средней длины Calculated evidence (mu , lambda) Вычисленная вероятность (мю, лямбда) U2::HMMCreateWPoolTask Initialize parallel context Инициализация контекста U2::HMMIO Illegal line Ошибка формата File format is not supported Формат не поддерживается Invalid file structure near %1 Некорректная структура файла вблизи "%1" ALPH must precede NULE in HMM save files ALPH must precede NULE in HMM save files Value is illegal: %1 Некорректное значение: "%1" Alphabet is not set Не установлен алфавит Value is not set for '%1' Не установлено значение для "%1" No '//' symbol found Не найден маркер конца структуры: '//' HMM models Профайлы HMM U2::HMMMSAEditorContext Build HMMER2 profile Построить профиль с помощью HMMER2 U2::HMMReadTask Read HMM profile '%1'. Чтение HMM профайла '%1'. U2::HMMSearchDialogController Select file with HMM model Выбор HMM профайла для калибровки HMM file not set! Укажите файл с HMM профайлом! Error Ошибка Cannot create an annotation object. Please check settings Невозможно создать аннотацию. Проверьте настройки Starting search process Начинается поиск Hide Скрыть Cancel Отмена HMM search finished with error: %1 Построение HMM профайла завершилось с ошибкой: %1 HMM search finished successfuly! HMM профайл успешно построен! Progress: %1% Прогресс: %1% Cell BE optimized Оптимизирован для Cell BE Search Поиск Close Закрыть SSE optimized Оптимизирован для SSE Conservative Стандартный U2::HMMSearchTask HMM Search Поиск HMM Invalid HMM alphabet! Неправильный алфавит HMM профайла! Invalid sequence alphabet! Неправильный алфавит последовательности! Amino translation is not available for the sequence alphabet! Не найдена таблица аминокислотной трансляции для выбранной последовательности! Parallel HMM search Параллельный поиск HMM сигналов HMM search with '%1' Поиск с HMM профайлом '%1' U2::HMMSearchToAnnotationsTask HMM search, file '%1' HMM поиск, файл '%1' RAW alphabet is not supported! Неправильный алфавит последовательности! Annotation object was removed Объект аннотаций был удалён HMM profile used Использованный HMM профайл Task was not finished Задача была не завершена Result annotation table Таблица аннотаций результата Result annotation group Группа аннотаций результата Result annotation name Имя аннотаций результата Results count Количество найденных регионов U2::HMMWriteTask Write HMM profile '%1' Запись HMM профайла '%1' U2::LocalWorkflow::HMMBuildPrompter For each MSA from <u>%1</u>, Для каждого выравнивания из <u>%1</u>, and calibrate и калибровать default настройки по умолчанию custom выбранные настройки %1 build%2 HMM profile using <u>%3</u> settings. %1 построить%2 HMM профайл используя <u>%3</u>. U2::LocalWorkflow::HMMBuildWorker Built HMM profile Построен профайл HMM Calibrated HMM profile Откалиброван профайл HMM HMM2 Build Построение профиля с помощью HMMER2 HMM profile Профайл HMM HMM strategy Стратегия HMM Specifies kind of alignments you want to allow. Выбор типа искомого выравнивания. Profile name Имя профайла Descriptive name of the HMM profile. Описательное имя целевого профайла HMM. Calibrate profile Калибровать Parallel calibration Параллельная калибрация Fixed length of samples Фиксированная длина сэмплов Mean length of samples Средняя длина сэмплов Number of samples Число сэмплов Standard deviation Стандартное отклонение Random seed Затравка HMM Build Построение HMM профайла Default По умолчанию Incorrect value for seed parameter Некорректное значение для параметра затравки Schema name not specified. Using default value: '%1' Не задано имя схемы. Использовано значение по умолчанию: '%1' Input MSA Входное выравнивание Input multiple sequence alignment for building statistical model. Множественное выравнивание последовательностей для построения статистической модели. Produced HMM profile Произведённый профайл HMM Enables/disables optional profile calibration.<p>An empirical HMM calibration costs time but it only has to be done once per model, and can greatly increase the sensitivity of a database search. Включить/выключить калибрацию профайлов. <p>Однократная калибрация случайными синтетическими последовательностями занимает некоторое время, но может существенно улучшить чувствительность поиска. Number of parallel threads that the calibration will run in. Число потоков для параллельной калибрации. Builds a HMM profile from a multiple sequence alignment.<p>The HMM profile is a statistical model which captures position-specific information about how conserved each column of the alignment is, and which residues are likely. Строит профайлы HMM по входящим множественным выравниваниям. U2::LocalWorkflow::HMMLib HMMER2 Tools Инструменты HMMER2 (скрытые марковские модели) HMM Profile Профайл HMM HMM profile Профайл HMM Location Адрес Read HMM2 Profile Чтение профиля HMM2 Write HMM2 Profile Запись профиля HMM2 Input HMM profile Входной профайл HMM Location hint for the target file. Адрес файла для записи. Saves all input HMM profiles to specified location. Сохраняет все входящие профайлы HMM в указанный файл. Reads HMM profiles from file(s). The files can be local or Internet URLs. Считывает профайлы HMM из одного или нескольких файлов. Файлы могут быть локальными или адресами Интернет. Loaded HMM profile Загруженный профайл HMM U2::LocalWorkflow::HMMReadPrompter Read HMM profile(s) from %1. Загрузить HMM профайл(ы) из %1. U2::LocalWorkflow::HMMReader Loaded HMM profile from %1 Загружен HMM профайл из %1 U2::LocalWorkflow::HMMSearchPrompter For each sequence from <u>%1</u>, Для каждой последовательности из <u>%1</u>, Use <u>default</u> settings. Использовать настройки <u>по умолчанию</u>. Use <u>custom</u> settings. Использовать <u>указанные</u> настройки. %1 HMM signals%2. %3<br>Output the list of found regions annotated as <u>%4</u>. %1 HMM сигналы%2. %3<br>Выдать список найденных регионов аннотированных как <u>%4</u>. using all profiles provided by <u>%1</u>, со всеми профайлами из <u>%1</u>, U2::LocalWorkflow::HMMSearchWorker Bad sequence supplied to input: %1 Некорректная последовательность: %1 Found %1 HMM signals Найдено %1 сигналов HMM HMM profile HMM профайл Input sequence Входная последовательность HMM annotations Аннотации Result annotation Имя аннотации Number of seqs Число последовательностей Filter by high E-value Фильтр на большие Е Filter by low score Фильтр на малые веса HMM2 Search Поиск с помощью HMMER2 Power of e-value must be less or equal to zero. Using default value: 1e-1 Степень e-value должна быть меньше или равна нулю. Исползутся значение по умолчанию: 1е-1 Value for attribute name is empty, default name used Имя не указано, использовано значение по умолчанию Find HMM signals in %1 Поиск HMM сигналов в последовательности '%1' HMM profile(s) to search with. HMM профайлы для поиска. An input sequence (nucleotide or protein) to search in. Входная последовательность для поиска (протеиновая или нуклеотидная). Annotations marking found similar sequence regions. Аннотации размечающие найденные регионы совпадения с HMM. A name of the result annotations. Имя аннотации для разметки результатов. Searches each input sequence for significantly similar sequence matches to all specified HMM profiles. In case several profiles were supplied, searches with all profiles one by one and outputs united set of annotations for each sequence. Ищет значимые совпадения с указанными HMM профайлами в каждой входной последовательности и выдаёт набор аннотированных регионов. Профайлов может быть несколько, поиск отработает для каждого профайла и выдаст общий набор аннотаций для каждой последовательности. U2::LocalWorkflow::HMMWritePrompter unset не указан Save HMM profile(s) from <u>%1</u> to <u>%2</u>. Сохранить HMM профайл(ы) из <u>%1</u> в <u>%2</u>. U2::LocalWorkflow::HMMWriter Empty HMM passed for writing to %1 Пустой HMM профайл для записи в %1 Unspecified URL for writing HMM Некорректный путь для записи HMM Writing HMM profile to %1 Запись HMM профайла '%1' U2::UHMMBuild bogus configuration choice некорректный выбор конфигурации U2::uHMMPlugin HMM2 HMM2 Based on HMMER 2.3.2 package. Biological sequence analysis using profile hidden Markov models Основан на пакете HMMER 2.3.2: анализ биологических последовательностей при помощи скрытых марковских моделей (HMM). Домашняя страница проекта: http://hmmer.janelia.org/. Включает в себя оригинальные оптимизированные версии алгоритмов Build HMM2 profile... Построение профиля с помощью HMMER2... Calibrate profile with HMMER2... Калибровка профиля с помощью HMMER2... Search with HMMER2... Поиск с помощью HMMER2... Error Ошибка Error! Select sequence in Project view or open sequence view. Сначала выберите последовательность.