QObject Sitecon model Профайл SITECON SiteconBuildDialog Input alignment (nucleic) Входное выравнивание ... ... Output model Результирующая модель Options Настройки Window is used to pick out the most important alignment region and is located at the center of the alignment. Must be: windows size is not greater than TFBS alignment length, recommended: windows size is not greater than 50 bp. Размер окна должен быть не короче консенсуса для данного сайта но не более длины выравнивания. Window size Размер окна bp нукл Calibration random seed Случайная затравка Calibration sequence length Длина калибровочной последовательности 100 Kb 100 Кб 500 Kb 500 Кб 1 Mb 1 Мб 5 Mb 5 Мб Weight algorithm Алгоритм весов Default status Статус по умолчанию None Без весов Algorithm N2 Алгоритм №2 Length of random synthetic sequences used to calibrate the profile. Should not be less than window size. Длина случайных синтетических последовательностей для калибрации профайла. Не должна быть меньше размера окна. The random seed, where <n> is a positive integer. You can use this option to generate reproducible results for different runs on the same data. Случайная затравка. Использование этого параметра полезно для воспроизведения результата калибрации. SITECON Build Построение модели SITECON Optional feature, in most cases applying no weight will fit. In some cases choosing algorithm 2 will increase the recognition quality. В большинстве случаев алгоритм без весов вполне адекватен. Использование других алгоритмов может улучшить качество распознавания в отдельных случаях. SiteconSearchDialog SITECON Search Поиск сайтов связывания ТФ с помощью SITECON File with model Модель ... ... Threshold Минимальная ошибка Strands Направление Both strands Обе Search in direct strand only Искать ССТФ только в прямой последовательности Direct strand Прямая Search in complement strand Искать ССТФ только в комплeментарной последовательности Complement strand Комплементарная Range Регион Strand Стренд PSUM Оценка First type error Ошибка 1-го рода Second type error Ошибка 2-го рода Clear results Сбросить результаты Save as annotations Сохранить результаты Ready Готово Recognition quality threshold, should be less than 100%. Choosing too low threshold will lead to recognition of too many TFBS recognised with too low trustworthiness. Choosing too high threshold may result in no TFBS recognised. Нижний предел качества распознавания, величина более 60% но меньше 100%. Слишком низкий предел приведёт к нахождению большого числа ложных сигналов, чрезмерно высокий отбросит качественные результаты. Recognition quality percentage threshold. If you need to switch off this filter choose the lowest value. Порог качества. Для того, чтобы отключить этот фильтр укажите наименьшее значение. U2::GTest_CompareSiteconModels Models not equal Модели не равны U2::LocalWorkflow::SiteconBuildPrompter For each MSA from %1, build SITECON model. Для каждого выравнивания из %1, построить модель SITECON. U2::LocalWorkflow::SiteconBuildWorker Build SITECON model Построение модели SITECON None None Algorithm2 Algorithm2 Random seed can not be less zero Затравка не может быть меньше нуля Calibration length can not be less zero Калибровочная длина не может быть меньше нуля Window size can not be less zero Window size can not be less zero Built SITECON model from: %1 Построен профайл SITECON из %1 Input alignment Входное выравнивание Sitecon model Профайл SITECON Origin Происхождение Window size, bp Размер окна Window size. Размер окна. Calibration length Калибровочная длина Calibration length. Калибровочная длина. Random seed Затравка Random seed. Затравка. Weight algorithm Алгоритм весов Input multiple sequence alignment for building statistical model. Входное множественное выравнивание для построения статистической модели данного ССТФ. Location of input alignment, used as optional hint for model description. Адрес множественного выравнивания, используется для описания выходного профайла SITECON. Produced statistical model of specified TFBS data. Произведённый профайл SITECON. Weight algorithm. Алгоритм весов. Builds statistical profile for SITECON. The SITECON is a program for probabilistic recognition of transcription factor binding sites. Строит статистический профайл для поиска ССТФ при помощи пакета SITECON. U2::LocalWorkflow::SiteconReadPrompter Read model(s) from %1. Загрузить профайлы SITECON из %1. U2::LocalWorkflow::SiteconReader Loaded SITECON model from %1 Загружен профайл SITECON из %1 U2::LocalWorkflow::SiteconSearchPrompter unset не указан For each sequence from %1, Для каждой последовательности из %1, %1 search transcription factor binding sites (TFBS) %2. Recognize sites with similarity %3%, process %4. Output the list of found regions annotated as %5. %1 искать сайты связывания ТФ %2. Распознавать сайты с достоверностью не менее %3%, рассматривать %4 стренды. Выдать список найденных регионов аннотированных как %5. with all profiles provided by %1, со всеми профайлами из %1, U2::LocalWorkflow::SiteconSearchWorker both strands все direct strand только прямые complement strand только комплиментарные Sitecon Model Профайл SITECON Sequence Входная последовательность SITECON annotations Аннотированные ССТФ Result annotation Аннотации Alternative setting for filtering results, minimal value of Error type I. Note that all thresholds (by score, by err1 and by err2) are applied when filtering results.If you need to switch off this filter choose "0" value. Фильтрация результатов по значению ошибки I рода. Учтите что применяются все фильтры (по оценке и ошибкам 1, 2 рода). Alternative setting for filtering results, max value of Error type II. Note that all thresholds (by score, by err1 and by err2) are applied when filtering results.If you need to switch off this filter choose "1" value. Фильтрация результатов по значению ошибки II рода. Учтите что применяются все фильтры (по оценке и ошибкам 1, 2 рода). Search for TFBS with SITECON Поиск сайтов связывания ТФ с помощью SITECON Min score can not be less 60% or more 100% Минимальная оценка не может быть меньше 60 % и не больше 100% Min Err1 can not be less 0 or more 1 Минимальная ошибка первого рода не может быть меньше 0 или больше 1 Max Err2 can not be less 0 or more 1 Максимальная ошибка второго рода не может быть меньше 0 или больше 1 Search in strand can only be 0(both) or 1(direct) or -1(complement) Направления могут быть следующими: 0 - обе цепи, 1- прямая, -1-комплементарная Find TFBS in %1 Поиск ССТФ в %1 Bad sequence supplied to SiteconSearch: %1 Неправильная последовательность для SITECON поиска : %1 Found %1 TFBS Найдено %1 возможных сайтов связывания ТФ Profile data to search with. Профайл SITECON характеризующий искомые сайты. Input nucleotide sequence to search in. Входная нуклеотидная последовательность для поиска. Annotations marking found TFBS sites. Аннотации маркирующие найденные регионы. Annotation name for marking found regions. Имя аннотации для разметки найденных регионов. Searches each input sequence for transcription factor binding sites significantly similar to specified SITECON profiles. In case several profiles were supplied, searches with all profiles one by one and outputs merged set of annotations for each sequence. Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ). В каждой нуклеотидной последовательности, поданной на вход задачи, ищутся значимые совпадения с указанными профайлами SITECON. Найденные регионы выдаются в виде набора аннотаций. Профайлов может быть несколько, поиск отработает для каждого профайла и выдаст общий набор аннотаций для каждой последовательности. Протеиновые последовательности на входе допустимы но игнорируются. Min score Мин оценка Recognition quality percentage threshold.If you need to switch off this filter choose the lowest value. Порог качества. Для того, чтобы отключить этот фильтр укажите наименьшее значение. Min Err1 Мин ошибка 1 рода Max Err2 Макс ошибка 2 рода U2::LocalWorkflow::SiteconWritePrompter Save the profile(s) from %1 to %2. Сохранить все профайлы из %1 в %2. U2::LocalWorkflow::SiteconWriter Unspecified URL for writing Sitecon Не укзазан адрес для записи модели SITECON Writing SITECON model to %1 Запись профайла SITECON в %1 U2::QDSiteconActor %1 %1 with profile provided by %1 %2</a> с профайлом %1 %2</a> with all %1 %2 profiles</a> со всеми %1 %2 профайлами</a> similarity %1% сходство %1% both strands оба стренда direct strand прямой стренд complement strand комплементарный стренд %1: incorrect sitecon model url(s) %1: incorrect sitecon model url(s) %1: min score can not be less 60% or more 100% %1: min score can not be less 60% or more 100% %1: min Err1 can not be less 0 or more 1 %1: min Err1 can not be less 0 or more 1 %1: max Err2 can not be less 0 or more 1 %1: max Err2 can not be less 0 or more 1 Sitecon SITECON Searches for transcription factor binding sites significantly similar to specified SITECON profiles. In case several profiles were supplied, searches with all profiles one by one and outputs merged set of annotations. Поиск сайтов связывания транскрипционных факторов (ССТФ). В каждой нуклеотидной последовательности, поданной на вход задачи, ищутся значимые совпадения с указанными профайлами SITECON. Найденные регионы выдаются в виде набора аннотаций. Профайлов может быть несколько, поиск отработает для каждого профайла и выдаст общий набор аннотаций для каждой последовательности. Протеиновые последовательности на входе допустимы но игнорируются. Searches transcription factor binding sites (TFBS) %1. Recognize sites with %2, process %3. Ищет сайты связывания транскрипционных факторов (ТФ) %1. Распознаёт сайты со сходством %2, рассматривает %3. Min score Мин оценка Min Err1 Мин ошибка 1 рода Alternative setting for filtering results, minimal value of Error type I. Note that all thresholds (by score, by err1 and by err2) are applied when filtering results. Фильтрация результатов по значению ошибки I рода. Учтите что применяются все фильтры (по оценке и ошибкам 1, 2 рода). Max Err2 Макс ошибка 2 рода Alternative setting for filtering results, max value of Error type II. Note that all thresholds (by score, by err1 and by err2) are applied when filtering results. Фильтрация результатов по значению ошибки II рода. Учтите что применяются все фильтры (по оценке и ошибкам 1, 2 рода). Model Модель Profile data to search with. Профайл SITECON характеризующий искомые сайты. U2::QDSiteconTask Sitecon Query SITECON запрос U2::SiteconADVContext Search TFBS with SITECON... Поиск сайтов связывания ТФ с помощью SITECON... Find TFBS with SITECON... Поиск сайтов связывания ТФ с помощью SITECON... U2::SiteconBuildDialogController Build Построить Cancel Отменить Illegal alignment file Укажите входной файл выравнивания Illegal SITECON model file Укажите файл результирующей модели Error Ошибка Starting calibration process Начинается построение Hide Скрыть Build finished with error: %1 Построение завершено с ошибкой: %1 Build canceled Построение отменено Build finished successfully Построение успешно завершено Close Закрыть Running... State :%1 Progress: %2 Прогресс %2%: %1 Sitecon models Профайлы SITECON Select file with alignment Выбор выравнивания Select file to save model to... Выбор файла для сохранения профайла... U2::SiteconBuildTask Build SITECON model Построить SITECON Alignment contains gaps Выравнивание содержит пробелы Alignment is empty Выравнивание не содержит данных Alignment must have at least 2 sequences Выравнивание должно содержать минимум 2 последовательности Alignment is not nucleic Поддерживаются только нуклеотидные выравнивания Window size is greater than alignment length Размер окна больше длины последовательности Calculating average and dispersion matrixes Расчёт матрицы средних и дисперсии Calculating weights Расчёт весов Calibrating first type error Расчёт ошибки ошибки 1-го рода Calibrating second type error Расчёт ошибки ошибки 2-го рода U2::SiteconBuildToFileTask Build SITECON model to file Построить SITECON Unknown alignment format Неверный формат файла Loading alignment Загрузка выравнивания No alignment found Выравнивание не найдено U2::SiteconIO Not a sitecon model Not a sitecon model Error parsing settings, line %1 Error parsing settings, line %1 Error parsing window size: %1 Error parsing window size: %1 Error parsing calibration len: %1 Error parsing calibration len: %1 Error parsing RSEED: %1 Error parsing RSEED: %1 Error parsing number of sequence in original alignment: %1 Error parsing number of sequence in original alignment: %1 Error parsing in alignment %1 Error parsing in alignment %1 Error parsing %1 in line %2 Error parsing %1 in line %2 Error parsing in line %1 Error parsing in line %1 Error parsing %1 Error parsing %1 Illegal error %1 Illegal error %1 Error parsing file in line %1 Error parsing file in line %1 Number of 'average' and 'sdev' properties not matches Number of 'average' and 'sdev' properties not matches Number of 'average' and 'weight' properties not matches Number of 'average' and 'weight' properties not matches Property in file %1 is not the same as built-in: %2 Property in file %1 is not the same as built-in: %2 Error info in file is not complete Error info in file is not complete Model verification error Model verification error Illegal weight algorithm: %1 Illegal weight algorithm: %1 Model size not matched: %1, expected: %2 Model size not matched: %1, expected: %2 Duplicate property: %1 Duplicate property: %1 Property not recognized: %1 Property not recognized: %1 Sitecon model Профайл SITECON SITECON SITECON Sitecon models Профайлы SITECON Input Sitecon model Входящий профайл SITECON Saves all input SITECON profiles to specified location. Сохраняет все входящие профайлы SITECON в указанный файл. Write SITECON Model Сохранение модели SITECON Loaded SITECON profile data. Загруженный профайл SITECON. Reads SITECON profiles from file(s). The files can be local or Internet URLs. Считывает профайл(ы) SITECON из указанных файлов. Файлы могут быть локальными либо адресами Интернет. Read SITECON Model Загрузка модели SITECON U2::SiteconPlugin SITECON SITECON SITECON - is a program package for revealing and analysis of conservative conformational and physicochemical properties in transcription factor binding sites sets. Адаптированная версия программы SITECON: поиск сайтов связывания транскрипционных факторов. Включает около сотни откалиброванных моделей ССТФ. Домашняя страница проекта: http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/cgi-bin/mgs/sitecon/sitecon.pl?stage=0. Build SITECON model... Построение модели SITECON... U2::SiteconReadMultiTask Load sitecon models task Load sitecon models task U2::SiteconReadTask Read SITECON Model Загрузка модели SITECON U2::SiteconSearchDialogController Search Поиск Cancel Отмена Close Закрыть Progress: %1% Прогресс %1% %1 results found найдено %1 Select file with SITECON model Выбор модели SITECON Error Ошибка %1%, first type error %2, second type error %3 %1% err1=%2 err2=%3 No model selected Укажите файл модели Range is too small Слишком маленький регион для поиска Error parsing minumum score Неразборчивая строка минимальной ошибки Complement strand Только комплeментарные Direct strand Только прямые U2::SiteconSearchTask SITECON search Поиск сайтов связывания ТФ с помощью SITECON SITECON search parallel subtask Параллельный поиск ССТФ Internal error: invalid PSUM: %1 Внутренняя ошибка, неверная сумма: %1 U2::SiteconWriteTask Save SITECON model Сохранение модели SITECON