U2::LocalWorkflow::CallVariantsPrompter unset не указан For reference sequence from <u>%1</u>, Для референсной последовательности из <u>%1</u>, with assembly data provided by <u>%1</u> с данными сборки, произведенными <u>%1</u> %1 call variants %2. %1 вызов вариантов %2. U2::LocalWorkflow::CallVariantsTask Call variants for %1 Вызов вариантов для %1 reference референс assembly сборка The %1 file does not exist: %2 The %1 file does not exist: %2 No assembly files No assembly files No dbi storage No dbi storage No sequence URL No sequence URL No document loaded No document loaded Incorrect variant track object in %1 Incorrect variant track object in %1 U2::LocalWorkflow::CallVariantsWorker Empty input slot: %1 Входной слот пуст: %1 Input sequences Входные последовательности A nucleotide reference sequence. Нуклеотидная референсная последовательность. Input assembly Входная сборка Position sorted alignment file Сортированный файл выравнивания Output variations Выходные вариации Output tracks with SNPs and short INDELs Выходные треки с SNP и короткими INDEL Call Variants with SAMtools Поиск вариабельных позиций с помощью SAMtools Calls SNPs and INDELS with SAMtools mpileup and bcftools. этот элемент ищет однонуклеотидные вариации (SNP) и короткие вставки или выпадения (indels) при помощи SAMtools mpileup и bcftools. Output variants file Выходной файл The url to the file with the extracted variations. Путь до файла с извлеченными вариациями. Use reference from <p>Specify "File" to set a single reference sequence for all input NGS assemblies. The reference should be set in the "Reference" parameter.</p><p>Specify "Input port" to be able to set different references for difference NGS assemblies. The references should be input via the "Input sequences" port (e.g. use datasets in the "Read Sequence" element).</p> Reference <p>Specify a file with the reference sequence.</p><p>The sequence will be used as reference for all datasets with NGS assemblies.</p> Illumina-1.3+ encoding Кодирование Illumina-1.3+ Assume the quality is in the Illumina 1.3+ encoding (mpileup)(-6). значения качества в кодировке Illumina 1.3+. Соответствует опции mpileup -6. Count anomalous read pairs Учитывать аномальные пары прочтений Do not skip anomalous read pairs in variant calling(mpileup)(-A). не пропускать аномальные пары прочтений при поиске вариаций. Соответствует опции mpileup -A. Disable BAQ computation Отключить расчет BAQ Disable probabilistic realignment for the computation of base alignment quality (BAQ). BAQ is the Phred-scaled probability of a read base being misaligned. Applying this option greatly helps to reduce false SNPs caused by misalignments. (mpileup)(-B). не выполнять выравнивание для расчета качества выравнивания каждого нуклеотида (base alignment quality, BAQ). BAQ - это приведенная к шкале Phred вероятность того, что данный нуклеотид выровнен неверно. Расчет BAQ сильно снижает вероятность ложного нахождения SNP из-за неверного выравнивания. Соответствует опции mpileup -B. Mapping quality downgrading coefficient Коэффициент снижения качества выравнивания Coefficient for downgrading mapping quality for reads containing excessive mismatches. Given a read with a phred-scaled mapping quality q of being generated from the mapped position, the new mapping quality is about sqrt((INT-q)/INT)*INT. A zero value disables this functionality; if enabled, the recommended value for BWA is 50 (mpileup)(-C). применить коэффициент, отражающий снижение качества выравнивания прочтений, содержащих много замен. Если прочтение обладает качеством выравнивания q, новое значение качества выравнивания составит около sqrt[(INT-q)/INT]*INT. Значение 0 отключает эту опцию. Рекомендуемым значением для BWA является 50. Cjjndtncndetn jgwbb ьзшдугз -C INT. Max number of reads per input BAM Максимальное число прочтений для входного BAM-файла At a position, read maximally the number of reads per input BAM (mpileup)(-d). максимальное число прочтений, которое следует прочитать для каждой позиции из входного BAM-файла. Соответствует опции mpileup -d. Extended BAQ computation Расширенный расчет BAQ Extended BAQ computation. This option helps sensitivity especially for MNPs, but may hurt specificity a little bit (mpileup)(-E). Расширенные расчет BAQ. Эта опция увеличивает чувствительность, особенно в случае множественных замен (MNPs), однако может снижать специфичность. BED or position list file BED-файл или файл со списком позиций BED or position list file containing a list of regions or sites where pileup or BCF should be generated (mpileup)(-l). BED-файл или файл со списком позиций или участков, для которых необходимо сгенерировать pileup или BCF. Соответствует опции mpileup -l. Pileup region Pileup для участка Only generate pileup in region STR (mpileup)(-r). генерировать pileup только для участка STR. Соответствует опции mpileup -r STR. Minimum mapping quality Минимальное качество выравнивания Minimum mapping quality for an alignment to be used (mpileup)(-q). использовать выравнивания только с таким или более хорошим качеством. Соответствует опции mpileup -q. Minimum base quality Минимальное качество нуклеотида Minimum base quality for a base to be considered (mpileup)(-Q). учитывать нуклеотиды только с таким или более хорошим качеством. Соответствует опции mpileup -Q. Gap extension error Ошибка расширения пробела Phred-scaled gap extension sequencing error probability. Reducing INT leads to longer indels (mpileup)(-e). Вероятность ошибки расширения пробела. (-e). Homopolymer errors coefficient Коэффициент ошибок в гомополимерных участках Coefficient for modeling homopolymer errors. Given an l-long homopolymer run, the sequencing error of an indel of size s is modeled as INT*s/l (mpileup)(-h). Коэффициент для моделирования ошибок в участках гомополимеров. Для гомополимера длиной l ошибка секвенирования для вставки/выпадения длиной s рассчитывается как INT*s/l. Соответствует опции mpileup -h. No INDELs Не искать INDELs Do not perform INDEL calling (mpileup)(-I). не выполнять поиск вставок/выпадений. Соответствует опции mpileup -l. Max INDEL depth Максимальное покрытие для поиска INDELs Skip INDEL calling if the average per-sample depth is above INT (mpileup)(-L). не выполнять поиск вставок/выпадений если среднее покрытие образца превышает INT. Соответствует опции mpileup -L INT. Gap open error Ошибка открытия пробела Phred-scaled gap open sequencing error probability. Reducing INT leads to more indel calls (mpileup)(-o). вероятность ошибки секвенирования, приводящей к открытию пробела, в шкале Phred. Снижение значения INT приводит к увеличению числа найденных вставок/выпадений. Соответствует опции mpileup -o INT. List of platforms for indels Список платформ для поиска вставок/выпадений Comma dilimited list of platforms (determined by @RG-PL) from which indel candidates are obtained.It is recommended to collect indel candidates from sequencing technologies that have low indel error rate such as ILLUMINA (mpileup)(-P). список через запятую названий платформ в формате @RG-PL, для которых необходимо проводить поиск возможных вставок/выпадений. Этот анализ рекомендуется проводить для данных платформ секвенирования, обладающих низким уровнем ошибок типа вставка/выпадение (например, ILLUMINA). Соответствует опции mpileup -P. Retain all possible alternate Сохранять все альтернативные варианты Retain all possible alternate alleles at variant sites. By default, the view command discards unlikely alleles (bcf view)(-A). сохранять все аллельные варианты в вариабельных позициях. По умолчанию команда view отбрасывает аллели с низкой вероятностью. Соответствует опции bcftools view -A. Indicate PL Указать PL Indicate PL is generated by r921 or before (ordering is different) (bcf view)(-F). указать, получены ли данные с помощью r921 или более ранней версии платформы (отличаются сортировкой). Соответствует опции bcftools view -F. No genotype information Не отображать информацию о генотипе Suppress all individual genotype information (bcf view)(-G). отключить отображение всей информации о генотипе индивидуума. Соответствует опции bcftools view -G. A/C/G/T only Только A/C/G/T Skip sites where the REF field is not A/C/G/T (bcf view)(-N). отбрасывать сайты, где поле REF содержит значение не из списка A/C/G/T. Соответствует опции bcftools view -N. List of sites Список позиций List of sites at which information are outputted (bcf view)(-l). список позиций, для которых необходимо вывести информацию. Соответствует опции bcftools view -l STR. QCALL likelihood Вероятность в QCALL Output the QCALL likelihood format (bcf view)(-Q). выводить значения вероятности в формате QCALL. Соответствует опции bcftools view -Q. List of samples Список образцов List of samples to use. The first column in the input gives the sample names and the second gives the ploidy, which can only be 1 or 2. When the 2nd column is absent, the sample ploidy is assumed to be 2. In the output, the ordering of samples will be identical to the one in FILE (bcf view)(-s). список образцов, которые необходимо использовать. В первом столбце необходимо перечислить названия образцов, во втором - плоидность. Если второй столбец отсутствует, плоидность считается равной 2. Порядок образцов в выходном файле будет соответствовать порядку во входном файле. Соответствует опции bcftools view -s. Min samples fraction Минимальная доля образцов skip loci where the fraction of samples covered by reads is below FLOAT (bcf view)(-d). пропустить участок если доля образцов, у которых этот участок покрыт прочтениями, ниже указанного значения. Соответствует опции bcftools view -d FLOAT. Per-sample genotypes Генотип для каждого образца Call per-sample genotypes at variant sites (bcf view)(-g). отобразить генотип для каждого образца и каждой вариабельной позиции. Соответствует опции bcftools view -g. INDEL-to-SNP Ratio Соотношение INDEL-to-SNP Ratio of INDEL-to-SNP mutation rate (bcf view)(-i). указать отношение скоростей появления вставок/выпадений и замен. Соответствует опции bcftools view -i FLOAT. Max P(ref|D) Максимальное P(ref|D) A site is considered to be a variant if P(ref|D)<FLOAT (bcf view)(-p). считать позицию вариабельной, если вероятность совпадения с референсом (P(ref|D)) меньше указанного значения. Соответствует опции bcftools view -p FLOAT. Prior allele frequency spectrum Априорное распределение частот аллелей If STR can be full, cond2, flat or the file consisting of error output from a previous variant calling run (bcf view)(-P). значение из следующего списка: full, cond2, flat - или файл, содержащий список ошибок в предыдущем запуске. Соответствует опции bcftools view -P STR. Mutation rate Скорость накоплений мутаций Scaled mutation rate for variant calling (bcf view)(-t). нормализованная скорость накопления мутаций для поиска вариаций. Соответствует опции bcftools view -t. Pair/trio calling Поиск вариаций в парных образцах или трио Enable pair/trio calling. For trio calling, option -s is usually needed to be applied to configure the trio members and their ordering. In the file supplied to the option -s, the first sample must be the child, the second the father and the third the mother. The valid values of STR are '‘pair’', '‘trioauto’', '‘trioxd’' and '‘trioxs’', where '‘pair’' calls differences between two input samples, and '‘trioxd’' ('‘trioxs’')specifies that the input is from the X chromosome non-PAR regions and the child is a female (male) (bcf view)(-T). включить поиск вариаций в парах или трио образцов. Для работы с трио необходимо также применить опцию -s для настройки входящих в трио образцов и порядка их сортировки. В файле, переданном опции -s, первому образцу должны соответствовать данные для ребенка, второму - для отца, третьему - для матери. Корректными значениями этого параметра являются '‘pair’', '‘trioauto’', '‘trioxd’' и '‘trioxs’', где '‘pair’' позволяет найти различия между двумя образцами, а '‘trioxd’' или '‘trioxs’' указывает на то, что на вход поданы данные для X - хромосомы за вычетом псевдоаутосомного участка, а ребенок женского (мужского) пола. Соответствует опции bcftools view -T. Enable pair/trio calling. For trio calling, option -s is usually needed to be applied to configure the trio members and their ordering. In the file supplied to the option -s, the first sample must be the child, the second the father and the third the mother. The valid values of STR are '‘pair’', '‘trioauto’', '‘trioxd’' and '‘trioxs’', where '‘pair’' calls differences between two input samples, and '‘trioxd’' ('‘trioxs’')specifies that the input is from the X chromosome non-PAR regions and the child is a female (male) (bcf view)(-T). Позволен двойной/тройной вызов (-T). N group-1 samples Число образцов в группе 1 Number of group-1 samples. This option is used for dividing the samples into two groups for contrast SNP calling or association test. When this option is in use, the followingVCF INFO will be outputted: PC2, PCHI2 and QCHI2 (bcf view)(-1). число образцов в первой группе. Эта опция используется для разделения образцов на две группы для поиска различающихся SNP или проведения анализа ассоциаций. Если эта опция включена, в выходном файле будут добавлены следующие значения VCF INFO: PC2, PCHI2 и QCHI2. Соответствует опции bcftools view -1. N permutations Число перестановок Number of permutations for association test (effective only with -1) (bcf view)(-U). число перестановок для анализа ассоциаций. Работает только в том случае, если включена опция -1. Соответствует опции bcftools view -U. Max P(chi^2) Максимальное P(chi^2) Only perform permutations for P(chi^2)<FLOAT (N permutations) (bcf view)(-X). выполнять перестановки только для меньших значений P(chi^2), чем указанное значение. Соответствует опции bcftools view -X FLOAT. Minimum RMS quality Минимальное качество RMS Minimum RMS mapping quality for SNPs (varFilter) (-Q). минимальное качество выравнивания RMS для SNP. Соответствует опции varFilter -Q. Minimum read depth Минимальная глубина покрытия Minimum read depth (varFilter) (-d). Минимальная глубина покрытия для прочтения. Соответствует опции varFilter -d. Maximum read depth Максимальная глубина покрытия Maximum read depth (varFilter) (-D). Максимальная глубина покрытия для прочтения. Соответствует опции varFilter -d. Alternate bases Альтернативные нуклеотиды Minimum number of alternate bases (varFilter) (-a). минимальное число прочтений, содержащих в этой позиции не соответствующий референсному вариант. Соответствует опции varFilter -a. Gap size Длина пробела SNP within INT bp around a gap to be filtered (varFilter) (-w). длина участка, включающего вставку/выпадение, на котором следует отбросить SNP. Соответствует опции varFilter -w. Window size Размер окна Window size for filtering adjacent gaps (varFilter) (-W). Размер окна для фильтрации смежных пробелов. Соответствует опции varFilter -W. Strand bias Смещение по разным цепям Minimum P-value for strand bias (given PV4) (varFilter) (-1). минимальное P-значение для добавления информации о неравномерном распределении вариаций по двум цепям. Соответствует опции varFilter -1. BaseQ bias Смещение BaseQ Minimum P-value for baseQ bias (varFilter) (-2). минимальное P-значение для добавления информации о неравномерном распределении качества нуклеотида (baseQ). Соответствует опции varFilter -2. MapQ bias Смещение MapQ Minimum P-value for mapQ bias (varFilter) (-3). минимальное P-значение для добавления информации о неравномерном распределении качества выравнивания (mapQ). Соответствует опции varFilter -3. End distance bias Смещение расстояния до конца прочтения Minimum P-value for end distance bias (varFilter) (-4). минимальное P-значение для добавления информации о неравномерном распределении расстояния от вариабельного сайта до конца прочтения. Соответствует опции varFilter -4. HWE HWE Minimum P-value for HWE (plus F<0) (varFilter) (-e). минимальное P-значение для добавления информации о распределении Харди-Вайнберга (HWE). Соответствует опции varFilter -e. Log filtered Лог фильтрации Print filtered variants into the log (varFilter) (-p). записывать отфильтрованные вариации в лог-файл. Соответствует опции varFilter -p. Input port File Assembly URL slot is empty. Please, specify the URL slot Assembly URL slot is empty. Please, specify the URL slot Ref sequence URL slot is empty. Please, specify the URL slot Ref sequence URL slot is empty. Please, specify the URL slot Not enough references Not enough references The dataset slot is not binded, only the first reference sequence against all assemblies was processed. The dataset slot is not binded, only the first reference sequence against all assemblies was processed. Not enough assemblies Not enough assemblies U2::LocalWorkflow::SamtoolsMpileupTask Samtool mpileup for %1 Samtool mpileup для %1 No reference sequence URL to do pileup No reference sequence URL to do pileup No assembly URL to do pileup No assembly URL to do pileup There is an assembly with an empty path There is an assembly with an empty path Can not create the folder: Can not create the folder: Can not run %1 tool Can not run %1 tool %1 tool exited with code %2 %1 tool exited with code %2 Tool %1 finished successfully Tool %1 finished successfully U2::SamtoolsPlugin Samtools plugin Samtools plugin Samtools plugin for NGS data analysis Samtools плагин для анализа данных NGS