3
:>"^$              o   @   sF  d Z dZdZddddddd	d
dddddddddddddZeeej edddddddj  Zdd  ej D Zd!d  ej D Z	d"Z
d#Zd$Zd%Zd&Zd'd(d)d*d+d,d-d.d/d0d1d2d3d4d#d#d5Zd'd(d)d6d+d,d7d.d8d9d1d:d;d<d%d%d=Zd*d)d(d'd>d?d@dAdBdCdDdEdFdGdHdId5Zd6d)d(d'd>d?d@dAdBdCdDdEdFdGdHdId=ZdJdK ZdLdMdNdOdPZdQdRdSdTdPZeeZdNdUdVdWdXZdSdYdZd[dXZeeZd\d] Zeee\ZZeee\ZZd^d_d`dadbdcdddedfdedgdhdidjdkdldmdndodpdqdrdsZdtdudvdwdxdydzd{d|d{d}d~dddddddddddsZ d'dd(dEddd)dFddd>ddCdIddddBdAd*d6dGd@dd?ddZ!eeZ"ee!e\Z#Z$ddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddddd nZ%dS (  z&Information about the IUPAC alphabets.ZACDEFGHIKLMNPQRSTVWYZACDEFGHIKLMNPQRSTVWYBXZJUOAlaCysAspGluPheGlyHisIleLysLeuMetAsnProGlnArgSerThrValTrpTyr)ACDEFGHIKLMNPQRSTVWYAsxXaaGlxZXleSecZPyl)BXZJUOc             C   s   i | ]}|d  |d qS )        ).0xr5   r5   b/home/psgendb/BIRCHDEV/lib-linux-x86_64/python/lib64/python3.5/site-packages/Bio/Data/IUPACData.py
<dictcomp>/   s    r9   c             C   s   i | ]}|d  |d qS )r3   r4   r5   )r6   r7   r5   r5   r8   r9   1   s    ZGATCRYWSMKHBVDNZGATCZGAUCRYWSMKHBVDNZGAUCZGATCBDSWr   r   r   r%   ZACZAGATZCGZCTZGTZACGZACTZAGTZCGT)r   r   r   r%   r   r#   r'   r$   r(   r   r&   r   r   r-   r.   r    r1   ZAUZCUZGUZACUZAGUZCGU)r   r   r   r1   r   r#   r'   r$   r(   r   r&   r   r   r-   r.   r    r   r(   r'   r$   r#   r   r-   r   r   r&   r.   r    c             C   s*   i }x | j  D ]\}}||f||< qW |S )N)items)mydictdkeyvaluer5   r5   r8   _make_ranges   s    r@   g$(~t@g`TR'3s@g	u@guV#t@)r   r   r   r%   g	m9t@gq50s@gjN^du@g6 t@g/$3t@gݓv@g=,ԚBt@)r   r   r   r1   g=Զa0t@g6\v@gF@t@c       	         s   i }i }x~| j  D ]r\}}t|dkr4|d  kr4q fdd|D }t|t|f||< d}x|D ]}|| }qdW |t| ||< qW ||fS )Nr4   r3   c                s   g | ]} j |qS r5   )get)r6   r7   )weight_tabler5   r8   
<listcomp>   s    z*_make_ambiguous_ranges.<locals>.<listcomp>g        )r;   lenminmax)	r<   rB   Zrange_dZavg_dlettervaluesweightsZtotal_wwr5   )rB   r8   _make_ambiguous_ranges   s    
rK   g.!EV@gJ^@gQI`@g9#db@guqd@gxz,CR@g{dc@gOee`@gY Fb@g7¦b@gY8Ń`@g o_o@g1Z\@gvDb@gOne@g(EZ@gk	]@g|гe@g٬\I]@ga4i@gy&1f@)r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r   r    r2   r!   r"   r#   r$   r%   r1   r&   r'   r(   gG(CV@g=HOCA^@g*C3`@ggxab@gDd@g#+R@g`Z'9bc@ge3c`@gA|`Cb@g/1b@g 4`@gfbo@g\@gHi6Bb@gْe@gw׹BZ@g$@]@g?e@gE]@g(Gi@gLT]f@ZNDr   r   r   ZILr   r2   r!   r"   ZQE)r   r-   r   r   r   r   r   r   r   r0   r   r   r   r    r2   r!   r"   r#   r$   r%   r1   r&   r'   r.   r(   r/   gH ?g"u @gC@g$@g"3<"@gZd;%@gh"lxz(@g3ı.n,@g>W[/@g8$Z2@gY .4@gڏa6@gGzN8@g 	F:@gS<@gfH>@gQ@@gDlA@gMbXC@g1*C@gDl	D@gEB[zF@g"G@gnxI@gm4I@gӅXxK@g\(K@gHPswM@gTXM@gSO@g)\XP@gʡEnQ@g)\(R@g~R@g=
ףpS@g`"S@g33333T@ggDio]U@gHzU@g9EGr9V@guVV@goB!:W@g\(W@g     X@gGzDY@gˡEY@g{GZ@gȘZ@gM\@g1Z\@g=
ףp]@gq=
ףp^@gfffff_@g#_@gL7A`i`@g9EGr`@gX9v*a@g"\a@gʡEa@gFxa@gHzb@g      b@gQb@g+b@g     c@gȵbc@g     Pd@gr.ŝd@g?5^Id@g^e@gzGe@gme@gHzOf@g|a2Uf@g{Gf@gvFg@g(\g@gmh@g"~bh@g]Ch@g{Gi@gё\Ci@gfffffi@gE_j@g(\j@gHz?j@gq=
ףk@gq=
ףk@g)\@l@g)\`l@gH}8m@gR%l@gm@gm@gRn@gRan@g
ףp=n@g(\bo@g(\o@gp@g!p@g1p@g(\ap@g(\Qp@gRp@gRp@gGzp@g
ףp=p@)nr   r   ZHeZLiZBer-   r   r    r2   r   ZNeZNaZMgZAlZSir!   r$   ZClZArr   ZCaZScZTir&   ZCrZMnZFeZCoZNiZCuZZnZGaZGeZAsZSeZBrZKrZRbZSrr(   ZZrZNbZMoZTcZRuZRhZPdZAgZCdZInZSnZSbZTer   ZXeZCsZBaZLaZCeZPrZNdZPmZSmZEuZGdZTbZDyZHoZErZTmZYbZLuZHfZTar'   ZReZOsZIrZPtZAuZHgZTlZPbZBiZPoZAtZRnZFrZRaZAcZThZPar1   ZNpZPuZAmZCmZBkZCfZEsZFmZMdZNoZLrZRfZDbZSgZBhZHsZMtN)&__doc__protein_lettersextended_protein_lettersZprotein_letters_1to3dictlistr;   Zprotein_letters_1to3_extendedZprotein_letters_3to1Zprotein_letters_3to1_extendedambiguous_dna_lettersunambiguous_dna_lettersambiguous_rna_lettersunambiguous_rna_lettersextended_dna_lettersambiguous_dna_valuesambiguous_rna_valuesZambiguous_dna_complementZambiguous_rna_complementr@   Zunambiguous_dna_weightsZ$monoisotopic_unambiguous_dna_weightsZunambiguous_dna_weight_rangesZunambiguous_rna_weightsZ$monoisotopic_unambiguous_rna_weightsZunambiguous_rna_weight_rangesrK   Zambiguous_dna_weight_rangesZavg_ambiguous_dna_weightsZambiguous_rna_weight_rangesZavg_ambiguous_rna_weightsZprotein_weightsZmonoisotopic_protein_weightsZextended_protein_valuesZprotein_weight_rangesZextended_protein_weight_rangesZavg_extended_protein_weightsZatom_weightsr5   r5   r5   r8   <module>   sF  	


