AlignToReferenceBlastDialog Input data Входные данные Reference Референсная последовательность Map Sanger Reads to Reference Выравнивание данных секвенирования по Сэнгеру Input a file with a reference sequence Укажите файл с референсной последовательностью ... ... Reads Прочтения Add Добавить Remove Удалить Settings Настройки Mapping min similarity Минимальное сходство при выравнивании Trimming quality threshold Порог качества для обрезания концов Read name in result alignment Имя прочтения в выравнивании Input the result file path Укажите путь до выходного файла % % Mapping min identity Минимальная идентичность выравнивания Result alignment Сохранить в Add to project Добавить в проект BlastAllSupportDialog Request to Local BLAST Database Запрос к локальной базе данных BLAST General options Основные параметры Select search: Тип поиска: blastn qwe blastn blastp blastp blastx blastx tblastn tblastn tblastx tblastx Search for short, nearly exact matches Поиск коротких последовательностей Expectation value Математическое ожидание Megablast Megablast Off Выключить Base name for BLAST DB files: Базовое имя для файлов БД: Number of CPUs being used Использовать процессоров Advanced options Дополнительные опции Word size Размер слова Gap costs Вес пробела Match scores Веса совпадений 1 -3 1 -3 Both strands Обе цепи Direct Прямая Complement Комплементарная 1 -4 1 -4 1 -2 1 -2 1 -1 1 -1 2 -7 2 -7 2 -5 2 -5 2 -3 2 -3 4 -5 4 -5 5 -4 5 -4 Matrix Матрица gpu-blastp gpu-blastp Database path: Путь к БД: Select a database file Выберите файл базы данных BLOSUM62 BLOSUM62 BLOSUM45 BLOSUM45 BLOSUM80 BLOSUM80 PAM30 PAM30 PAM70 PAM70 Service Сервис Max hits: Макс. число совпадений: plain простой psi psi phi phi PHI pattern Шаблон PHI Threshold for extending hits Порог для расширенных совпадений Threshold Порог Composition-based statistics Статистика состава D or d: default (equivalent to 2 ) D или d: по умолчанию (равно 2) 0 or F or f: No composition-based statistics 0 или F или f: Нет статистики состава 1: Composition-based statistics as in NAR 29:2994-3005, 2001 1: Статистика состава как в NAR 29:2994-3005, 2001 2 or T or t : Composition-based score adjustment as in Bioinformatics 21:902-911, 2005, conditioned on sequence properties 2 или T или t : Статистика как в in Bioinformatics 21:902-911, 2005, основанная на свойствах последовательности 3: Composition-based score adjustment as in Bioinformatics 21:902-911, 2005, unconditionally 3: Статистика как в Bioinformatics 21:902-911, 2005, безусловная Filters Фильтры Low complexity filter Фильтр низкой сложности Human repeats filter Фильтр человеческих повторов Masks Маски Mask for lookup table only Только маска таблицы поиска Mask lower case letters Маска символов нижн. регистра Extension options Возможности расширения X dropoff value (in bits) X dropoff значение (в битах) For gapped alignment Для выравниваний с пробелами For ungapped extensions Для расширений без пробелов For final gapped alignment Для финального выравнивания Multiple Hits window size Множественные пересечения окна Perform gapped alignment Выполнить выравнивание BlastDBCmdDialog Fetch Sequences from BLAST Database Извлечь последовательность из базы данных BLAST Query ID Идентификатор запроса Select database Выберите базу данных Output path Выходной путь Entery query ID: Идентификатор запроса: Select database : Выберите базу данных: ... ... Type of file(s) Тип файла(ов) nucleotide нуклеотиды protein белки Output path: Выходной путь: Add to project Добавить в проект BlastDBSelectorWidget Form Форма Database path Путь до базы данных Database file Файл базы данных Base name for BLAST DB files Базовое имя для файлов базы данных BLAST Database path: Путь к БД: Select a database file Выберите файл базы данных Base name for BLAST DB files: Базовое имя для файлов БД: Bowtie2Settings Parameters Параметры <html><head/><body>By default, Bowtie2 performs end-to-end read alignment. That is, it searches for alignments involving all of the read characters. This is also called an "untrimmed" or "unclipped" alignment.When the --local option is specified, Bowtie2 performs local read alignment. In this mode, Bowtie2 might "trim" or "clip" some read characters from one or both ends of the alignment if doing so maximizes the alignment score.</body></html> <html><head/><body>По умолчанию, Bowtie2 выполняет end-to-end выравнивание. Т.е. он ищет выравнивания с с участием всех символов. Это также называется "необрезное" или "необрезаемое" выравнивание.Когда опция --local установлена, Bowtie2 выполняет локальное выравнивание. В этом режиме Bowtie2 может "обрезать" или "отсечь" некоторые символы одного или обоих концов выравнивания если это увеличит качество выравнивания.</body></html> Mode Режим --end-to-end --end-to-end --local --local <html><head/><body>"Pads" dynamic programming problems by specified number of columns on either side to allow gaps.</body></html> <html><head/><body>"Подкладки" проблем динамического программирования по указанному числу столбцов с обеих сторон для разрешения пробелов.</body></html> Add columns to allow gaps (--dpad) Добавляет столбцы, чтобы допустить пробелы (--dpad) <html><head/><body>Sets the number of mismatches to allowed in a seed alignment. Can be set to 0 or 1. Setting this higher makes alignment slower (often much slower) but increases sensitivity.</body></html> <html><head/><body>Задает количество несовпадений с разрешенным в выравнивании. Может быть 0 или 1. Повышение этого параметра делает выранивание более медленным (чаще всего очень медленным) но повышает точность.</body></html> <html><head/><body>Launch specified number of parallel search threads. Threads will run on separate processors/cores and synchronize when parsing reads and outputting alignments. Searching for alignments is highly parallel, and speedup is close to linear.</body></html> <html><head/><body>Запуск определенного количество параллельных потоков поиска. Потоки будут работать на отдельных процессорах/ ядрах и синхронизоваться при разборе ридов и выводе выравнивания.</body></html> <html><head/><body>Disallow gaps within specified number of positions of the beginning or end of the read.</body></html> <html><head/><body>Запретить пробелы в указанных позициях в начале или в конце рида.</body></html> <html><head/><body>Use specified value as the seed for pseudo-random number generator.</body></html> <html><head/><body>Использовать указанное значение в качестве источника для псевдо-генератора случайных чисел.</body></html> Seed (--seed) Затравка (--seed) Number of mismatches Число несоответствий Threads Потоки <html><head/><body>Sets the length of the seed substrings to align. Smaller values make alignment slower but more senstive.</body></html> <html><head/><body>Устанавливает длину подстрок затравки для выравнивания. Меньшие значения делают выравнивание медленнее, но более чувствительны.</body></html> Seed length (--L) Длина затравки (--L) Disallow gaps (--gbar) Запретить пробелы (--gbar) Flags Флаги <html><head/><body>If Bowtie2 cannot find a paired-end alignment for a pair, by default it will go on to look for unpaired alignments for the constituent mates. This is called "mixed mode." To disable mixed mode, set this option.Bowtie2 runs a little faster in the mixed mode, but will only consider alignment status of pairs per se, not individual mates.</body></html> <html><head/><body>Если Bowtie2 не сможет найти пару для выполнения парного выравнивания по умолчанию будет сделано непарное выравнивание. Это называется "смешанным режимом." Чтобы отключить смешанный режим, установите эту опцию.Bowtie2 запустится немного быстрее в смешанном режиме чем для парного выравнивания.</body></html> No unpaired alignments (--no-mixed) Только парное выравнивание (--no-mixed) <html><head/><body>By default, Bowtie2 looks for discordant alignments if it cannot find any concordant alignments. A discordant alignment is an alignment where both mates align uniquely, but that does not satisfy the paired-end constraints. This option disables that behavior.</body></html> <html><head/><body>По умолчанию, Bowtie2 ищет несогласованные выравнивания, если он не может найти какие-либо согласованные выравнивания. Несогласованное выравнивание это выравнивание, в котором оба рида выровнены однозначно, но они не удовлетворяют условию парности. Это опция отключает это поведение.</body></html> No discordant alignments (--no-discordant) Только согласованные выравнивания (--no-discordant) <html><head/><body>If this option is selected, Bowtie2 will not attempt to align against the forward reference strand.</body></html> <html><head/><body>Если выбрана эта опция, Bowtie2 не будет пытаться выровнять прямую цепь.</body></html> No forward orientation (--nofw) Не прямая ориентация (--nofw) <html><head/><body>If this option is selected, Bowtie2 will not attempt to align against the reverse-complement reference strand.</body></html> <html><head/><body>Если выбрана эта опция, Bowtie2 не будет пытаться выровнять обратно-комплементарную цепь.</body></html> No reverse-complement orientation (--norc) Не обратно-комплементарная ориентация (--norc) <html><head/><body>If one mate alignment overlaps the other at all, consider that to be non-concordant. Default: mates can overlap in a concordant alignment.</body></html> <html><head/><body>Если один участник выравнивания перекрывается с другим, то это несогласованное выравни вание. По умолчанию: участники могут перекрываться в согласованном выравнивании.</body></html> No overlapping mates (--no-overlap) Без перекрытий (--no-overlap) <html><head/><body>If one mate alignment contains the other, consider that to be non-concordant. Default: a mate can contain the other in a concordant alignment.</body></html> <html><head/><body>Если один участник выравнивания содержит другой, то это несогласованное выравнивание. По умолчанию одна часть выравнивания может содержать другую в согласованном выравнивании.</body></html> No mates containing one another (--no-contain) Без вложений (--no-contain) BowtieBuildSettings Form Форма Colorspace Цвета BowtieSettings Parameters Параметры <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Maximum permitted total of quality values at all mismatched read positions throughout the entire alignment, not just in the "seed". The default is 70. Like Maq, bowtie rounds quality values to the nearest 10 and saturates at 30; rounding can be disabled with --nomaqround.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Максимальн допустимое общее значение качества всех несогласованных позиций ридов на протяжении всего выравнивания, не только в "затравках". По умолчанию 70. Подобно Maq, значения качества близки к 10 и максимальны к значению 30; округление может быть отключено при помощи --nomaqround.</body></html> Maq error (--maqerr) Ошибка Maq (--maqerr) <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> The "seed length"; i.e., the number of bases on the high-quality end of the read to which the -n ceiling applies. The lowest permitted setting is 5 and the default is 28. bowtie is faster for larger values of -l.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> "Длина затравки"; т.е., число оснований в высококачественном конце рида, для которого применяется -n. Наименьшее допустимое значение 5, по умолчанию 28. Большие значения -l увеличивают скорость.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> The maximum insert size for valid paired-end alignments. E.g. if -X 100 is specified and a paired-end alignment consists of two 20-bp alignments in the proper orientation with a 60-bp gap between them, that alignment is considered valid (as long as -I is also satisfied). A 61-bp gap would not be valid in that case. If trimming options -3 or -5 are also used, the -X constraint is applied with respect to the untrimmed mates, not the trimmed mates. Default: 250.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Максимальный размер вставки для выравнивания paired-end. Если -X 100 и выравнивание состоит из участков по 20 нуклеотидов и расстоянием между ними в 60 нуклеотидов, такое выравнивание считается действительным. В таком случае 61 пропуск не будет считаться допустимым. Если также используются опции обрезки -3 или -5, -X ограничение применяется к необрезанным участкам. По умолчанию: 250.</body></html> The number of megabytes of memory a given thread is given to store path descriptors in --best mode. Best-first search must keep track of many paths at once to ensure it is always extending the path with the lowest cumulative cost. Bowtie tries to minimize the memory impact of the descriptors, but they can still grow very large in some cases. If you receive an error message saying that chunk memory has been exhausted in --best mode, try adjusting this parameter up to dedicate more memory to the descriptors. Default: 64. Количество мегабайт памяти для данного потока задается для хранения дескрипторов пути в --best режиме. Поиск по первому наилучшему совпадению должен отслеживать множество путей одновременно, убедитесь, что расширение пути происходит с наименьшей стоимостью. Bowtie пытается свести к минимуму воздействие памяти дескрипторов, но они по-прежнему могут сильно возрастать в некоторых случаях. Если вы получаете сообщение об ошибке, говорящее, что участок памяти исчерпан в --best режиме, попробуйте отрегулировать этот параметр и выделить больше памяти для дескрипторов. Значение по умолчанию: 64. Use <int> as the seed for pseudo-random number generator Используйте <int> в качестве затравки для псевдо-случайного генератора Mode: Режим: <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> When the -n option is specified (which is the default), bowtie determines which alignments are valid according to the following policy, which is similar to Maq's default policy. In -v mode, alignments may have no more than V mismatches, where V may be a number from 0 through 3 set using the -v option. Quality values are ignored. The -v option is mutually exclusive with the -n option.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Когда указана опция -n, bowtie определяет какое выравнивание подходит под указанные условия, которое схоже с условиями Maq по умолчанию. В режиме-v, выравнивание может иметь не более чем V несовпадений, где V может быть числом от 0 до 3. Опция -v является взаимоисключающей с опцией -n</body></html> -n mode режим -n -v mode режим -v Seed length (--seedlen) Длина затравки (--seedlen) Maximum of backtracks (--maxbts) Максимальное число отступов (--maxbts) Descriptors memory usage (--chunkmbs) Использование памяти дескрипторами (--chunkmbs) Seed (--seed) Затравка (--seed) Threads Потоки Flags Флаги Colorspace (--color) Цвета (--color) No Maq rounding (--nomaqround) Без округления Maq (--nomaqround) No forward orientation (--nofw) Не прямая ориентация (--nofw) No reverse-complement orientation (--norc) Не обратно-комплементарная ориентация (--norc) Try as hard (--tryhard) Упорно пытаться (--tryhard) Best alignments (--best) Лучшие выравнивания (--best) All alignments (--all) Все выравнивания (--all) <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Maq accepts quality values in the Phred quality scale, but internally rounds values to the nearest 10, with a maximum of 30. By default, bowtie also rounds this way. --nomaqround prevents this rounding in bowtie.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Maq принимает значения качества в масштабе качества Phred, но внутренние значения близки к 10, с максимумом около 30. По умолчанию, bowtie также вокруг этих значений. --nomaqround препятствует этому округлению в bowtie.</body></html> If --nofw is specified, bowtie will not attempt to align against the forward reference strand. Если установлена опция --nofw, bowtie не будет пытаться выровнять прямую цепь. If --norc is specified, bowtie will not attempt to align against the reverse-complement reference strand. Если установлена опция --norc, bowtie не будет пытаться выровнять обратно-комплементарную цепь. <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Try as hard as possible to find valid alignments when they exist, including paired-end alignments. This is equivalent to specifying very high values for the --maxbts and --pairtries options. This mode is generally much slower than the default settings, but can be useful for certain problems. This mode is slower when (a) the reference is very repetitive, (b) the reads are low quality, or (c) not many reads have valid alignments.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Пытаться пока это возможно найти подходящее выравнивание, когда они есть, включая paired-end выравнивания. Это равносильно очень высоким значениям параметров --maxbts и --pairtries. Этот режим более медленный, чем настройки по умолчанию, но может быть применим для некоторых случаев. Этот режим медленнее, когда (a) референсная последовательность очень сильно состоит из повторяющихся участков, (b) риды низкого качества, или (c) не очень много ридов имеют подходящее выравнивание.</body></html> Make Bowtie guarantee that reported singleton alignments are "best" in terms of stratum (i.e. number of mismatches, or mismatches in the seed in the case of -n mode) and in terms of the quality values at the mismatched position(s). bowtie is somewhat slower when --best is specified. Создать Bowtie гарантию того, что одиночные выравнивания являются "лучшими" в плане слоя (т.е. число несовпадений, или несоответствия в затравке в -n режиме) и с точки зрения значений качества на несогласованной позиции (ях). bowtie медленнее, когда указан режим --best. Report all valid alignments per read or pair. Сообщить о всех допустимых выравниваниях для рида или пары. BwaBuildSettings Form Форма Index algorithm (-a) Алгоритм (-а) autodetect autodetect bwtsw bwtsw div div is is BwaMemSettings Form Форма Base Options Основные параметры Penalty for a mismatch Штраф за несовпадение Score for a sequence match Вес совпадения Score for a match (-A) Веса совпадений (-A) Mismatch penalty (-B) Штраф за несовпадение (-B) Gap open penalty (-O) Штраф за открытие пробела (-O) Penalty for an unpaired read pair Штраф за непарные риды Minimum score to output Минимальная оценка для вывода Penalty unpaired (-U) Штраф за непарные риды (-U) Penalty for clipping Штраф за отсечение Gap open penalty Штраф за открывающий пропуск Gap extension penalty; a gap of size k cost {-O} + {-E}*k Штраф за расширение пробела; пробел размера k стоит {-O} + {-E}*k Penalty for clipping (-L) Штраф за отсечение (-L) Gap extention penalty (-E) Штраф за расширение пробела (-E) Score threshold (-T) Порог оценки (-T) Internall seeds length (-r) Внутренняя длина затравки (-r) Min seed length (-k) Минимальная длина затравки (-k) Look for internal seeds inside a seed longer than {-k} * FLOAT Поиск внутренние затравки внутри затравки длиннее чем {-k} * FLOAT Number of threads Число потоков Off-diagonal X-dropoff Снижение Band width for banded alignment Ширина полосы для выравнивания Band width (-w) Ширина полосы (-w) Minimum seed length Минимальная длина затравки Number of threads (-t) Число потоков (-t) Dropoff (-d) Снижение (-d) Skip seeds threshold (-c) Порог затравки (-c) Skip seeds with more than INT occurrences Пропускает затравки с более чем с указанным количеством вхождений Drop chain threshold (-D) Порог снижения цепи (-D) Drop chains shorter than FLOAT fraction of the longest overlapping chain Снижение цепи короче FLOAT фракции самого длинного перекрытия цепи Algorithm Internal seeds length (-r) Scoring Options Other Index algorithm (-a) Алгоритм (-a) autodetect autodetect bwtsw bwtsw div div is is Matching score (-A) Веса совпадений (-A) Rounds of mate rescues (-m) Округление за освобождение участника (-m) Perform at most INT rounds of mate rescues for each read Выполняет для большинства INT округлений освобождений участников для каждого рида Skip mate rescue Пропустить освобождение участника Skip mate rescue (-S) Пропустить освобождение участника (-S) Skip pairing; mate rescue performed unless -S also in use Пропустить спаривание; участник освобождается кроме случая когда -S также используется Skip pairing (-P) Пропустить спаривание (-P) <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> </body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> </body></html> BwaSettings Form Форма Best hits (-R) Лучшие попытки (-R) Max gap extensions (-e) Максимальное расширение пробела (-e) Indel offset (-i) Смещение (-i) Max long deletion extensions (-d) Максимальная длина сокрашения пропуска (-d) Seed length (-l) Длина затравки (-l) Max seed differences (-k) Максимальное различие затравок (-k) Max queue entries (-m) Максимальное число записей в очереди (-m) Enable long gaps Допустимы длинные пробелы Missing prob (-n) Доля потери (-n) Max #diff (-n) Максимальное расстояние редактирования (-n) Long-scaled gap penalty for long deletions (-L) Долгосрочный штраф за длительный пробел (-L) Advanced Дополнительно Gap open penalty (-O) Штраф за открытие пробела (-O) Barcode length (-B) Длина штрих-кода (-B) Quality threshold (-q) Порог качества (-q) Mismatch penalty (-M) Штраф за несовпадение (-M) Gap extension penalty (-E) Штраф за расширение пробела (-E) Threads (-t) Потоки (-t) Non-iterative mode (-N) Неитеративный режим (-N) Max gap opens (-o) Максимальное число пробелов (-o) Base Options Основные параметры Index algorithm (-a) Алгоритм (-а) autodetect autodetect bwtsw bwtsw div div is is BwaSwSettings Form Форма Base Options Основные параметры Score threshold (divided by match score) (-T) Порог оценки (-T) Number of threads (-t) Число потоков (-t) Number of seeds to start rev alginment (-N) Число затравок, чтобы начать обратное выравнивание (-N) Z-best (-z) Лучшие (-z) Prefer hard clipping in SAM output (-H) Строгое отсечение в выходном SAM файле (-H) Size of chunk of reads (-s) Размер куска ридов (-s) Score for a match (-a) Веса совпадений (-a) Gap extention penalty (-r) Штраф за расширение пробела (-r) Mismatch penalty (-b) Штраф за несовпадение (-b) autodetect autodetect bwtsw bwtsw div div is is Gap open penalty (-q) Штраф за открытие пробела (-q) Band width (-w) Ширина полосы (-w) Index algorithm (-a) Алгоритм (-а) Mask level (-c) Уровень маски (-c) <html><head/><body>Number of seed to trigger reverse alignment</body></html> <html><head/><body>Число затравок, чтобы начать обратное выравнивание</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> </body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;"> </body></html> CAP3SupportDialog Contig Assembly with CAP3 Сборка контигов с помощью CAP3 Base Основные Input files (long DNA reads to assembly) Входные файлы (длинные ДНК риды) <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'Ubuntu'; font-size:11pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Sequences in FASTA or FASTQ formats are supported. The quality scores for FASTA sequences can be provided in an additional file. The file must be located in the same folder as the original sequences and have the same name as FASTA file, but another extention: .qual</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'Ubuntu'; font-size:11pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Допустимы последовательности в форматах FASTA или FASTQ. Значения качества для последовательностей в формате FASTA будут записаны в соответствующий файл. Этот файл будет сохранен в ту же папку, что и оригинальные последовательности и будет назван как файл FASTA, но с другим расширением: .qual</body></html> Add Добавить Remove Удалить Remove All Удалить все Result contig Результирующий контиг Path to result contig alignment in ACE format. Путь до результирующего контига в формате ACE. Clipping for poor regions Отсечение пустых регионов Base quality cutoff for clipping (-c) Размер среза (-c) Clipping range (-y) Диапазон обрезания (-y) Length and percent identity of an overlap Длина и процент идентичности перекрытия Overlap length cutoff (-o) Обрезная длина перекрытия (-o) Overlap percent identity cutoff (-p) Обрезной процент идентичности перекрытия (-p) Quality difference score of an overlap Оценка качества различия перекрытия Base quality cutoff for differences (-b) Базовый срез для различий (-b) Max qscore sum at differences (-d) Максимальная сумма оценок для различий (-d) Other parameters Дополнительные параметры Max number of word matches (-t) Максимальное число совпадений (-t) Band expansion size (-a) Размер расширения диапазона (-a) Max gap length in any overlap (-f) Максимальная длина пробела в перекрытии (-f) Assembly reverse reads (-r) Сборка обратных прочтений (-r) Similarity score of an overlap Оценка схожести перекрытия Mismatch score factor (-n) Фактор оценки несовпадения (-n) Overlap similarity score cutoff (-s) Срез оценки схожести перекрытия (-s) Gap penalty factor (-g) Фактор штрафа за пробел (-g) Match score factor (-m) Фактор оценки совпадений (-m) ... ... Advanced Дополнительные ClustalOSupportRunDialog Align with Clustal Omega Выравнивание с помощью ClustalO Input and output Входные и выходные данные Input file Входной файл ... ... Output file Выходной файл Iteration Итерации Number of iterations Количество итераций Max number guidetree iterations Максимальное число итераций дерева Max number of HMM iterations Максимальное число итераций HMM Miscellaneous Другое Number of CPUs being used Использовать процессоров Set options automatically Установить параметры автоматически ClustalWSupportRunDialog Align with ClustalW Выравнивание с помощью ClustalW Input and output Входные и выходные данные Input file Входной файл ... ... Output file Выходной файл Advanced options Дополнительные опции Gap opening penalty Штраф за открытие пробела Gap extension penalty Штраф за промежуточный пробел Weight matrix Весовая матрица IUB IUB CLUSTALW CLUSTALW Max iterations Количество итераций NONE Нет TREE Дерево ALIGNMENT Выравнивание Iteration type Тип итераций Out sequences order Порядок последовательностей Input Входные Aligned Выровненные Protein gap parameters Параметры для белковых последовательностей Gap separation distance Расстояние между пробелами Residue-specific gaps off Откл. специфические для остатков пробелы Hydrophilic gaps off Отключить гидрофильные пробелы No end gap separation penalty Не вводить штраф за разделение пробелов ETSSettingsWidget Resource settings Настройки ресурсов You can select path for Вы можете выбрать путь для Check lastest version of external tools package Проверить наличие новой версии пакета внешних инструментов <a href="http://ugene.net/external.html">external tools package</a> <a href="http://ugene.net/external.html">пакет внешних инструментов</a> Browse... Открыть... Supported tools Поддерживаемые программы Name Имя Path Путь Additional information Дополнительная информация <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'Ubuntu'; font-size:11pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Select an external tool to view more information about it.</body></html> <!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd"> <html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css"> p, li { white-space: pre-wrap; } </style></head><body style=" font-family:'Ubuntu'; font-size:11pt; font-weight:400; font-style:normal;"> Выберите внешний инструмент, чтобы просмотреть дополнительную информацию о нем.</body></html> Binary path: Путь: Version info Информация о версии FormatDBSupportRunDialog Format Database Форматирование базы данных Input data Входные данные Select input file(s) for formatting database: Выберите входной файл(ы) для форматирования базы данных: ... ... Or select folder with input files: Или выберите папку со входными файлами: Or select directory with input files: File filter Фильтр Include files filter Включающий фильтр *.fa;*.fasta *.fa;*.fasta Exclude files filter Исключающий фильтр *.pal *.pal Type of file(s) Тип файла(ов) protein белки nucleotide нуклеотиды Output settings Выходные настройки Select the path to save the database into: Выберите путь для сохранения базы данных: Base name for BLAST files: Базовое имя для файлов BLAST: Title for database file: Название для файла базы данных: HmmerBuildDialog HMM3 Build Input and output Входные и выходные данные Input alignment file ... ... Build to profile Construction strategies assign cols w/ >= symfrac residues as consensus fast Sym fraction Manual construction Hand (requires reference annotation) Tag sequence as a fragment, if L < x*<L>, where x is: Relative weighting Henikoff position-based weights Gerstein/Sonnhammer/Chothia tree weights Henikoff simple filter weights Identity cutoff Skip relative weighting; set all to 1 Use weights given in alignment file Effective weighting Adjust effective sequence number to achieve relative entropy target Minimum relative entropy/position Sigma parameter Use number of single linkage clusters as effective Fractional identity cutoff Use number of sequences as effective Effective sequence number for all models to E-value calibration Length of sequences for MSV Gumbel mu fit Number of sequences for MSV Gumbel mu fit Length of sequences for Viterbi Gumbel mu fit Number of sequences for Viterbi Gumbel mu fit Length of sequences for Forward exp tail mu fit Number of sequences for Forward exp tail mu fit Tail mass for Forward exponential tail mu fit Other Random generator seed * 0 means that one-time arbitrary seed will be used HmmerSearchDialog HMM3 Search Input and output Входные и выходные данные Query HMM file: ... ... Reporting thresholds Report domains with E-value less than 1E+ Report domains with score greater than Score threshold: Use profile's GA gathering cutoffs Use profile's NC noise cutoffs Use profile's TC trusted cutoffs Number of significant sequences for domain E-value calculation Acceleration heuristics Turn off composition bias filter Turn off biased composition score corrections Turn all heuristic filters off (less speed, more power) MSV filter threshold: Viterbi filter threshold: Forward filter threshold: Other Random generator seed * 0 means that one-time arbitrary seed will be used IntegralBusPort One of these slots must be not empty: '%1', '%2' Один из этих слотов не должен быть пустым: '%1', '%2' Only one of these slots must be binded: '%1', '%2' Только один из этих слотов должен быть связан: '%1', '%2' The slot must be not empty: '%1' Слот не должен быть пустым: '%1' Error! One of these slots must be not empty: '%1', '%2' Ошибка! Один из этих слотов не должен быть пустым: '%1', '%2' Error! You can not bind one of sequences slots and one of url slots simultaneously Ошибка! Вы не можете связать слот последовательности и слот пути одновременно '%1' slot must be not binded '%1' слот не должен быть связан MAFFTSupportRunDialog Align with MAFFT Выравнивание с помощью MAFFT Input and output Входные и выходные данные Input file Входной файл ... ... Output file Выходной файл Advanced options Дополнительные опции Gap opening penalty Штраф за открывающий пропуск Offset (works like gap extension penalty) Смещение (работает как штраф за промежуточный пробел) Maximum number of iterative refinement Максимальное число итераций MrBayesDialog MrBayes Settings Настройки метода MrBayes Model Настройки ModelType ModelType Rate Показатель Gamma Гамма MCMC MCMC Chain length Длина цепи Subsampling frequence Размер выборки Burn-in length Длина прожига Heated chains Подогретые цепи Heated chain temp Температура подогрева цепей Random seed Затравка Display Options Опции отображения PhmmerSearchDialog Phmmer Search Input and output Входные и выходные данные Query sequence file: ... ... Reporting tresholds Report domains with E-value less than 1E+ Report domains with score greater than Number of significant sequences for domain E-value calculation Scoring system Gap open probability Gap extend probability Acceleration Turn off composition bias filter Turn off biased composition score corrections Turn all heuristic filters off (less speed, more power) Viterbi filter treshold MSV filter treshold Forward filter treshold E-value calibration Length of sequences for MSV Gumbel mu fit Number of sequences for MSV Gumbel mu fit Length of sequences for Viterbi Gumbel mu fit Number of sequences for Viterbi Gumbel mu fit Length of sequences for Forward exp tail mu fit Number of sequences for Forward exp tail mu fit Tail mass for Forward exponential tail mu fit Other Random generator seed * 0 means that one-time arbitrary seed will be used PhyMLDialog Substitution model Модель замен Equilibrium frequencies Равновесные частоты optimized оптимизированные empirical эмпирические Transition / transversion ratio Коэффициент перехода/трансверсии Check to set user value. Uncheck to get the maximum likelihood estimate. Установите галочку, чтобы задать значение пользователя. Снимите галочку, чтобы получить максимальную оценку правдоподобия. estimated оценка Proportion of invariable sites Доля неизменяемых сайтов Substitution Model Модель замен Number of substitution rate categories Число категорий коэффициента замещения Set a fixed value or get the maximum likelihood estimate. estimated fixed Gamma shape parameter Параметр формы Гамма Branch Support Поддержка ветви Use fast likelihood-based method Использовать быстрый метод максимального правдоподобия Perform bootstrap Выполнить начальную загрузку It is the number of bootstrap replicates. Это число начальных загрузок. Tree Searching Поиск дерева ... ... Type of tree improvement Тип улучшения дерева Set number of random starting tree Установить число случайных начал дерева Optimise tree topology Optimise topology Оптимизировать топологию Optimise branch lengths Оптимизировать длину ветвей Optimise substitution rate Display Options Опции отображения QObject Path for temporary files Путь к папке с временными файлами Path for temporary files not selected. Путь для временных файлов не задан. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? Genome sequence slot is not binded : '%1' Слот последовательности не связан: '%1' Transcripts slot is not binded : '%1' Слот транскрипций не связан: '%1' Input transcripts Входные транскрипции Genomic sequence url Путь до последовательности Genomic sequence url [FASTA] Путь до последовательности [FASTA] Transcripts url Путь до транскрипций Transcripts url [GTF] Путь до транскрипций [GTF] Extracted sequences url Путь до извлекаемых последовательностей Output sequences Выходные последовательности The url to the output file with the extracted sequences. Путь до выходного файла с извлеченными последовательностями. Extract Transcript Sequences with gffread Извлечение последовательностей транскриптов с помощью gffread Extract transcript sequences from the genomic sequence(s) with gffread. извлекает последовательности транскриптов из геномных последовательностей при помощи gffread. Installed Установлено Not installed Не установлено Unexpected value '%1' of the library type Unexpected value '%1' of the library type %1 tool's version is undefined, this may cause some compatibility issues %1 версия инструмента не определена, это может вызвать некоторые проблемы совместимости Bowtie and TopHat tools have incompatible versions. Your TopHat's version is %1, Bowtie's one is %2. The following are considered to be compatible: Bowtie < "0.12.9" and TopHat <= "2.0.8" or Bowtie >= "0.12.9" and TopHat >= "2.0.8.b" Bowtie и TopHat инструменты имеют несовместимые версии. Версия TopHat %1, версия Bowtie %2. Для совместимости необходимо: Bowtie < "0.12.9" and TopHat <= "2.0.8" or Bowtie >= "0.12.9" and TopHat >= "2.0.8.b" At least two samples are required Необходимо как минимум два примера Duplicate sample name: Повторяющееся имя примера: No datasets in the sample: В примере нет данных: NOTE: "is" index algorithm is not supposed to work with reference sequences having size larger than 2 GB. In order to achieve stable BWA performance it is strongly recommend to set the index algorithm to "bwtsw" NOTE: "is" алгоритм не поддерживается для работы с реверенсными последовательностями, размер которых превышает 2 GB. В таком случае рекомендуется выбрать алгоритм "bwtsw" NOTE: "bwtsw" index algorithm is not supposed to work with reference sequences having size smaller than 10 MB. In order to achieve stable BWA performance it is strongly recommend to set the index algorithm to "is" NOTE: "bwtsw" алгоритм не поддерживается для работы с рефересными последовательностями, размер которых меньше 10 MB. В таком случае рекомендуется изменить алгоритм на "is" NOTE: "bwtsw" index algorithm is not supposed to work with reference sequences having size smaller than 10 MB. In order to achieve stable BWA performance it is strongly recommend to set the index algorithm to "is" NOTE: "bwtsw" алгоритм не поддерживается для работы с рефересными последовательностями, размер которых меньше 10 MB. В таком случае рекомендуется изменить алгоритм на "is" Sequence name from file Имя последовательности в файле File name Имя файла SnpEffDatabaseDialog Select SnpEff Database Search... SpadesSettings Form Форма Base Options Основные параметры Running mode Режим запуска Error Correction and Assembly Исправление ошибок и сборка Assembly only Только сборка Error correction only Только исправление ошибок k-mer sizes (-k) размеры k-mer (-k) Dataset type Тип набора данных auto авто Multi Cell Сложная ячейка Single Cell Одиночная ячейка Memory limit GB (-m) Предел памяти GB (-m) Number of threads Число потоков Number of threads (-t) число потоков (-t) TCoffeeSupportRunDialog Align with T-Coffee Выравнивание с помощью T-Coffee Input and output Входные и выходные данные Input file Входной файл ... ... Output file Выходной файл Advanced options Дополнительные опции Gap opening penalty Штраф за открывающий пропуск Gap extension penalty Штраф за промежуточный пробел Number of iterations Количество итераций U2::AlignToReferenceBlastCmdlineTask Map Sanger reads to reference Выравнивание данных секвенирования по Сэнгеру The '%1' reference file doesn't exist. wrong reference format Filtered by quality (%1): Прочтения, отфильтрованные по качеству wrong output format U2::AlignToReferenceBlastDialog Align Выровнять Map Выровнять Cancel Отмена File name Имя файла Sequence name from file Имя последовательности в файле Select Output File... Укажите выходной файл... Error Ошибка Reference sequence is not set. Референсная последовательность не задана. No reads provided. Риды не заданы. Output file is not set. Выходной файл не указан. Overwrite the file? Переписать этот файл? The result file already exists. Would you like to overwrite it? Такой файл уже существует. Переписать его? Unable to delete the file. Невозможно удалить этот файл. Open Reference Sequence Выбрать референсную последовательность Select File(s) with Read(s) Выбрать прочтения U2::BedtoolsIntersectAnnotationsByEntityTask Intersect annotations task Intersect annotations task Failed to get IOAdapterFactory Failed to get IOAdapterFactory Result document is NULL Result document is NULL Failed to get BED format Failed to get BED format U2::BedtoolsIntersectTask BedtoolsIntersect task BedtoolsIntersect task No input A URL No input A URL No input B URL(s) No input B URL(s) Output URL is not set Output URL is not set U2::BedtoolsSupport Bedtools: flexible tools for genome arithmetic and DNA sequence analysis. Bedtools: гибкие инструменты для геномной арифметики и ДНК анализа. U2::BigWigSupport bedGraphToBigWig: converts bedGrapth to bigWig. bedGraphToBigWig: конвертирует bedGrapth в bigWig. U2::BlastAllSupport The blastall is the old program developed and distributed by the NCBI for running BLAST searches. The NCBI recommends that people start using the programs of the BLAST+ package instead. blastall это программа разработанная NCBI для запуска BLAST поиска. NCBI рекомендует использовать более новый пакет BLAST+. Path for BLAST %1 tool not selected. Путь для BLAST %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::BlastAllSupportContext Query with local BLAST... Поиск с помощью локальной базы данных BLAST... Path for BLAST %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? Sequence object is NULL Sequence object is NULL U2::BlastAllSupportMultiTask Source file Исходный файл Used databse Используемая база данных No any results found Результатов не найдено U2::BlastAllSupportRunDialog Database path contains space characters. Путь до базы данных содержит пробелы. Database name contains space characters. Имя базы данных содержит пробелы. Wrong parameters for creating annotations Неверные параметры для создания аннотаций Error Ошибка Cannot create an annotation object. Please check settings Невозможно создать аннотацию. Проверьте настройки U2::BlastAllSupportTask A problem occurred during doing BLAST. The sequence is no more available. A problem occurred during doing BLAST. The sequence is no more available. Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Subdirectory for temporary files exists. Can not remove this folder. Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Can not create fake NCBI ini file Can not create fake NCBI ini file Output file not found Выходной файл не найден Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. Incorrect number of fields in line: %1 Incorrect number of fields in line: %1 Can't get location. Start position is absent in [%1] Can't get location. Start position is absent in [%1] Can't get location. End position is absent in [%1] Can't get location. End position is absent in [%1] Can't get hit start location from [%1] Can't get hit start location from [%1] Can't get hit end location from [%1] Can't get hit end location from [%1] Can't get align length from [%1] Can't get align length from [%1] Can't get gaps from [%1] Can't get gaps from [%1] Can't get identity from [%1] Can't get identity from [%1] Can't open output file Can't open output file Can't get Hsp_query-from element Can't get Hsp_query-from element Can't get Hsp_query-to element Can't get Hsp_query-to element Can't get location. Hsp_query-frame[%1] Can't get location. Hsp_query-frame[%1] Can't get identity Can't get identity Can't get gaps Can't get gaps Can't get align length Can't get align length Can't evaluate location Can't evaluate location U2::BlastAllWithExtFileSpecifySupportRunDialog Select input file Выберите входной файл Database path contains space characters. Путь до базы данных содержит пробелы. Database name contains space characters. Имя базы данных содержит пробелы. This file has the incompatible format for the BLAST+ search. Этот файл имеет несовместимый формат для поиска BLAST+. This file does not contain any sequence. Этот файл не содержит последовательностей. Wrong input file Неверный входной файл Wrong parameters for creating annotations Неверные параметры для создания аннотаций U2::BlastDBCmdDialog Fetch Получить Cancel Отмена Select a database file Выберите файл базы данных Set a result FASTA file name Выберите имя результирующего FASTA файла U2::BlastDBSelectorWidgetController Database path contains space characters. Путь до базы данных содержит пробелы. Database name contains space characters. Имя базы данных содержит пробелы. Select a database file Выберите файл базы данных No alias or index file found for selected database. Не найдено алиасов или индексного файла для выбранной базы данных. U2::BlastDbCmdSupport The BlastDBCmd fetches protein or nucleotide sequences from BLAST+ database based on a query. BlastDBCmd получает белковые или нуклеотидные последовательности из базы данных BLAST+ основанной на запросе. Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь для BLAST+ %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::BlastPlusSupport Path for BLAST+ tools not selected. Путь для BLAST+ не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::BlastPlusSupportCommonTask A problem occurred during doing BLAST+. The sequence is no more available. A problem occurred during doing BLAST+. The sequence is no more available. The task uses a temporary folder to process the data. The folder path is required not to have spaces. Please set up an appropriate path for the "Temporary files" parameter on the "Directories" tab of the UGENE Application Settings. Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Can not create fake NCBI ini file Can not create fake NCBI ini file Output file not found Выходной файл не найден Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? There were no hits found for your BLAST search. There were no hits found for your BLAST search. Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. Incorrect number of fields in line: %1 Incorrect number of fields in line: %1 Can't get location Can't get location Can't evaluate location Can't evaluate location Can't get hit location Can't get hit location Can't evaluate hit location Can't evaluate hit location Can't get align length Can't get align length Can't get gaps Can't get gaps Can't get identity Can't get identity Can't open output file Can't open output file Can't read output file Can't read output file U2::BlastPlusSupportContext Fetch sequences by 'id' Получить последовательности по 'id' Query with local BLAST+... Поиск с помощью локальной базы данных BLAST+... Fetch sequences from local BLAST database Извлечь последовательность из локальной базы данных BLAST Fetch sequences by 'id' %1 Извлечь последовательности по 'id' %1 Path for BLAST+ tools not selected. Путь для BLAST+ не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? Sequence object is NULL Sequence object is NULL Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь для BLAST+ %1 не установлен. U2::BlastPlusSupportMultiTask Source file Исходный файл Used databse Используемая база данных No any results found Результатов не найдено U2::BlastPlusSupportRunDialog Database path contains space characters. Путь до базы данных содержит пробелы. Database name contains space characters. Имя базы данных содержит пробелы. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь до BLAST+ %1 не установлен. Wrong parameters for creating annotations Неверные параметры для создания аннотаций Error Ошибка Cannot create an annotation object. Please check settings Невозможно создать аннотацию. Проверьте настройки U2::BlastPlusWithExtFileSpecifySupportRunDialog Select input file Выберите входной файл Wrong input file Неверный входной файл Database path contains space characters. Путь до базы данных содержит пробелы. Database name contains space characters. Имя базы данных содержит пробелы. This file has the incompatible format for the BLAST+ search. Этот файл имеет несовместимый формат для поиска BLAST+. This file does not contain sequences. Этот файл не содержит последовательностей. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь до BLAST+ %1 не установлен. Wrong parameters for creating annotations Неверные параметры для создания аннотаций U2::BlastRunCommonDialog Restore to default Значения по умолчанию Search Искать Cancel Отмена Select a database file Выберите файл базы данных Direct nucleotide alignment Прямое нуклеотидное выравнивание Direct protein alignment Прямое белковое выравнивание Direct protein alignment (on GPU) Прямое белковое выравнивание (на GPU) Protein alignment, input nucleotide is translated input protein before the search Белковое выравнивание, входные нуклеотиды транслируются в белки до поиска Protein alignment, nucleotide database is translated input protein before the search Белковое выравнивание, нуклеотидная база данных транслируется в белковую до поиска Protein alignment, both input query and database are translated before the search Белковое выравнивание, оба запроса и база данных транслируются до поиска U2::Bowtie2AlignTask Unknown short reads format %1 Неизвестный формат ридов %1 U2::Bowtie2BuildIndexTask Reference file "%1" does not exist Reference file "%1" does not exist U2::Bowtie2Support Bowtie 2 aligner takes a Bowtie 2 index and a set of sequencing read files and outputs a set of alignments. Выравнивание при помощи Bowtie 2 принимает индексный файл и набор ридов, в качестве результата работы выдает выравнивание. Bowtie 2 build indexer builds a Bowtie index from a set of DNA sequences. It outputs a set of 6 files with suffixes .1.bt2, .2.bt2, .3.bt2, .4.bt2, .rev.1.bt2, and .rev.2.bt2. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference. The original sequence files are no longer used by Bowtie 2 once the index is built. Построение индекса при помощи Bowtie 2 строит индекс из набора ДНК последовательностей. Результатом работы являются 6 файлов с суффиксами .1.bt2, .2.bt2, .3.bt2, .4.bt2, .rev.1.bt2, и .rev.2.bt2. Эти файлы вместе образуют индекс: они все необходимы для выравнивания ридов на референсную последовательность. Bowtie 2 index inspector extracts information from a Bowtie index about what kind of index it is and what reference sequence were used to build it. Проверка индекса, построенного Bowtie 2 извлекает информацию из индекса о его типе и какая референсная последовательность была использована для его построения. U2::BowtieAssembleTask Reference index file "%1" does not exist Reference index file "%1" does not exist Unknown short reads format %1 Unknown short reads format %1 There is not enough memory on the computer! There is not enough memory on the computer! U2::BowtieBuildIndexTask Reference file "%1" does not exist Reference file "%1" does not exist U2::BowtieSupport Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. It aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end). Bowtie один из самых быстрых и эффективных инструментов для выравнивания данных секвенирования на референсную последовательность. Так, например, он способен выравнивать короткие (35 нукл.) последовательности ДНК на геном человека со скоростью более 25 миллионов последовательностей / час. U2::BwaAlignTask Short reads are not provided Short reads are not provided In paired-end mode it possible to analyze only 2 read sets using BWA In paired-end mode it possible to analyze only 2 read sets using BWA Please, provide same number of files with downstream and upstream reads. Align reads with BWA Multitask Saming reads with BWA Multitask Log is incomplete Log is incomplete Log is incorrect Log is incorrect U2::BwaMemAlignTask Short reads are not provided Short reads are not provided Please, provide same number of files with downstream and upstream reads. Align reads with BWA-MEM Multitask Wrong settings of paired reads. For paired-read alignment by BWA MEM only a single pair of reads is acceptable. Wrong settings of paired reads. For paired-read alignment by BWA MEM only a single pair of reads is acceptable. U2::BwaMemSettingsWidget NOTE: bwa mem accepts reads only in FASTA or FASTQ format. Reads should be compiled into a single file for each mate end. NOTE: bwa mem принимает риды только в формате FASTA или FASTQ формате. U2::BwaSupport Burrows-Wheeler Aligner (BWA) is an efficient program that aligns relatively short nucleotide sequences against a long reference sequence such as the human genome. Burrows-Wheeler Aligner (BWA) это один из самых популярных программных пакетов для выравнивания коротких последовательностей на референсный геном, например на геном человека. U2::BwaSwAlignTask Short reads are not provided Short reads are not provided BWA SW can not align paired reads BWA SW can not align paired reads U2::BwaSwSettingsWidget NOTE: bwa-sw performs alignment of long sequencing reads (Sanger or 454). It accepts reads only in FASTA or FASTQ format. Reads should be compiled into single file. NOTE: bwa-sw выравнивает длинные риды. Принимает риды только в формате FASTA или FASTQ формате. U2::BwaTask Multiple read files are not supported by bwa-sw. Please combine your reads into single FASTA file. Multiple read files are not supported by bwa-sw. Please combine your reads into single FASTA file. Please, provide same number of files with downstream and upstream reads. Multiple read files are not supported by bwa-mem. Please combine your reads into single FASTA file. Multiple read files are not supported by bwa-mem. Please combine your reads into single FASTA file. Please, provide two files with paired reads. Please, provide two files with paired reads. U2::CAP3Support CAP3 is a contig assembly program. It allows to assembly long DNA reads (up to 1000 bp). Binaries can be downloaded from http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html CAP3это программа для сборки контигов. Она позволяет собирать длинные ДНК риды (более 1000 нуклеотидов). Бинарный пакет может быть скачан отсюда http://seq.cs.iastate.edu/cap3.html Huang, X. and Madan, A. (1999) Huang, X. and Madan, A. (1999) CAP3: A DNA Sequence Assembly Program, CAP3: A DNA Sequence Assembly Program, Genome Research, 9: 868-877. Genome Research, 9: 868-877. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::CAP3SupportDialog Run Запустить List of input files is empty! Входные файлы не указаны! Result contig file name is not set! Имя для выходного файла не указано! Destination file already exists. To overwrite the file, press 'Replace'. To save under other name press 'Cancel' and change name in 'Result contig' field. Файл уже существует. Чтобы переписать файл нажмите 'Переписать'. Чтобы сохранить под другим именем нажмите 'Отмена' и измените имя в поле 'Выходной контиг'. Replace Переписать Add Sequences to Assembly Добавить последовательности в сборку Set Result Contig File Name Задать имя выходного файла Cancel Отмена ACE format (*.ace) Формат ACE (*.ace) U2::CAP3SupportTask Output file not found Выходной файл не найден Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file not found: copy from tmp dir failed. Output file not found: copy from tmp dir failed. U2::CEASSupport CEAS - Cis-regulatory Element Annotation System - helps to characterize genome-wide protein-DNA interaction patterns from ChIP-chip and ChIP-Seq of both sharp and broad binding factors. It provides statistics on ChIP enrichment at important genome features such as specific chromosome, promoters, gene bodies, or exons, and infers genes most likely to be regulated by a binding factor. CEAS - Cis-regulatory Element Annotation System - помогает охарактеризовать модели взаимодействия участков геном-белок-ДНК из ChIP-chip и ChIP-Seq факторов. Это предоставляет статистику о важных свойствах, например, хромосома, промоутеры, экзоны и т.д. U2::CEASSupportTask CEAS error: Can not find a required output file %1. CEAS error: Can not find a required output file %1. Can not copy the result file to: %1 Can not copy the result file to: %1 U2::ClustalOSupport Clustal Omega is a free sequence alignment software for proteins. Clustal Omega это свободный инструмент для выравнивания белков. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ClustalOSupportContext Align with ClustalO... Выравнивание с помощью ClustalO... Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ClustalOSupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена U2::ClustalOSupportTask ClustalO alignment started ClustalO alignment started Saving data to temporary file '%1' Saving data to temporary file '%1' Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Subfolder for temporary files exists. Can not remove this folder. Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Output file %1 not found Output file %1 not found Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Loading output file '%1' Loading output file '%1' Failed to apply the result of ClustalO: alignment object is not available! Failed to apply the result of ClustalO: alignment object is not available! ClustalO alignment successfully finished ClustalO alignment successfully finished Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. U2::ClustalOWithExtFileSpecifySupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена Open an alignment file Открыть выравнивание Save an multiple alignment file Сохранить выравнивание Kalign with Align Выравнивание с помощью Kalign Input file is not set! Не указан входной файл! Output file is not set! Не указан выходной файл! U2::ClustalOWithExtFileSpecifySupportTask Unrecognized input alignment file format Unrecognized input alignment file format U2::ClustalWSupport ClustalW is a free sequence alignment software for DNA or proteins. ClustalWэто свободный иснтрумент для выравнивания белков или ДНК последовательностей. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ClustalWSupportContext Align with ClustalW... Выравнивание с помощью ClustalW... Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ClustalWSupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена U2::ClustalWSupportTask Unsupported alphabet: %1 Unsupported alphabet: %1 ClustalW alignment started ClustalW alignment started Saving data to temporary file '%1' Saving data to temporary file '%1' Output file %1 not found Output file %1 not found Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Loading output file '%1' Loading output file '%1' Failed to apply the result of ClustalW: alignment object is not available! Failed to apply the result of ClustalW: alignment object is not available! ClustalW alignment successfully finished ClustalW alignment successfully finished Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. U2::ClustalWWithExtFileSpecifySupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена Open an alignment file Открыть выравнивание Save an multiple alignment file Сохранить выравнивание Kalign with Align Выравнивание с помощью Kalign Input file is not set! Не указан входной файл! Output file is not set! Не указан выходной файл! U2::ClustalWWithExtFileSpecifySupportTask Unrecognized input alignment file format Unrecognized input alignment file format U2::ConductGOSupport Conduct GO - For a list of input genes, this tool uses R/BioC packages (GO, GOstats) to identify over represented GO terms. Conduct GO - Для набора входных генов этот инструмент использует пакеты R/BioC packages (GO, GOstats), чтобы определить представленные GO условия. U2::ConductGOTask Conduct GO warning: Can not find a required output file %1. Conduct GO warning: Can not find a required output file %1. Can not copy the result file to: %1 Can not copy the result file to: %1 U2::ConservationPlotSupport ConservationPlot - Draw conservation plot for many bed files. ConservationPlot - Рисует консервативный график для многих наборов файлов. U2::ConservationPlotTask An annotation table object wasn't found in the workflow data storage An annotation table object wasn't found in the workflow data storage Conservation Plot error: Can not find a required output file %1. Conservation Plot error: Can not find a required output file %1. Can not copy the result file to: %1 Can not copy the result file to: %1 U2::ConvertAlignment2Stockholm Convert alignment to Stockholm format Cannot create a folder for temporary files. File doesn't contain any multiple alignments. File contains several multiple alignments. Only the first one is saved to the result file. U2::CopyFileTask Copy file task Copy file task Input file is not set Input file is not set Output file is not set Output file is not set Copy %1 to %2 Copy %1 to %2 Can not rename existing file '%1' Can not rename existing file '%1' Error copying file Error copying file File copying finished File copying finished File copying task was finished with an error: %1 File copying task was finished with an error: %1 File copy was finished. Copy of '%1' is '%2' File copy was finished. Copy of '%1' is '%2' U2::CuffdiffSupportTask Running Cuffdiff task Running Cuffdiff task Workflow data storage is NULL Workflow data storage is NULL At least 2 sets of assemblies are required for Cuffdiff At least 2 sets of assemblies are required for Cuffdiff U2::CufflinksSupport Cuffcompare helps comparing assembled transcripts to a reference annotation, and also tracking transcripts across multiple experiments. Cuffcompare помогает сравнить собранные транскрипции с референсной аннотацией. Cuffdiff  tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. Cuffdiff  тестирование для дифференциальной экспрессии и регуляции в образцах RNA-Seq. Cufflinks assembles transcripts and estimates their abundances. Cufflinks собирает транскрипции и оценивает их распространенность. Cuffmerge merges together several assemblies. Cuffmerge соединяет вместе несколько сборок. Gffread is used to verify or perform various operations on GFF files. Gffread используется для проверки и выполнения различных операций с GFF файлами. U2::CufflinksSupportTask Running Cufflinks task Running Cufflinks task Unable to get an assembly object. Unable to get an assembly object. An internal error occurred during getting annotations from a %1 output file! An internal error occurred during getting annotations from a %1 output file! U2::CuffmergeSupportTask Running Cuffmerge task Running Cuffmerge task Workflow data storage is NULL Workflow data storage is NULL There are no annotations to process There are no annotations to process Can not create a file: %1 Can not create a file: %1 An internal error occurred during getting annotations from a %1 output file! An internal error occurred during getting annotations from a %1 output file! U2::CutadaptSupport cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing data. This is necessary when the reads are longer than the molecule that is sequenced, such as in microRNA data. cutadapt удаляет последовательности из данных секвенирования с высокой пропускной способностью. Это необходимо, когда риды больше, чем молекулы, которые секвенированы, например, в данных микроРНК. U2::ETSProjectViewItemsContoller FormatDB... Создать БД BLAST... BLAST+ make DB... Создать БД BLAST+... BLAST BLAST Path for BLAST %1 tool not selected. Путь для BLAST %1 не установлен. Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь для BLAST+ %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ExternalToolJustValidateTask Tool's path is empty Tool's path is empty Tool's executable isn't exists Tool's executable isn't exists Scripting tool registry is NULL Scripting tool registry is NULL Scripting tool '%1' isn't found in the registry Scripting tool '%1' isn't found in the registry Tool does not start. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. Tool does not start. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. Can not find expected message. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. Can not find expected message. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. U2::ExternalToolSearchAndValidateTask Can not find expected message. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. Can not find expected message. It is possible that the specified executable file %1 for %2 tool is invalid. You can change the path to the executable file in the external tool settings in the global preferences. U2::ExternalToolSearchTask '%1' external tool search task '%1' external tool search task An external tool '%1' isn't found in the registry An external tool '%1' isn't found in the registry Tool pointer is NULL Tool pointer is NULL External tool module hasn't any dependencies: it hasn't master tool External tool module hasn't any dependencies: it hasn't master tool External tool registry is NULL External tool registry is NULL Tool's executable name is not set Tool's executable name is not set U2::ExternalToolSupportPlugin Search tools in PATH Search tools in PATH External tool support Поддержка внешних инструментов Runs other external tools Модуль позволяет использовать внешние программы Align with ClustalW... Выравнивание с помощью ClustalW... Align with ClustalO... Выравнивание с помощью ClustalO... Align with MAFFT... Выравнивание с помощью MAFFT... Align with T-Coffee... Выравнивание с помощью T-Coffee... BLAST make database... Создание базы данных BLAST... BLAST+ make database... Создание базы данных BLAST+... Map reads to reference... Выравнивание прочтений на референсную последовательность... Reads de novo assembly (with %1)... Сборка прочтений de novo (при помощи %1)... BLAST+ search... Поиск с помощью BLAST+... BLAST+ query database... Запрос с помощью BLAST+... Contig assembly with %1... Сборка контигов с помощью %1... BLAST search... Поиск с помощью BLAST... The subfolder for temporary files '%1' already exists. Can not remove this folder! The subfolder for temporary files '%1' already exists. Can not remove this folder! Can not create a subfolder for temporary files '%1'! Не удаётся создать папку для временных файлов '%1'! U2::ExternalToolSupportService External tools support Поддержка внешних инструментов Provides support to run external tools from UGENE Позволяет запускать внешние инструменты из UGENE U2::ExternalToolSupportSettingsPageController External Tools Внешние инструменты U2::ExternalToolSupportSettingsPageWidget Select an external tool to view more information about it. Выберите инструмент, чтобы увидеть дополнительную информацию о нем. The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches. BLAST can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families. The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) ищет регионы локального сходства между последовательностями. Программа сравнивает нуклеотидные или белковые последовательности в базах данных последовательностей и вычисляет статистическую значимость совпадений. BLAST может использоваться для выявления функциональных и эволюционных взаимосвязей между последовательностями, а также для определения членов семейств гена. BLAST+ is a new version of the BLAST package from the NCBI. BLAST+ это новая версия пакета BLAST от NCBI. Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. It also estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one, taking into account biases in library preparation protocols. Cufflinks собирает транскрипции и оценивает их распространенность. Bowtie 2 is an ultrafast and memory-efficient tool for aligning sequencing reads to long reference sequences. It is particularly good at aligning reads of about 50 up to 100s or 1000s of characters, and particularly good at aligning to relatively long (e.g. mammalian) genomes. It indexes the genome with an FM index to keep its memory footprint small: for the human genome, its memory footprint is typically around 3.2Gb. Bowtie 2 supports gapped, local, and paired-end alignment modes. Bowtie 2 один из самых быстрых и эффективных инструментов для выравнивания данных секвенирования на большие референсные последовательности. Особенно эффективно применение инструмента для выравнивания ридов начиная от 50 и до сотен и тысяч символов, и больших геномов (например млекопитающих). Cistrome is a UGENE version of Cistrome pipeline which also includes some tools useful for ChIP-seq analysisThis pipeline is aimed to provide the following analysis steps: peak calling and annotating, motif search and gene ontology. Cistrome это версия UGENE пайплайна Cistrome, который включает некоторые инструменты, используемые в ChIP-seq анализе. No description Нет описания External tool '%1' cannot be validated as it depends on other tools, some of which are not valid. The list of tools is the following: Инструмент '%1' не может быть проверен, т.к. он зависит от других инструментов, которые не проверены. Это следующие инструменты: '%1' is %2 module and it is not installed. Install it and restart UGENE or set another %2 with already installed '%1' module. '%1' это %2 модуль и он не установлен. Установите его и перезапустите UGENE или выберите другой %2 с уже установленным модулем '%1'. Version: Версия: unknown неизвестный Binary path: Путь: Bowtie is an ultrafast, memory-efficient short read aligner. It aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end). <a href='http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qtextbrowser.html#anchorClicked'>Link text</a> Bowtieодин из самых быстрых и эффективных инструментов для выравнивания данных секвенирования на референсную последовательность. Так, например, он способен выравнивать короткие (35 нукл.) последовательности ДНК на геном человека со скоростью более 25 миллионов последовательностей / час. <a href='http://qt-project.org/doc/qt-4.8/qtextbrowser.html#anchorClicked'>Link text</a> Choose Folder With Executables Выберите папку с исполняемыми файлами Choose Folder With External Tools Pack Выберите папку пакетом внешних инструментов Not a valid external tools folder Нет подходящей папки внешних инструментов U2::ExternalToolUtils Paths for the following tools are not selected: %1. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::ExternalToolValidateTask %1 validate task %1 validate task U2::ExternalToolsInstallTask Installing external tools Installing external tools failed: failed: U2::ExternalToolsSearchTask Searching external tools Searching external tools failed: failed: U2::ExternalToolsValidateTask Checking external tools Checking external tools failed: failed: U2::FastQCSupport FastQC: A quality control tool for high throughput sequence data. FastQC: Инструмент контроля качества для данных о последовательностях с высокой пропускной способностью. U2::FastQCTask No input URL The input file '%1' is empty. Folder does not exist: %1 Result file does not exist: %1. See the log for details. U2::FormatDBSupport The formatdb formats protein or nucleotide source databases before these databases can be searched by blastall. The formatdb создает белковые или нуклеотидные базы данных до того как эти базы будут использованы поиском blastall. The makeblastdb formats protein or nucleotide source databases before these databases can be searched by other BLAST+ tools. The makeblastdb создает белковые или нуклеотидные базы данных до того как эти базы будут использованы другими инструментами BLAST+. Path for BLAST %1 tool not selected. Путь для BLAST %1 не установлен. Path for BLAST+ %1 tool not selected. Путь для BLAST+ %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::FormatDBSupportRunDialog Format Создать Cancel Отмена Select file(s) Выберите файл(ы) Select a folder with input files Выберите папку со входным файлом Select a folder to save database files Выберите папку для сохранения базы данных Input files paths contain space characters. Путь до входных файлов содержат пробелы. Output database path contain space characters. Путь до выходного файла содержит пробелы. U2::FormatDBSupportTask Run NCBI FormatDB task Run NCBI FormatDB task Cannot create temp folder Trying to initialize Format DB task second time Input files paths contain space characters. Input files paths contain space characters. Output database path contain space characters. Output database path contain space characters. Blast database creation has been cancelled Создание базы данных BLAST было отменено Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. Blast database has been successfully created База данных BLAST успешно создана Source sequences: Исходные последовательности: Database file path: %1 Путь до базы данных: %1 Type: %1 Тип: %1 Formatdb log file path: Formatdb log file path: Blast database creation has been failed Создание базы данных BLAST завершилось неудачно U2::GTest_CompareHmmFiles File #1 not set File #2 not set Error creating ioadapter for first file Error opening 1 file Error creating ioadapter for second file Error opening second file Names of aligments not matched Comparing files length not matched Files parts not equal:'%1' and '%2' U2::GTest_UHMM3SearchCompare Can't parse significance:%1 Internal error (cannot parse float number from string '%1') U2::GTest_UHMMER3Build No input file given No output file given U2::Gene2PeakFormatLoader Incorrect start position at line %1: '%2' Incorrect end position at line %1: '%2' Incorrect NA value at line %1: '%2' U2::GffreadSupportTask Running Gffread task Running Gffread task Unknown file format: %1 Unknown file format: %1 The file format is not [%1]: %2 The file format is not [%1]: %2 U2::HmmerAdvContext Find HMM signals with HMMER3... Error Ошибка Sequences larger 2Gb are not supported on 32-bit architecture. No sequence in focus found U2::HmmerBuildDialog Build Cancel Отмена Select hmm file to create Select multiple alignment file input file is empty output hmm file is empty Error: bad arguments! U2::HmmerBuildFromFileTask Build HMMER profile from file Msa URL is empty U2::HmmerBuildFromMsaTask Build HMMER profile from msa HMM profile URL is empty Cannot create a folder for temporary files. U2::HmmerBuildTask Source alignment Profile name Options: Model construction strategies Relative model construction strategies Gerstein/Sonnhammer/Chothia tree weights Henikoff simple filter weights Henikoff position-based weights No relative weighting; set all to 1 Weights given in MSA file Effective sequence weighting strategies adjust effective sequence number to achieve relative entropy target effective sequence number is number of single linkage clusters no effective sequence number weighting: just use number of sequences set effective sequence number for all models to: %1 Task finished with error: '%1' Unknown model construction strategy Unknown relative sequence weighting strategy Unknown effective sequence weighting strategy U2::HmmerMsaEditorContext Build HMMER3 profile U2::HmmerParseSearchResultsTask Can't parse line %1 U2::HmmerSearchDialog Run Запустить Cancel Отмена HMM profile is not set Settings are invalid Error Ошибка Cannot create an annotation object. Please check settings Невозможно создать аннотацию. Проверьте настройки Error: bad arguments! HMM profile Select query HMM profile U2::HmmerSearchTask HMMER search HMM profile used: Task was not finished Result annotation table: Result annotation group: Result annotation name: Results count: Cannot create a folder for temporary files. Unknown option controlling model-specific thresholding U2::HmmerSupport Error! Target sequence not selected: no opened annotated dna view HMMER build constructs HMM profiles from multiple sequence alignments. Build HMM3 profile... HMMER search searches profile(s) against a sequence database. Search with HMMER3... PHMMER search searches a protein sequence against a protein database. Search with phmmer... Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::JavaSupport Java Platform lets you develop and deploy Java applications on desktops and servers. (Requires Java 1.7 or higher). Java can be freely downloaded on the official web-site: https://www.java.com/en/download/ Java позволяет разрабатывать приложения Java на компьютерах и серверах (Требуется Java 1.7 или выше) Java можно свободно скачать на официальном веб-сайте:. HTTPS: / /www.java.com/en/download/ U2::LocalWorkflow::AlignToReferenceBlastPrompter Input sequence Входная последовательность Input sequence. Aligned data Aligned data. Reference URL A URL to the file with a reference sequence. Result alignment URL An URL to write the result alignment. Mapping min similarity Минимальное сходство при выравнивании Reads, whose similarity with the reference is less than the stated value, will be ignored. Read name in result alignment Имя прочтения в выравнивании Reads in the result alignment can be named either by names of the sequences in the input files or by the input files names. For example, if the sequences have the same name, set this value to "File name" to be able to distinguish the reads in the result alignment. unset не указан Aligns each sequence from %1 to the reference sequence from %2. U2::LocalWorkflow::AlignToReferenceBlastTask Map to reference Details Детальная информация Reference sequence: Референсная последовательность: Mapped reads (%1): Выровненные прочтения (%1): similarity сходство Filtered by low similarity (%1): Прочтения, отфильтрованные из-за недостаточного сходства (%1): U2::LocalWorkflow::AlignToReferenceBlastWorker Map to Reference Align input sequences (e.g. Sanger reads) to the reference sequence. The result file was not produced U2::LocalWorkflow::BaseShortReadsAlignerWorker Not enough upstream reads datasets Not enough downstream reads datasets Output folder Выходная папка Folder to save output files. Папка для сохранения выходных файлов. Reference genome Референсный геном Path to indexed reference genome. Путь до индексированного референсного генома. Library Библиотека Is this library mate-paired? Это парная библиотека? Filter unpaired reads Should the reads be checked for incomplete pairs? Output file name Имя выходного файла Base name of the output file. 'out.sam' by default Базовое имя для выходных файлов. По умолчанию 'out.sam' URL of a file with reads Путь до файла с ридами Input reads to be aligned. Входные риды будут выровнены. URL of a file with mate reads Путь до файла с ридами Input mate reads to be aligned. Входные риды будут выровнены. Input data Входные данные Reverse FASTQ file Обратный FASTQ файл Reverse paired reads to be aligned. Обратные парные риды будут выровнены. Assembly URL Путь до сборки Output assembly URL. Путь выходной сборки. Output data Выходные данные Output assembly files. Выходные файлы сборки. U2::LocalWorkflow::BedGraphToBigWigPrompter unset не указан from %1 из %1 Converts bedGraph files to bigWig %1 with bedGraphToBigWig. Конвертирует файлы bedGraph в bigWig %1 при помощи bedGraphToBigWig. U2::LocalWorkflow::BedGraphToBigWigWorker Convert bedGraph Files to bigWig Преобразование файлов bedGraph в bigWig Convert bedGraph Files to bigWig. Преобразование файлов bedGraph в bigWig. BedGrapgh files Файлы BedGrapgh Set of bedGraph files Укажите bedGraph файлы BigWig files BigWig файлы Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. Output name Имя выходного файла A name of an output file. If default of empty value is provided the output name is the name of the first BAM file with an extention. Имя выходного файла. По умолчанию будет взято имя первого файла с соответствующим расширением. Block size Размер блока Number of items to bundle in r-tree (-blockSize). Количество пунктов для объединения r-tree (-blockSize). Items per slot Пунктов на слот Number of data points bundled at lowest level (-itemsPerSlot). Количество данных в комплекте на низком уровне (-itemsPerSlot). Uncompressed Не сжимать If set, do not use compression (-unc). Если установлено, не используется сжатие (-unc). Genome Геном File with genome length. Файл с геномом. Custom Частный Input file Входной файл Workflow Схема U2::LocalWorkflow::BedtoolsIntersectPrompter Intersect annotations from %1 (set A) with annotations from %2 (set B). Report Пересечение аннотаций из %1 (набор A) с аннотациями из %2 (набор B). Отчет U2::LocalWorkflow::BedtoolsIntersectWorker Data not found by %1 id Data not found by %1 id Can not get annotation table object Can not get annotation table object Annotations A Аннотации A Annotations B Аннотации B Annotations Аннотации Result annotations Выходные аннотации Minimum overlap Минимальное перекрытие Minimum overlap required as a fraction of an annotation from set A. By default, even 1 bp overlap between annotations from set A and set B is taken into account. Yet sometimes you may want to restrict reported overlaps to cases where the annotations in B overlaps at least X% (e.g. 50%) of the A annotation. Минимальное пересечение, требуемое как фракция из набора A. По умолчанию, это свыше 1 нуклеотида пересечений между аннотациями из набора А и аннотациями набора В. Select one of the following:<ul><li>Shared interval to report intervals shared between overlapped annotations from set A and set B.</li><li>Overlapped annotations from A to report annotations from set A that have an overlap with annotations from set B.</li><li>Non-overlapped annotations from A to report annotations from set A that have NO overlap with annotations from set B.</li></ul> Выберите одно из следующего:<ul><li>Общий интервал включить в отчет общие интервалы пересекающихся аннотаций набора А и набора В.</li><li>Пересекающиеся аннотации из A включить в отчетаннотации из набора A, которые имеют пересечения с аннотациями набора B.</li><li>Не пересекающиеся аннотации из набора А включить в отчет аннотации из набора A, которые не пересекаются с аннотациями из набора B.</li></ul> Unique overlaps Уникальное перекрытие If the parameter value is "True", write original A entry once if any overlaps found in B. In other words, just report the fact at least one overlap was found in B. The minimum overlap number is ignored in this case. If the parameter value is "False", the A annotation is reported for every overlap found. Если значение параметра "Истина", запишется оригинальная запись А один раз, если есть какие-либо совпадения в В. Если значение параметра "Ложь", аннотация А сообщает о всех совпадениях. Intersect Annotations Пересечение аннотаций Intersects two sets of annotations denoted as A and B. Перечение двух наборов аннотаций, обозначенных как А и В. U2::LocalWorkflow::BlastAllPrompter unset не указан from %1 из %1 For sequence %1 find annotations in database %2. Для последовательности %1 ищет аннотации в базе данных %2. U2::LocalWorkflow::BlastAllWorker Best hits limit Предел лучших попыток Number of best hits from a region to keep. 0 turns it off. If used, 100 is recommended. Количество лучших попыток для сохранения. 0 выключает опцию. При использовании рекомендуется значение 100. Input sequence Входная последовательность Sequence for which annotations is searched. Последовательность для поиска аннотаций. Annotations Аннотации Found annotations. Найденные аннотации. Search type Тип поиска Select type of BLAST searches. Выберите тип BLAST поиска. Database Path Путь до базы данных Path with database files. Путь до файлов базы данных. Database Name Имя базы данных Base name for BLAST DB files. Базовое имя для файлов базы данных BLAST. Expected value Ожидаемое значение This setting specifies the statistical significance threshold for reporting matches against database sequences. Этот параметр определяет статистическую значимость порога совпадений. Annotate as Аннотировать как Name for annotations. Имя для аннотаций. Tool Path Путь External tool path. Путь до внешнего инструмента. Temporary folder Временная папка Folder for temporary files. Папка для временных файлов. BLAST output Выходной файл Location of BLAST output file. Расположение выходного файла. BLAST output type Тип выходного файла Type of BLAST output file. Имп выходного файла. Gapped alignment Выравнивание с пробелами Perform gapped alignment. Выполняет выравнивание с пробелами. Gap costs Вес пробела Cost to create and extend a gap in an alignment. Стоимость создания и расширения пробела в выравнивании. Match scores Веса совпадений Reward and penalty for matching and mismatching bases. Вознаграждения и наказания за совпадения и несовпадения. Local BLAST search Локальный поиск c помощью BLAST Finds annotations for DNA sequence in local database. Ищет аннотации для ДНК последовательности в локальной базе данных. Empty sequence supplied to BLAST Empty sequence supplied to BLAST Selected BLAST search with nucleotide input sequence Selected BLAST search with nucleotide input sequence Selected BLAST search with amino acid input sequence Selected BLAST search with amino acid input sequence Not selected BLAST output file Not selected BLAST output file U2::LocalWorkflow::BlastPlusPrompter unset не указан from %1 из %1 For sequence %1 find annotations in database %2. Для последовательности %1 ищет аннотации в базе данных %2. U2::LocalWorkflow::BlastPlusWorker Input sequence Входная последовательность Sequence for which annotations is searched. Последовательность для поиска аннотаций. Annotations Аннотации Found annotations. Найденные аннотации. Search type Тип поиска Database Path Путь до базы данных Database Name Имя базы данных Expected value Ожидаемое значение This setting specifies the statistical significance threshold for reporting matches against database sequences. Этот параметр определяет статистическую значимость порога совпадений. Annotate as Аннотировать как Tool Path Путь Temporary folder Временная папка BLAST output Выходной файл Location of BLAST output file. Расположение выходного файла. BLAST output type Тип выходного файла Type of BLAST output file. Имп выходного файла. Gapped alignment Выравнивание с пробелами Select type of BLAST+ searches. Выберите тип BLAST+ поиска. Culling limit Предел отбраковки If the query range of a hit is enveloped by that of at least this many higher-scoring hits, delete the hit Если диапазон запроса попытки оограничен тем, что много попыток с высокой оценкой, удалить попытку Path with database files. Путь до файлов базы данных. Base name for BLAST+ DB files. Базовое имя для файлов базы данных BLAST+. Composition-based statistics Статистика состава Composition-based statistics. Статистика состава. Name for annotations. Имя для аннотаций. External tool path. Путь до внешнего инструмента. Folder for temporary files. Папка для временных файлов. Perform gapped alignment. Выполняет выравнивание с пробелами. Gap costs Вес пробела Cost to create and extend a gap in an alignment. Стоимость создания и расширения пробела в выравнивании. Match scores Веса совпадений Reward and penalty for matching and mismatching bases. Вознаграждения и наказания за совпадения и несовпадения. Local BLAST+ Search Локальный поиск c помощью BLAST+ Finds annotations for DNA sequence in local database. Ищет аннотации для ДНК последовательности в локальной базе данных. Empty sequence supplied to BLAST Empty sequence supplied to BLAST Selected BLAST search with nucleotide input sequence Selected BLAST search with nucleotide input sequence Selected BLAST search with amino acid input sequence Selected BLAST search with amino acid input sequence Not selected BLAST output file Not selected BLAST output file U2::LocalWorkflow::Bowtie2Worker Mode Режим When the -n option is specified (which is the default), bowtie determines which alignments are valid according to the following policy, which is similar to Maq's default policy. In -v mode, alignments may have no more than V mismatches, where V may be a number from 0 through 3 set using the -v option. Quality values are ignored. The -v option is mutually exclusive with the -n option. Когда задана опция -n, bowtie определяет, какие выравнивания действительны в соответствии со следующей политикой, которая похожа на политику Maq по умолчанию. В -v режиме, выравнивание может иметь не больше чем V несоответствий, где V может быть число от 0. Опция -v является взаимоисключающим с опцией -n. Number of mismatches Число несоответствий Sets the number of mismatches to allowed in a seed alignment. Can be set to 0 or 1. Setting this higher makes alignment slower (often much slower) but increases sensitivity. Задает количество несовпадений с разрешенным в выравнивании. Может быть 0 или 1. Повышение этого параметра делает выранивание более медленным (чаще всего очень медленным) но повышает точность. Seed length (--L) Длина затравки (--L) Sets the length of the seed substrings to align. Smaller values make alignment slower but more senstive. Задает длину затравок для выравнивания. Меньшие значения замедляют выравнивание, но повышают точность. Add columns to allow gaps (--dpad) Добавить столбцы, чтобы допустить пробелы (--dpad) "Pads" dynamic programming problems by specified number of columns on either side to allow gaps. Добавляет столбцы, чтобы допустить пробелы. Disallow gaps (--gbar) Запретить пробелы (--gbar) Disallow gaps within specified number of positions of the beginning or end of the read. Запрещает пробелы в указанных позициях в начале или в конце рида. Seed (--seed) Затравка (--seed) Use specified value as the seed for pseudo-random number generator. Использует указанное значение в качестве затравки для псевдо-случайного генератора. Threads Потоки Launch specified number of parallel search threads. Threads will run on separate processors/cores and synchronize when parsing reads and outputting alignments. Searching for alignments is highly parallel, and speedup is close to linear. Запуск определенного количество параллельных потоков поиска. Потоки будут работать на отдельных процессорах/ ядрах и синхронизоваться при разборе ридов и выводе выравнивания. No unpaired alignments (--no-mixed) Только парное выравнивание (--no-mixed) If Bowtie2 cannot find a paired-end alignment for a pair, by default it will go on to look for unpaired alignments for the constituent mates. This is called "mixed mode." To disable mixed mode, set this option. Bowtie2 runs a little faster in the mixed mode, but will only consider alignment status of pairs per se, not individual mates. Если Bowtie2 не сможет найти пару для выполнения парного выравнивания по умолчанию будет сделано непарное выравнивание. Это называется "смешанным режимом." Чтобы отключить смешанный режим, установите эту опцию. Bowtie2 запустится немного быстрее в смешанном режиме чем для парного выравнивания. No discordant alignments (--no-discordant) Только согласованные выравнивания (--no-discordant) By default, Bowtie2 looks for discordant alignments if it cannot find any concordant alignments. A discordant alignment is an alignment where both mates align uniquely, but that does not satisfy the paired-end constraints. This option disables that behavior. По умолчанию, Bowtie2 ищет несогласованные выравнивания, если он не может найти какие-либо согласованные выравнивания. Несогласованное выравнивание это выравнивание, в котором оба рида выровнены однозначно, но они не удовлетворяют условию парности. Это опция отключает это поведение. No forward orientation (--nofw) Не прямая ориентация (--nofw) If --nofw is specified, bowtie will not attempt to align against the forward reference strand. Если установлена опция --nofw, bowtie не будет пытаться выровнять прямую цепь. No reverse-complement orientation (--norc) Не обратно-комплементарная ориентация (--norc) If --norc is specified, bowtie will not attempt to align against the reverse-complement reference strand. Если установлена опция --norc, bowtie не будет пытаться выровнять обратно-комплементарную цепь. No overlapping mates (--no-overlap) Без перекрытий (--no-overlap) If one mate alignment overlaps the other at all, consider that to be non-concordant. Default: mates can overlap in a concordant alignment. Если один участник выравнивания перекрывается с другим, то это несогласованное выравнивание. По умолчанию: участники могут перекрываться в согласованном выравнивании. No mates containing one another (--no-contain) Без вложений (--no-contain) If one mate alignment contains the other, consider that to be non-concordant. Default: a mate can contain the other in a concordant alignment. Если один участник выравнивания содержит другой, то это несогласованное выравнивание. По умолчанию одна часть выравнивания может содержать другую в согласованном выравнивании. Align Reads with Bowtie2 Выравнивание с помощью Bowtie2 Performs alignment of short reads with Bowtie2. Выполняет выравнивание коротких ридов при помощи Bowtie2. U2::LocalWorkflow::BowtieWorker Mode: Режим: When the -n option is specified (which is the default), bowtie determines which alignments are valid according to the following policy, which is similar to Maq's default policy. In -v mode, alignments may have no more than V mismatches, where V may be a number from 0 through 3 set using the -v option. Quality values are ignored. The -v option is mutually exclusive with the -n option. Когда задана опция -n, bowtie определяет, какие выравнивания действительны в соответствии со следующей политикой, которая похожа на политику Maq по умолчанию. В -v режиме, выравнивание может иметь не больше чем V несоответствий, где V может быть число от 0. Опция -v является взаимоисключающим с опцией -n. Mismatches number Число несоответствий Mismatches number. Число несоответствий. Maximum permitted total of quality values at all mismatched read positions throughout the entire alignment, not just in the seed. The default is 70. Like Maq, bowtie rounds quality values to the nearest 10 and saturates at 30; rounding can be disabled with --nomaqround. Максимальн допустимое общее значение качества всех несогласованных позиций ридов на протяжении всего выравнивания. По умолчанию 70. Подобно Maq, значения качества близки к 10 и максимальны к значению 30, округление может быть отключено при помощи --nomaqround. Seed length Длина затравки The seed length; i.e., the number of bases on the high-quality end of the read to which the -n ceiling applies. The lowest permitted setting is 5 and the default is 28. bowtie is faster for larger values of -l. "Длина затравки" т.е., число оснований в высококачественном конце рида, для которого применяется -n. Наименьшее допустимое значение 5, по умолчанию 28. Большие значения -l увеличивают скорость. No forward orientation Не прямая ориентация If --nofw is specified, bowtie will not attempt to align against the forward reference strand. Если установлена опция --nofw, bowtie не будет пытаться выровнять прямую цепь. No reverse-complement orientation Не обратно-комплементарная ориентация If --norc is specified, bowtie will not attempt to align against the reverse-complement reference strand. Если установлена опция --norc, bowtie не будет пытаться выровнять обратно-комплементарную цепь. Maximum of backtracks Максимальное число отступов The maximum insert size for valid paired-end alignments. E.g. if -X 100 is specified and a paired-end alignment consists of two 20-bp alignments in the proper orientation with a 60-bp gap between them, that alignment is considered valid (as long as -I is also satisfied). A 61-bp gap would not be valid in that case. If trimming options -3 or -5 are also used, the -X constraint is applied with respect to the untrimmed mates, not the trimmed mates. Default: 250. Максимальный размер вставки для выравнивания paired-end. Если -X 100 и выравнивание состоит из участков по 20 нуклеотидов и расстоянием между ними в 60 нуклеотидов, такое выравнивание считается действительным. В таком случае 61 пропуск не будет считаться допустимым. Если также используются опции обрезки -3 или -5, -X ограничение применяется к необрезанным участкам. По умолчанию: 250. Try as hard Упорно пытаться Try as hard as possible to find valid alignments when they exist, including paired-end alignments. This is equivalent to specifying very high values for the --maxbts and --pairtries options. This mode is generally much slower than the default settings, but can be useful for certain problems. This mode is slower when (a) the reference is very repetitive, (b) the reads are low quality, or (c) not many reads have valid alignments. Пытаться пока это возможно найти подходящее выравнивание, когда они есть, включая paired-end выравнивания. Это равносильно очень высоким значениям параметров --maxbts и --pairtries. Этот режим более медленный, чем настройки по умолчанию, но может быть применим для некоторых случаев. Этот режим медленнее, когда (a) референсная последовательность очень сильно состоит из повторяющихся участков, (b) риды низкого качества, или (c) не очень много ридов имеют подходящее выравнивание. Best hits Лучшие попытки The number of megabytes of memory a given thread is given to store path descriptors in --best mode. Best-first search must keep track of many paths at once to ensure it is always extending the path with the lowest cumulative cost. Bowtie tries to minimize the memory impact of the descriptors, but they can still grow very large in some cases. If you receive an error message saying that chunk memory has been exhausted in --best mode, try adjusting this parameter up to dedicate more memory to the descriptors. Default: 64. Количество мегабайт памяти для данного потока задается для хранения дескрипторов пути в --best режиме. Поиск по первому наилучшему совпадению должен отслеживать множество путей одновременно, убедитесь, что расширение пути происходит с наименьшей стоимостью. Bowtie пытается свести к минимуму воздействие памяти дескрипторов, но они по-прежнему могут сильно возрастать в некоторых случаях. Если вы получаете сообщение об ошибке, говорящее, что участок памяти исчерпан в --best режиме, попробуйте отрегулировать этот параметр и выделить больше памяти для дескрипторов. Значение по умолчанию: 64. No Maq rounding Без округления Maq Maq accepts quality values in the Phred quality scale, but internally rounds values to the nearest 10, with a maximum of 30. By default, bowtie also rounds this way. --nomaqround prevents this rounding in bowtie. Maq принимает значения качества в масштабе качества Phred, но внутренние значения близки к 10, с максимумом около 30. По умолчанию, bowtie также вокруг этих значений. --nomaqround препятствует этому округлению в bowtie. Seed Затравка Use <int> as the seed for pseudo-random number generator. Используйте <int> в качестве затравки для псевдо-случайного генератора. Best alignments Лучшие выравнивания Make Bowtie guarantee that reported singleton alignments are best in terms of stratum (i.e. number of mismatches, or mismatches in the seed in the case of -n mode) and in terms of the quality values at the mismatched position(s). bowtie is somewhat slower when --best is specified. Создать Bowtie гарантию того, что одиночные выравнивания являются "лучшими" в плане слоя (т.е. число несовпадений, или несоответствия в затравке в -n режиме) и с точки зрения значений качества на несогласованной позиции (ях). bowtie медленнее, когда указан режим --best. All alignments Все выравнивания Report all valid alignments per read or pair. Сообщить о всех допустимых выравниваниях для рида или пары. Colorspace Цвета When -C is specified, read sequences are treated as colors. Colors may be encoded either as numbers (0=blue, 1=green, 2=orange, 3=red) or as characters A/C/G/T (A=blue, C=green, G=orange, T=red). Когда -С указано, последовательности рассматриваются как цвета. Цвета могут быть закодированы либо как номера (0 = синий, 1 = зеленый, 2 = оранжевый, 3 = красный) или символов A / C / G / T (A = синий, С = зеленый, G = оранжевый, Т = красный). Align Reads with Bowtie Выравнивание с помощью Bowtie Performs alignment of short reads with Bowtie. Выполняет выравнивание коротких ридов при помощи Bowtie. U2::LocalWorkflow::BwaMemWorker Number of threads Число потоков Number of threads (-t). число потоков (-t). Min seed length Минимальная длина затравки Path to indexed reference genome (-k). Путь до индексированного референсного генома (-k). Index algorithm Алгоритм Index algorithm (-a). Алгоритм (-а). Band width Ширина полосы Band width for banded alignment (-w). Ширина полосы для выравнивания (-w). Dropoff Снижение Off-diagonal X-dropoff (-d). Снижение (-d). Internal seed length Внутренняя длина затравки Look for internal seeds inside a seed longer than {-k} (-r). Поиск внутренние затравки внутри затравки длиннее чем {-k} * (-r). Skip seed threshold Порог затравки Skip seeds with more than INT occurrences (-c). Пропускает затравки с более чем с указанным количеством вхождений (-c). Drop chain threshold Порог снижения цепи Drop chains shorter than FLOAT fraction of the longest overlapping chain (-D). Снижение цепи короче FLOAT фракции самого длинного перекрытия цепи (-D). Rounds of mate rescues Округление за освобождение участника Perform at most INT rounds of mate rescues for each read (-m). Выполняет для большинства INT округлений освобождений участников для каждого рида (-m). Skip mate rescue Пропустить освобождение участника Skip mate rescue (-S). Пропустить освобождение участника (-S). Skip pairing Пропустить спаривание Skip pairing; mate rescue performed unless -S also in use (-P). Пропустить спаривание; участник освобождается кроме случая когда -S также используется (-P). Matching score Mismatch penalty Штраф за несовпадение Score for a sequence match (-A). Вес совпадения (-A). Penalty for a mismatch (-B). Штраф за несовпадение (-B). Gap open penalty Штраф за открытие пробела Gap open penalty (-O). Штраф за открытие пробела (-O). Gap extension penalty Штраф за промежуточный пробел Gap extension penalty; a gap of size k cost {-O} (-E). Штраф за расширение пробела; пробел размера k стоит {-O} (-E). Penalty for clipping Штраф за отсечение Penalty for clipping (-L). Штраф за отсечение (-L). Penalty unpaired Штраф за непарные риды Penalty for an unpaired read pair (-U). Штраф за непарные риды (-U). Score threshold Порог оценки Minimum score to output (-T). Минимальная оценка для вывода (-T). Align Reads with BWA MEM Выравнивание с помощью BWA MEM Performs alignment of short reads with BWA MEM. Выполняет выравнивание коротких ридов при помощи BWA MEM. U2::LocalWorkflow::BwaWorker Use missing prob Использовать долю потери Use missing prob instead maximum edit distance. Использовать долю потери вместо максимального расстояния редактирования. Max #diff Максимальное расстояние редактирования Max #diff (-n) Максимальное расстояние редактирования (-n) Missing prob Доля потери Missing prob (-n) Доля потери (-n) Seed length Длина затравки Seed length (-l). Длина затравки (-l). Max gap opens Максимальное число пробелов Max gap opens (-o). Максимальное число пробелов (-o). Index algorithm Алгоритм Index algorithm (-a). Алгоритм (-а). Best hits Лучшие попытки Best hits (-R). Лучшие попытки (-R). Long-scaled gap penalty for long deletions Долгосрочный штраф за длительный пробел Long-scaled gap penalty for long deletions (-L) Долгосрочный штраф за длительный пробел (-L) Non iterative mode Неитеративный режим Non iterative mode (-N). Неитеративный режим (-N). Enable long gaps Допустимы длинные пробелы Max gap extensions Максимальное расширение пробела Max gap extensions (-e) Максимальное расширение пробела (-e) Indel offset Смещение Indel offset (-i) Смещение (-i) Max long deletions extensions Максимальная длина сокрашения пропуска Max long deletions extensions(-d) Максимальная длина сокрашения пропуска (-d) Max queue entries Максимальное число записей в очереди Max queue entries (-m) Максимальное число записей в очереди (-m) Barcode length Длина штрих-кода Barcode length (-B) Длина штрих-кода (-B) Threads Потоки Threads (-t) Потоки (-t) Max seed differencies Максимальное различие затравок Max seed differencies (-k) Максимальное различие затравок (-k) Mismatch penalty Штраф за несовпадение Mismatch penalty (-M) Штраф за несовпадение (-M) Gap open penalty Штраф за открытие пробела Gap open penalty (-O). Штраф за открытие пробела (-O). Gap extension penalty Штраф за промежуточный пробел Gap extension penalty; a gap of size k cost (-E). Штраф за расширение пробела; пробел размера k стоит (-E). Quolity threshold Порог качества Quolity threshold (-q). Порог качества (-q). Align Reads with BWA Выравнивание с помощью BWA Performs alignment of short reads with BWA. Выполняет выравнивание коротких ридов при помощи BWA. U2::LocalWorkflow::CAP3Prompter from %1 из %1 U2::LocalWorkflow::CAP3Worker Input sequences Входные последовательности DNA sequences that need to be assembled ДНК последовательности для сборки Input URL(s) Входные пути URL(s) of input file(s) in FASTA format with DNA sequences that need to be assembled Пути входных файлов в формате FASTA Assembly Sequences with CAP3 Выравнивание с помощью CAP3 Output file Выходной файл Write assembly results to this output file in ACE format. Записать выходной файл в этот выходной файл в формате ACE. Quality cutoff for clipping Размер среза Base quality cutoff for clipping (-c) Размер среза (-c) Clipping range Диапазон обрезания One of the parameters to control clipping of a poor end region of a read (-y)If there are quality values, CAP3 computes two positions qualpos5 and qualpos3 of read f such that the region of read f from position qualpos5 to position qualpos3 consists mostly of quality values greater than Quality cutoff for clipping. If there are no quality values, then qualpos5 is set to 1 and qualpos3 is set the length of read f. The range for the left clipping position of read f is from 1 to qualpos5 + Clipping range. The range for the right clipping position of read f is from qualpos3 - Clipping range to the end of read f. Один из параметров для управления обрезкой пустых концевых областей рида (-у) <р> Если есть значения качества, CAP3 вычисляет две позиции qualpos5 и qualpos3 рида f, такую, что регион f из положения qualpos5 в положение qualpos3 состоит в основном из значений качества больше чем Размер среза . Если нет значений качества, то qualpos5 установлен в 1 и qualpos3 установливает длину рида f. Диапазон левой позиции f составляет от 1 до qualpos5 + Диапазон среза . Диапазон правой позиции f от qualpos3 - Диапазон среза до конца рида f . Quality cutoff for differences Срез для различий Base quality cutoff for differences (-b) Базовый срез для различий (-b) Maximum difference score Максимальное оценка различия Max qscore sum at differences (-d)If an overlap contains lots of differences at bases of high quality, then the overlap is removed.The difference score is calculated as follows. If the overlap contains a difference at bases of quality values q1 and q2, then the score at the difference is max(0, min(q1, q2) - b), where b is Quality cutoff for differences. The difference score of an overlap is the sum of scores at each difference. Максимальная сумма оценок для различий (-d) Match score factor Фактор оценки совпадений Match score factor (-m) is one of the parameters that affects similarity score of an overlap. See Overlap similarity score cutoff description for details. Фактор оценки совпадений (-m) - один из параметров, который влияет на оценку схожести перекрытия. Mismatch score factor Фактор оценки несовпадения Mismatch score factor (-n) is one of the parameters that affects similarity score of an overlap. See Overlap similarity score cutoff description for details. Фактор оценки несовпадения (-n) - один из параметров, который влияет на оценку схожести перекрытия. Gap penalty factor Фактор штрафа за пропуск Gap penalty factor (-g) is one of the parameters that affects similarity score of an overlap. See Overlap similarity score cutoff description for details. Фактор штрафа за пробел (-g) - один из параметров, который влияет на оценку схожести перекрытия. Overlap similarity score cutoff Срез оценки схожести перекрытия If the similarity score of an overlap is less than the overlap similarity score cutoff (-s), then the overlap is removed.The similarity score of an overlapping alignment is defined using base quality values as follows.A match at bases of quality values q1 and q2 is given a score of m * min(q1,q2), where m is Match score factor.A mismatch at bases of quality values q1 and q2 is given a score of n * min(q1,q2), where n is Mismatch score factor.A base of quality value q1 in a gap is given a score of -g * min(q1,q2), where q2 is the quality value of the base in the other sequence right before the gap and g is Gap penalty factor.The score of a gap is the sum of scores of each base in the gap minus a gap open penalty.The similarity score of an overlapping alignment is the sum of scores of each match, each mismatch, and each gap. Если оценка схожести перекрытия меньше чем срез оценки схожести перекрытия (-s), то перекрытие удаляется.Оценка схожести перекрытия выравнивания определяется используя базовые значения качества, например, как приведены ниже.Совпадения с базовым значением q1 и q2 даны как оценка m * min(q1,q2), где m это Фактор оценки совпадений.Несовпадения с базовым значением q1 и q2 даны как оценка n * min(q1,q2), где n это Фактор оценки несовпадения.Базовое значение качества q1 в пропуске дано как оценка -g * min(q1,q2), где q2 это значение качества в другой последовательности прямо перед пропуском и g это Фактор штрафа за пропуск.Оценка за пропуск это сумма всех оценок в пропуске минус штраф за открытие пропуска.Оценка схожести перекрытия это сумма оценок каждого совпадения, каждого несовпадения и каждого пропуска. Overlap length cutoff Обрезная длина перекрытия An overlap is taken into account only if the length of the overlap in bp is no less than the specified value (parameter -o of CAP3). Перекрытие учитывается, только если длина перекрытия в нуклеотидах не менее чем указанное значение (параметр -o). Overlap percent identity cutoff Обрезной процент идентичности перекрытия An overlap is taken into account only if the percent identity of the overlap is no less than the specified value (parameter -p of CAP3). Перекрытие учитывается, только если длина перекрытия в процентах не менее чем указанное значение (параметр -o). Max number of word matches Максимальное число совпадений This parameter allows one to trade off the efficiency of the program for its accuracy (parameter -t of CAP3).For a read f, CAP3 computes overlaps between read f and other reads by considering short word matches between read f and other reads. A word match is examined to see if it can be extended into a long overlap. If read f has overlaps with many other reads, then read f has many short word matches with many other reads.This parameter gives an upper limit, for any word, on the number of word matches between read f and other reads that are considered by CAP3.Using a large value for this parameter allows CAP3 to consider more word matches between read f and other reads, which can find more overlaps for read f, but slows down the program.Using a small value for this parameter has the opposite effect. Максимальное число совпадений (параметр -t) Band expansion size Размер расширения диапазона CAP3 determines a minimum band of diagonals for an overlapping alignment between two sequence reads. The band is expanded by a number of bases specified by this value (parameter -a of CAP3). CAP3 определяет минимальное группу диагоналей для перекрытия выравнивания между двумя последовательностями ридов. Группа расширяется числом оснований, указанных на это значение (Параметр -a САР 3). Max gap length in an overlap Максимальная длина пропуска в перекрытии The maximum length of gaps allowed in any overlap (-f)I.e. overlaps with longer gaps are rejected.Note that a small value for this parameter may cause the program to remove true overlaps and to produce incorrect results.The parameter may be used to split reads from alternative splicing forms into separate contigs. Максимальная длина пробела допустимая в перекрытии (-f) Assembly reverse reads Сборка обратных ридов Specifies whether to consider reads in reverse orientation for assembly (originally, parameter -r of CAP3). Указывает, следует ли рассматривать риды обратной ориентации для сборки (первоначально параметр -r САР 3). CAP3 tool path Путь The path to the CAP3 external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента CAP3 в UGENE. Temporary folder Временная папка The folder for temporary files. Папка для временных файлов. Aligns long DNA reads from %1 with CAP3. Выполняет выравнивание длинных ридов из %1 при помощи CAP3. U2::LocalWorkflow::CEASReportPrompter Creates summary statistics on ChIP enrichment and saves it to %1. Создает сводную статистику по обогащению ChIP и сохраняет в%1. U2::LocalWorkflow::CEASReportWorker Peak regions Пиковые регионы Peak regions. Пиковые регионы. Enrichment signal Сигнал обогащения Enrichment signal. Сигнал обогащения. CEAS data Данные CEAS Peak regions and enrichment signal profile for generating CEAS report. Пиковые регионы и профиль сигнала обогщения для генерации отчета CEAS. Output report file Выходной файл Path to the report output file. Result for CEAS analysis. Путь до выходного файла. Результат анализа CEAS. Output annotations file Выходной файл с аннотациями Name of tab-delimited output text file, containing a row of annotations for every RefSeq gene. (file is not generated if no peak location data is supplied). Название для выходного текстового файла, содержащего строки аннотации для каждого гена RefSeq. (файл не генерируется, если нет пиков). Gene annotations table Таблица аннотаций генов Path to gene annotation table (e.g. a refGene table in sqlite3 db format (--gt). Путь до таблицы аннотаций (--gt). Span size Размер промежутка Span from TSS and TTS in the gene-centered annotation (base pairs). ChIP regions within this range from TSS and TTS are considered when calculating the coverage rates in promoter and downstream (--span). Промежуток от TSS и TTS в центральной аннотации. Регионы ChIP в этом регионе от TSS и TTS учитываются при вычислении покрытия в промоутере (--span). Wiggle profiling resolution Разрешение профилирования Wiggle profiling resolution. WARNING: Value smaller than the wig interval (resolution) may cause aliasing error (--pf-res). Разрешение профилирования. Внимание: значения, меньшие чем разрешение могут вызвать ошибки сглаживания (--pf-res). Promoter/downstream interval Интервал промоутера Promoter/downstream intervals for ChIP region annotation are three values or a single value can be given. If a single value is given, it will be segmented into three equal fractions (e.g. 3000 is equivalent to 1000,2000,3000) (--rel-dist). Интервалы промоутера для регионов ChIP это три значения или одиночное значение. Если задано одиночное значение, то оно будет разделено на три равные фракции (например, 3000 эквивалентно 1000,2000,3000) (--rel-dist). BiPromoter ranges Интервалы двунаправленных промоторов Bidirectional-promoter sizes for ChIP region annotation. It's two values or a single value can be given. If a single value is given, it will be segmented into two equal fractions (e.g. 5000 is equivalent to 2500,5000) (--bisizes). Размеры двунаправленных промоторов для ChIP регионов аннотаций. Это два значения или одиночное значение. Если задано одиночное значение, то оно будет разделено на две равные фракции (например, 5000 эквивалентно 2500,5000) (--sizes). Relative distance Относительное расстояние Relative distance to TSS/TTS in WIGGLE file. profiling. (--rel-dist) Относительное расстояние для TSS/TTS в WIGGLE файле. (--rel-dist) Gene group files Файлы групп генов Gene groups of particular interest in wig profiling. Each gene group file must have gene names in the 1st column. The file names are separated by commas (--gn-groups). Групп генов, представляющие особый интерес в профилировании. Каждый файл группы генов должны иметь имена генов в 1-м столбце. Имена файлов разделяются запятыми (--gn-groups). Gene group names Имена групп генов Set this parameter empty for using default values. The names of the gene groups from "Gene group files" parameter. These names appear in the legends of the wig profiling plots. Values range: comma-separated list of strings. Default value: 'Group 1, Group 2,...Group n' (--gn-group-names). Оставьте этот параметр пустым, чтобы использовать значения по умолчанию. Имена групп генов из параметра "Файлы групп генов". Эти имена появятся в легенде графика профилирования. Интервал значений: строки, разделенные запятыми. Значение по умолчанию: 'Group 1, Group 2,...Group n' (--gn-group-names). Report file Отчет Annotations file Файл с аннотациями Create CEAS Report Создание отчета CEAS Provides summary statistics on ChIP enrichment in important genomic regions such as individual chromosomes, promoters, gene bodies or exons, and infers the genes most likely to be regulated by the binding factor under study. Обеспечивает сводные статистические данные по обогащению ChIP важных областей генома, таких как отдельные хромосомы, промотеры, гены или экзонов, и указывает гены, наиболее подверженные регуляции связывающим фактором. U2::LocalWorkflow::ClustalOPrompter from %1 из %1 Aligns each MSA supplied %1 with "ClustalO". Выравнивает каждое MSA из %1 при помощи "ClustalO". U2::LocalWorkflow::ClustalOWorker Input MSA Входное MSA Input MSA to process. Входное выравнивание. ClustalO result MSA Выходное MSA The result of the ClustalO alignment. Выходное выравнивание. Number of iterations Количество итераций Number of (combined guide-tree/HMM) iterations. Число итераций. Number of guidetree iterations Число итераций направляющих деревьев Maximum number guidetree iterations. Максимальное число итераций направляющих деревьев. Number of HMM iterations Число итераций HMM Maximum number of HMM iterations. Максимальное число итераций HMM. Set auto options Установить параметры автоматически Set options automatically (might overwrite some of your options). Установить параметры автоматически. Tool path Путь Path to the ClustalO tool.The default path can be set in the UGENE application settings. Путь до ClustalO.Значение по умолчанию может быть указано в диалоге настроек UGENE. Temporary folder Временная папка Folder to store temporary files. Папка для временных файлов. Align with ClustalO Выравнивание с помощью ClustalO Aligns multiple sequence alignments (MSAs) supplied with ClustalO.ClustalO is a general purpose multiple sequence alignment program for proteins.Visit <a href="http://www.clustal.org/omega">http://www.clustal.org/omega</a> to learn more about it. Выравнивает множественные выравнивания (MSA) при помощи ClustalO.ClustalO это программа для выравнивания белков. Посмотрите <a href="http://www.clustal.org/omega">http://www.clustal.org/omega</a> для большей информации. An empty MSA '%1' has been supplied to ClustalO. An empty MSA '%1' has been supplied to ClustalO. Aligned %1 with ClustalO Aligned %1 with ClustalO U2::LocalWorkflow::ClustalWPrompter from %1 из %1 Aligns each MSA supplied %1 with "ClustalW". Выравнивает каждое MSA из %1 при помощи "ClustalW". U2::LocalWorkflow::ClustalWWorker Input MSA Входное MSA Input MSA to process. Входное выравнивание. ClustalW result MSA Выходное MSA The result of the ClustalW alignment. Выходное выравнивание. Gap open penalty Штраф за открывающий пропуск The penalty for opening a gap. Штраф за открытие пробела. Gap extension penalty Штраф за промежуточный пробел The penalty for extending a gap. Штраф за расширение пробел. Gap distance Расстояние пробела The gap separation penalty. Tries to decrease the chances of gaps being too close to each other. Штраф за разделение пробела. Пытается уменьшить изменение пробелов располагая их близко друг к другу. End gaps Убрать пробел The penalty for closing a gap. Штраф за закрытие пробела. Residue-specific gaps off Откл. спецефические для остатков пробелы Residue-specific penalties are amino specific gap penalties that reduce or increase the gap opening penalties at each position in the alignment. Отключение спецефические для остатков пробелы - штрафы за специфические белковые остатки которые увеличивают или уменьшают штрафы за открытие пробела в каждой позиции. Hydrophilic gaps off Отключить гидрофильные пробелы Hydrophilic gap penalties are used to increase the chances of a gap within a run (5 or more residues) of hydrophilic amino acids. Штрафы за гидрофильные пробелы используются для увеличения изменения пробела гидрофильных амино кислот. Iteration type Тип итераций Alignment improvement iteration type. Can take values: <ul> <li>None - No iteration;</li> <li>Tree - Iteration at each step of alignment process;</li> <li>Alignment - Iteration only on final alignment.</li> </ul> Тип итераций. Возможные значения: <ul> <li>Нет - нет итерации;</li> <li>Дерево - итерация на каждом шаге выравнивания;</li> <li>Выравнивание - итерация финального выравнивания.</li> </ul> Number of iterations Количество итераций The maximum number of iterations to perform. Максимальное число итераций. Weight matrix Весовая матрица Tool path Путь Path to the ClustalW tool.The default path can be set in the UGENE application settings. Путь до ClustalW.Значение по умолчанию может быть указано в диалоге настроек UGENE. Folder to store temporary files. Папка для временных файлов. Aligns multiple sequence alignments (MSAs) supplied with ClustalW.ClustalW is a general purpose multiple sequence alignment program for DNA or proteins.Visit <a href="http://www.clustal.org/">http://www.clustal.org/</a> to learn more about it. Выравнивает множественные выравнивания (MSA) при помощи ClustalO.ClustalO это программа для выравнивания белков или ДНК последовательностей. Посмотрите <a href="http://www.clustal.org/omega">http://www.clustal.org/</a> для большей информации. An empty MSA '%1' has been supplied to ClustalW. An empty MSA '%1' has been supplied to ClustalW. Temporary folder Временная папка For proteins it is a scoring table which describes the similarity of each amino acid to each other and can take values: <ul> <li>BLOSUM - Appear to be the best available for carrying out database similarity (homology searches). <li>PAM - Have been extremely widely used since the late '70s. <li>Gonnet - Derived using almost the same procedure as the PAM bit are much more up to date. <li>ID - Identitical matrix gives a score of 1.0 to two identical amino acids and a score of zero otherwise. </ul> For DNA it is the scores assigned to matches and mismatches. The values available are: <ul> <li>IUB - The default scoring matrix used by BESTFIT for the comparison of nucleic acid sequences. All matches score 1.9; all mismatches for IUB symbols score 0. <li>ClustalW - The previous system used by Clustal W, in which matches score 1.0 and mismatches score 0. All matches for IUB symbols also score 0. </ul> Для белков это таблица подсчета оценок, которая описывает сходство каждой аминокислоты друг к другу, и может принимать значения: <ul> <li>BLOSUM - для сравнения баз данных (поиск гомологий). <li>PAM - широко используется с конца 70х. <li>Gonnet - похож на PAM, начал использоваться немного позже. <li>ID - идентификационная матрица дает оценку равную 1 для двух одинаковых амино кислот и нулю в остальных случаях. </ul> Для ДНК это оценки для совпадений и несовпадений. Доступные значения: <ul> <li>IUB - дефолтная матрица, используемая BESTFIT для сравнения нуклеотидных последовательностей. Все оценки совпадений 1.9; все оценки несовпадений для IUB равны 0. <li>ClustalW - прошлая система используемая Clustal W, в которой оценка несовпадений равна 1.0, а несопадений 0. Все совпадения для IUB тоже равны 0. </ul> Align with ClustalW Выравнивание с помощью ClustalW Aligned %1 with ClustalW Aligned %1 with ClustalW U2::LocalWorkflow::ConductGOPrompter unset не указан Uses annotations from %1 as gene list to conduct GO. Использует аннотации из %1 в качестве списка генов для conduct GO. Outputs all result files to %1 folder Записывает все выходные файлы в %1 U2::LocalWorkflow::ConductGOWorker Target genes Контрольные гены Gene list to identify over represented GO terms. Список генов для выявления терминов GO. URL to file with genes to identify over represented GO terms. Conduct GO data Данные Conduct GO Output folder Выходная папка The folder to store Conduct GO results. Папка для сохранения выходных Conduct GO файлов. Title Имя Title is used to name the output files - so make it meaningful. имя для выходных файлов. Gene Universe Множество генов Select a gene universe. выберите множество генов. Conduct GO Conduct GO Given a list of genes, using Bioconductor (GO, GOstats) and DAVID at NIH. этот элемент выдает список генов, используя Bioconductor (GO, GOstats) и DAVID в NIH. U2::LocalWorkflow::ConservationPlotPrompter unset не указан Uses annotations from %1 as peak regions for conservation plot. Использует аннотации из %1 в качестве пиков для консервативного графика. Conservations scores from %1. Консервативные оценки из %1. Outputs the result to %1 Записывает все выходные файлы в %1 U2::LocalWorkflow::ConservationPlotWorker Input regions Входные регионы Regions (centered at peak summits for better performance). Регионы. conservation_plot data данные conservation_plot Regions to plot the PhastCons scores profiles. Регионы для построения графика оценок PhastCons. Output file Выходной файл File to store phastcons results (BMP). Файл для сохранения результатов (BMP). Title Название Title of the figure (--title). Название графика (--title). Label Ярлык Label of data in the figure (--bed-label). Ярлык данных на графике (--bed-label). Assembly version Версия сборки The folder to store phastcons scores (--phasdb). Папка для сохранения оценок (--phasdb). Window width Ширина окна Window width centered at middle of regions (-w). Ширина окна (-w). Height Высота Height of plot (--height). Высота графика (--height). Width Ширина Width of plot (--width). Ширина графика (--width). Conservation plot file Файл консервативного графика Build Conservation Plot Построение графика уровня консервативности последовательности Plots the PhastCons scores profiles. Строит график оценок PhastCons. U2::LocalWorkflow::CuffdiffWorker Test for Diff. Expression with Cuffdiff Поиск транскриптов с дифференциальной экспрессией с помощью Cuffdiff Cuffdiff takes a transcript file as input, along with two or more fragment alignments (e.g. in SAM format) for two or more samples. It produces a number of output files that contain test results for changes in expression at the level of transcripts, primary transcripts, and genes. It also tracks changes in the relative abundance of transcripts sharing a common transcription start site, and in the relative abundances of the primary transcripts of each gene. Tracking the former allows one to see changes in splicing, and the latter lets one see changes in relative promoter use within a gene. Cuffdiff принимает на вход файл с транскриптами и два или более файла с выравниванием фрагментов (например, в формате SAM) для разных образцов. На выходе Cuffdiff предоставляет ряд файлов, содержащих результаты анализа изменений уровня экспрессии транскриптов, основных транскриптов и генов. Кроме того, Cuffdiff отмечает изменение относительного уровня транскриптов с общей точкой начала транскрипции и транскриптов одного гена. В первом случае это позволяет зафиксировать изменения сплайсинга, а вот втором — использование разных участков промоторной области гена. Output folder Выходная папка The base name of output folder. It could be modified with a suffix. Базовое имя для выходной папки. Time series analysis Анализ временных рядов If set to True, instructs Cuffdiff to analyze the provided samples as a time series, rather than testing for differences between all pairs of samples. Samples should be provided in increasing time order. При выборе этой опции Cuffdiff будет анализировать предоставленные образцы как временные ряды, а не проверки различий между всеми парами образцов. Образцы должны быть представлены в порядке возрастания времени. Upper quartile norm Квартильная нормализация If set to True, normalizes by the upper quartile of the number of fragments mapping to individual loci instead of the total number of sequenced fragments. This can improve robustness of differential expression calls for less abundant genes and transcripts. если выбран этот параметр, будет применена нормализация по верхнему квартилю числа фрагментов, выровненных на каждый локус, вместо общего числа отсеквенированных фрагментов. Это может увеличить надежность расчёта дифференциальной экспрессии для генов и транскриптов с невысокой экспрессией. Hits norm Нормализация по числу выровненных фрагментов Instructs how to count all fragments. Total specifies to count all fragments, including those not compatible with any reference transcript, towards the number of mapped fragments used in the FPKM denominator. Compatible specifies to use only compatible fragments. Selecting Compatible is generally recommended in Cuffdiff to reduce certain types of bias caused by differential amounts of ribosomal reads which can create the impression of falsely differentially expressed genes. указывает, как считать все фрагменты. “Все”: рассчитывать отношение числах всех фрагментов, в том числе тех, которые не совместимы ни с одним референсным транскриптов, к числу выровненных фрагментов, в знаменателе формулы FPKM. “Совместимые”: использовать только совместимые фрагменты. Рекомендуется выбирать опцию “совместимые”, чтобы уменьшить определенные типы смещения, вызванные вариацией в количестве рибосомных ридов, которые могут создать впечатление ложной дифференциальной экспрессии генов. Frag bias correct Корректировка смещения Providing the sequences your reads were mapped to instructs Cuffdiff to run bias detection and correction algorithm which can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates. при указании файла с последовательностями в формате fasta Cufflinks с несколькими файлами запустит алгоритм обнаружения и коррекции смещения, который может значительно улучшить точность оценки обилия транскриптов. Multi read correct Корректировка множественно выровненных ридов Do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome. указывает Cufflinks применить процедуру первичной оценки для более качественного присвоения веса ридам, выровенным на разные участки генома. Library type Тип библиотеки Specifies RNA-Seq protocol. Задает протокол RNA-Seq. Mask file Файл маски Ignore all reads that could have come from transcripts in this file. It is recommended to include any annotated rRNA, mitochondrial transcripts or other abundant transcripts you wish to ignore in your analysis in this file. Due to variable efficiency of mRNA enrichment methods and rRNA depletion kits, masking these transcripts often improves the overall robustness of transcript abundance estimates. игнорирует все риды, которые могли произойти от транскриптов в этом файле. Рекомендуется включить в этот файл любые аннотированные последовательности рРНК, транскрипты митохондриального происхождения и другие транскрипты с высокой экспрессией, которые вы хотите игнорировать в своем анализе. В связи с различной эффективностью методов обогащения мРНК и уменьшения количества рРНК такая маскировка обычно улучшает общее качество оценки обильности транскриптов. Min alignment count Минимальное количество выравниваний The minimum number of alignments in a locus for needed to conduct significance testing on changes in that locus observed between samples. If no testing is performed, changes in the locus are deemed not significant, and the locus' observed changes don't contribute to correction for multiple testing. минимальное число выравниваний для локуса для тестирования значимости изменений в этом локусе, наблюдаемом между образцами. Если тестирование не проводится, изменения не считаются существенными и не влияют на процедуру поправки на множественные сравнения. FDR FDR The allowed false discovery rate used in testing. верхний порог ложноположительных результатов (FDR) для анализа. Max MLE iterations Количество итераций MLE Sets the number of iterations allowed during maximum likelihood estimation of abundances. устанавливает количество итераций, допустимое при оценки обилия транскрипта методом максимального правдоподобия. Emit count tables Выдавать таблицы расчетов Include information about the fragment counts, fragment count variances, and fitted variance model into the report. включить в отчет информацию о количестве фрагментов, разбросе этой величины и подобранные параметры дисперсионного анализа. Cuffdiff tool path Путь The path to the Cuffdiff external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента Cuffdiff в UGENE. Temporary folder Временная папка The folder for temporary files. Папка для временных файлов. Assembly Сборка RNA-Seq reads assemblies Сборки ридов RNA-Seq Annotations Аннотации Transcript annotations Транскрипционные аннотации Sample Пример Sample name of assembly file Пример имени для файла сборки Total Compatible Searches for significant changes in transcript expression, splicing and promoter use. Поиск существенных изменений в выражении транскрипции. U2::LocalWorkflow::CufflinksWorker Input reads Входные риды Input RNA-Seq read alignments. Входные риды RNA-Seq. Output annotations Выходные аннотации Assembled isoforms, estimated isoform-level expression values, and estimated gene-level expression values, produced by Cufflinks. Собранные изоформы, оцененные значения экспрессии изоформ и оценочные значения экспрессии генов производенные Cufflinks. Isoform-level expression values Значения экспрессии изоформ A set of annotated regions Набор аннотированных регионов Assembly Transcripts with Cufflinks Сборка транскриптов с помощью Cufflinks Cufflinks accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one, taking into account biases in library preparation protocols. Cufflinks принимает выровненные риды RNA-Seq и собирает выравнивание в набор транскрипций. После этого Cufflinks оценивает относительное содержание этих транскриптов на основе того, сколько ридов поддерживает каждый из них, с учетом возможных систематических ошибок разных протоколов подготовки библиотек. Output folder Выходная папка The base name of output folder. It could be modified with a suffix. базовое имя для выходной папки. Reference annotation Референсная аннотация Tells Cufflinks to use the supplied reference annotation to estimate isoform expression. Cufflinks will not assemble novel transcripts and the program will ignore alignments not structurally compatible with any reference transcript. указывает Cufflinks использовать прилагаемую референсную аннотацию для оценки экспрессии изоформ. Cufflinks не будет собирать новые транскрипты и программа будет игнорировать выравнивания, по структуре не совместимые с каким-либо референсным транскриптом. RABT annotation Аннотация RABT Tells Cufflinks to use the supplied reference annotation to guide Reference Annotation Based Transcript (RABT) assembly. Reference transcripts will be tiled with faux-reads to provide additional information in assembly. Output will include all reference transcripts as well as any novel genes and isoforms that are assembled. указывает Cufflinks использовать прилагаемую референсную аннотацию для сборки транскриптома по референсу (Reference Annotation Based Transcript (RABT)). Референсные транскрипции наряду со сгенерированными ридами будут использованы как дополнительная информация в сборке. В итоговый результат войдут как референсные транскрипты, так и гены и изоформы из новой сборки. Library type Тип библиотеки Specifies RNA-Seq protocol. задает протокол секвенирования РНК. Mask file Файл маски Ignore all reads that could have come from transcripts in this file. It is recommended to include any annotated rRNA, mitochondrial transcripts or other abundant transcripts you wish to ignore in your analysis in this file. Due to variable efficiency of mRNA enrichment methods and rRNA depletion kits, masking these transcripts often improves the overall robustness of transcript abundance estimates. игнорирует все риды, которые могли произойти от транскрипций в этом файле. Multi-read correct Регулировка множественных ридов Tells Cufflinks to do an initial estimation procedure to more accurately weight reads mapping to multiple locations in the genome. начальная процедура оценки для более точного отображения веса ридов в нескольких местах в геноме. Min isoform fraction Минимальное содержание изоформ After calculating isoform abundance for a gene, Cufflinks filters out transcripts that it believes are very low abundance, because isoforms expressed at extremely low levels often cannot reliably be assembled, and may even be artifacts of incompletely spliced precursors of processed transcripts. This parameter is also used to filter out introns that have far fewer spliced alignments supporting them. после расчета уровня изоформ конкретного гена Cufflinks удалит транскрипты с очень маленькой обильностью, потому что изоформы с таким низким уровнем экспрессии часто не могут быть надежно собраны. Этот параметр также используется для удаления из анализа предполагаемых интронов в том случае, если их существование поддерживает очень мало сплайсированных выравниваний. Frag bias correct Корректировка смещения Providing Cufflinks with a multifasta file via this option instructs it to run the bias detection and correction algorithm which can significantly improve accuracy of transcript abundance estimates. при указании файла с последовательностями в формате fasta Cufflinks с несколькими файлами запустит алгоритм обнаружения и коррекции смещения, который может значительно улучшить точность оценки обилия транскриптов. Pre-mRNA fraction Содержание пре-мРНК Some RNA-Seq protocols produce a significant amount of reads that originate from incompletely spliced transcripts, and these reads can confound the assembly of fully spliced mRNAs. Cufflinks uses this parameter to filter out alignments that lie within the intronic intervals implied by the spliced alignments. The minimum depth of coverage in the intronic region covered by the alignment is divided by the number of spliced reads, and if the result is lower than this parameter value, the intronic alignments are ignored. некоторые протоколы секвенирования РНК производят значительное количество ридов, которые происходят из не полностью сплайсированных транскриптов, и эти риды могут затруднить сборку послностью сплайсированных последовательностей мРНК. Cufflinks использует этот параметр, чтобы отфильтровать выравнивания внутри интронов, границы которых определяются по результатам выравнивания сплайсированных последовательностей. Минимальное покрытие в области интронов, присутствующее в выравнивании, делится на число сплайсированных ридов, и если частное от деления меньше значения параметра, выравнивания в области интронов будут исключены из анализа. Cufflinks tool path Путь The path to the Cufflinks external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента Cufflinks в UGENE. Temporary folder Временная папка The folder for temporary files. Папка для временных файлов. Incorrect value of the library type parameter for Cufflinks! Incorrect value of the library type parameter for Cufflinks! U2::LocalWorkflow::CuffmergeWorker Merge Assemblies with Cuffmerge Соединение сборок с помощью Cuffmerge Cuffmerge merges together several assemblies. It also handles running Cuffcompare for you, and automatically filters a number of transfrags that are probably artifacts. If you have a reference file available, you can provide it to Cuffmerge in order to gracefully merge input (e.g. novel) isoforms and known isoforms and maximize overall assembly quality. Cuffmerge соединяет вместе несколько сборок, а также обеспечивает запуска Cuffcompare и автоматически отбрасывает ряд объединенных фрагментов, наиболее вероятно являющихся артефактами. При наличии файла с референсом вы можете указать его, и Cuffmerge объединит известные и новые изоформы, повысив качество итоговой сборки. Output folder Выходная папка The base name of output folder. It could be modified with a suffix. Базовое имя для выходной папки. Reference annotation Референсная аннотация Merge the input assemblies together with this reference annotation. объединить входные сборки с этой референсной аннотацией. Reference sequence Референсная последовательность The genomic DNA sequences for the reference. It is used to assist in classifying transfrags and excluding artifacts (e.g. repeats). For example, transcripts consisting mostly of lower-case bases are classified as repeats. референсная последовательность ДНК. Она используется для классификации химерных фрагментов и исключения артефактов (например, повторов). Например, транскрипты, состоящие в основном из строчных символов будут признаны повторами. Minimum isoform fraction Минимальное содержание изоформы Discard isoforms with abundance below this. не рассматривать изоформы с обилием ниже указанного уровня. Cuffcompare tool path Путь The path to the Cuffcompare external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента Cuffcompare в UGENE. Cuffmerge tool path Путь The path to the Cuffmerge external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента Cuffmerge в UGENE. Temporary folder Временная папка The folder for temporary files. Папка для временных файлов. Set of annotations Набор аннотаций Annotations for merging Аннотации для соединения Merged annotations Соединенные аннотации Merges together supplied assemblies. Соединяет вместе несколько сборок. U2::LocalWorkflow::CutAdaptFastqPrompter unset не указан from %1 из %1 Removes adapter sequences %1. Удаляет переходные последовательности %1. U2::LocalWorkflow::CutAdaptFastqTask Can not copy the result file to: %1 Can not copy the result file to: %1 Unknown file format: Unknown file format: U2::LocalWorkflow::CutAdaptFastqWorker Cut Adapter Удаление адаптеров Removes adapter sequences Удаляет последовательности адаптеров Input File Входной файл Set of FASTQ reads files Набор ридов вормате FASTQ Output File Выходной файл Output FASTQ file(s) Выходные FASTQ файлы Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. Output file name Имя выходного файла A name of an output file. If default of empty value is provided the output name is the name of the first file with additional extention. Имя выходного файла. По умолчанию будет использовано имя первого файла с соответствующим расширением. FASTA file with 3' adapters A FASTA file with one or multiple sequences of adapter that were ligated to the 3' end. The adapter itself and anything that follows is trimmed. If the adapter sequence ends with the '$' character, the adapter is anchored to the end of the read and only found if it is a suffix of the read. FASTA file with 5' adapters FASTA file with adapters FASTA файл с адаптерами A FASTA file with one or multiple sequences of adapter that were ligated to the 3' end. The adapter itself and anything that follows is trimmed. If the adapter sequence ends with the '$ character, the adapter is anchored to the end of the read and only found if it is a suffix of the read. FASTA файл с одним или несколькими адаптерами. Сам адаптер и все, что следует за ним обрезано. Если последовательность адаптера заканчивается символом $, адаптер прикрепляется к концу рида. FASTA file with reverse adapters FASTA файл с обратными адаптерами A FASTA file with one or multiple sequences of adapters that were ligated to the 5' end. If the adapter sequence starts with the character '^', the adapter is 'anchored'. An anchored adapter must appear in its entirety at the 5' end of the read (it is a prefix of the read). A non-anchored adapter may appear partially at the 5' end, or it may occur within the read. If it is found within a read, the sequence preceding the adapter is also trimmed. In all cases, the adapter itself is trimmed. FASTA файл с одним или несколькими адаптерами. Если адаптер начинается с символа '^', адаптер называется«якорь». Если будет найден такой адаптер в риде, последовательность предшествующая адаптеру также обрезается. FASTA file with 5' and 3' adapters FASTA файл с 5' и 3' концевыми адаптерами A FASTA file with one or multiple sequences of adapters that were ligated to the 5' end or 3' end. FASTA файл с одним или несколькими адаптерами 5' или 3' концов. Input file Входной файл Workflow Схема Custom Частный U2::LocalWorkflow::FastQCPrompter unset не указан from %1 из %1 Builds FastQC report for file(s) %1. Строит отчет FastQC для файлов %1. U2::LocalWorkflow::FastQCWorker FastQC Quality Control Контроль качества (FastQC) Builds quality control reports. этот элемент создаёт отчёты по результатам контроля качества. Short reads Короткие риды Short read data Короткие риды Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. List of adapters Список адаптеров Specifies a non-default file which contains the list of adapter sequences which will be explicity searched against the library. The file must contain sets of named adapters in the form name[tab]sequence. Lines prefixed with a hash will be ignored. добавить произвольный файл со списком адаптеров, для которых будет проведён поиск в данных. List of contaminants Список контаминирующих последовательностей Specifies a non-default file which contains the list of contaminants to screen overrepresented sequences against. The file must contain sets of named contaminants in the form name[tab]sequence. Lines prefixed with a hash will be ignored. добавить произвольный файл со контаминирующих последовательностей, в которых будет проведён поиск сверхпредстваленных последовательностей. Input file Входной файл Workflow Схема Custom Частный U2::LocalWorkflow::GenomecovPrompter unset не указан from %1 из %1 %1 from %2 with bedtool genomecov. %1 из %2 с bedtool genomecov. U2::LocalWorkflow::GenomecovTask Unknown file format: Unknown file format: U2::LocalWorkflow::GenomecovWorker Genome Coverage Расчет покрытия генома Calculates genome coverage using bedtools genomecov. Рассчитывает покрытие генома при помощи bedtools genomecov. Input File Входной файл Set of files to NGS slop Набор файлов для NGS Output File Выходной файл Output file Выходной файл Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. Output file name Имя выходного файла A name of an output file. If default of empty value is provided the output name is the name of the first file with additional extention. Имя выходного файла. По умолчанию будет использовано имя первого файла с соответствующим расширением. Genome Геном In order to prevent the extension of intervals beyond chromosome boundaries, bedtools slop requires a genome file defining the length of each chromosome or contig. The format of the file is: <chromName><TAB><chromSize>. (-g) Для того, чтобы предотвратить расширение интервалов за пределами границ хромосом, bedtools slop требует файл генома, определяющий длину каждой хромосомы или контига.Формат файла: <chromName> <TAB> <chromSize>. (-g) Report mode Режим отчета %1 (%2) - %3 %4 (%5) - %6 %7 (%8) - %9 %10 (%11) - %12 %13 (%14) - %15 %1 (%2) - %3 %4 (%5) - %6 %7 (%8) - %9 %10 (%11) - %12 %13 (%14) - %15 Split Разделить Treat âsplitâ BAM or BED12 entries as distinct BED intervals when computing coverage. For BAM files, this uses the CIGAR âNâ and âDâ operations to infer the blocks for computing coverage. For BED12 files, this uses the BlockCount, BlockStarts, and BlockEnds fields (i.e., columns 10,11,12). (-split) Определяет BAM или BED12 записи как различные BED промежутки когда вычисляется покрытие. (-split) Strand Прямой Calculate coverage of intervals from a specific strand. With BED files, requires at least 6 columns (strand is column 6). (-strand) Рассчитывает покрытие Calculate coverage of intervals from a specific strand. With BED files, requires at least 6 columns (strand is column 6). (-strand) 5 prime 5 начало Calculate coverage of 5â positions (instead of entire interval). (-5) Вычисляет покрытие позиций 5'. (-5) 3 prime 3 начало Calculate coverage of 3â positions (instead of entire interval). (-3) Вычисляет покрытие позиций 3'. (-3) Max Макс Combine all positions with a depth >= max into a single bin in the histogram. (-max) Смешивает все позиции с глубиной> = макс в одну ячейку на гистограмме. (-max) Scale Шкала Scale the coverage by a constant factor.Each coverage value is multiplied by this factor before being reported. Useful for normalizing coverage by, e.g., reads per million (RPM). Default is 1.0; i.e., unscaled. (-scale) шкалировать покрытие с учётом постоянного фактора. Каждое значение покрытия будет умножено на этот фактор. Применима для расчёта нормализованного покрытия, например, числа ридов на миллион (RPM). Значение по умолчанию — 1 (без масштабирования). (Параметр -scale) Trackline Трэк Adds a UCSC/Genome-Browser track line definition in the first line of the output. (-trackline) добавляет определение трэка UCSC Genome Browser в первую строку выходного файла. (Параметр -trackline) Trackopts След Writes additional track line definition parameters in the first line. (-trackopts) Записывает дополнительную линию следа в первую линию. (-trackopts) Custom Частный Input file Входной файл Treat “split” BAM or BED12 entries as distinct BED intervals when computing coverage. For BAM files, this uses the CIGAR “N” and “D” operations to infer the blocks for computing coverage. For BED12 files, this uses the BlockCount, BlockStarts, and BlockEnds fields (i.e., columns 10,11,12). (-split) Calculate coverage of 5’ positions (instead of entire interval). (-5) Calculate coverage of 3’ positions (instead of entire interval). (-3) Workflow Схема U2::LocalWorkflow::GffreadPrompter Extract transcript sequences from the genomic sequence from %1 using transcripts from %2 and save them to the file %3. Получает транскрипционные последовательности из геномной последовательности из %1 используя транскрипции из %2 и сохраняет их в файл %3. U2::LocalWorkflow::HmmerBuildPrompter For each MSA from %1, %1 builds a HMMER profile. U2::LocalWorkflow::HmmerBuildWorker Input MSA Входное MSA Input multiple sequence alignment for building statistical model. HMM3 profile Produced HMM3 profile URL Random seed Затравка Random generator seed. 0 - means that one-time arbitrary seed will be used. HMM3 Build Builds a HMM3 profile from a multiple sequence alignment.The HMM3 profile is a statistical model which captures position-specific information about how conserved each column of the alignment is, and which residues are likely. HMMER3 Tools Built HMMER profile U2::LocalWorkflow::HmmerSearchPrompter For each sequence from %1, using all profiles provided by %1, %1 search HMMER signals %2. Output the list of found regions annotated as %4. U2::LocalWorkflow::HmmerSearchWorker Filter by Parameter to filter results by. HMMER profile HMMER profile(s) URL(s) to search with. Input sequence Входная последовательность An input sequence (nucleotide or protein) to search in. HMMER annotations Annotations marking found similar sequence regions. Result annotation A name of the result annotations. Seed Затравка Random generator seed. 0 - means that one-time arbitrary seed will be used. Filter by high E-value Report domains with e-value less than. Filter by low score Report domains with score greater than. HMM3 Search Searches each input sequence for significantly similar sequence matches to all specified HMM profiles. In case several profiles were supplied, searches with all profiles one by one and outputs united set of annotations for each sequence. HMMER3 Tools Value for attribute name is empty, default name used Find HMMER signals in %1 Bad sequence supplied to input: %1 Found %1 HMMER signals U2::LocalWorkflow::MACSPrompter unset не указан Uses %1 as treatment Использует %1 в качестве обработки and %1 as control и %1 в качестве контроля to call peaks. вызова сигналов. Outputs all files to %1 folder Сохраняет все выходные файлы в%1 and pileup with %1 span и накапливается в диапазоне %1 U2::LocalWorkflow::MACSWorker Bad model fold region: %1. Default region is used Bad model fold region: %1. Default region is used unrecognized parsing error Input control and treatment annotations are the same Входные контрольные и обработанные аннотации одинаковы Treatment features Treatment особенности ChIP-seq treatment features. ChIP-seq treatment особенности. Control features Контрольные особенности Control features (Optional). Контрольные особенности. MACS data Данные MACS ChIP-seq treatment features and control features (optional) to call peaks with MACS. ChIP-seq treatment особенности и контрольные особенности для вызова пиков при помощи MACS. Peak regions Пиковые регионы Peak locations. Typically used in gene association study like CEAS, or correlation calculation. Расположение пиков. Обычно используется в CEAS или расчете корреляции. Peak summits Пределы пиков Peak summits locations for every peaks. Typically used in DNA motif analysis or conservation check. Расположение пределов для каждого пика. Treatment fragments pileup (wiggle) Накопление treatment фрагментов (wiggle) Wiggle format files which can be imported to UCSC genome browser/GMOD/Affy IGB. Файлы формата wiggle, которые могут быть импортированы в геномный браузер/GMOD/Affy IGB. MACS output data Выходные данные MACS ChIP-seq peaks and summits. Pileup data (optional) ChIP-seq пики и пределы. Накопленные данные Output folder Выходная папка Folder to save MACS output files. Папка для сохранения выходных файлов MACS. Name Имя The name string of the experiment. MACS will use this string NAME to create output files like 'NAME_peaks.xls', 'NAME_negative_peaks.xls', 'NAME_peaks.bed', 'NAME_summits.bed', 'NAME_model.r' and so on. So please avoid any confliction between these filenames and your existing files (--name). Имя эксперимента. MACS будет использовать это имя для создания выходных файлов, например 'NAME_peaks.xls', 'NAME_negative_peaks.xls', 'NAME_peaks.bed', 'NAME_summits.bed', 'NAME_model.r' (--name). Wiggle output Выходной файл в формате wiggle If this flag is on, MACS will store the fragment pileup in wiggle format for the whole genome data instead of for every chromosomes (--wig) (--single-profile). Если этот флаг установлен, MACS будет сохранять накопленные фрагменты в формате wiggle для всего генома вместо каждой отдельной хромосомы (--wig) (--single-profile). Wiggle space Пространство wiggle By default, the resolution for saving wiggle files is 10 bps,i.e., MACS will save the raw tag count every 10 bps. You can change it along with '--wig' option (--space). По умолчанию, разрешение для сохранения файлов 10 нукл. Вы можете изменить это при помощи опции '--wig' (--space). Genome size (Mbp) Размер генома (Mbp) Homo sapience - 2700 Mbp Mus musculus - 1870 Mbp Caenorhabditis elegans - 90 Mbp Drosophila melanogaster - 120 Mbp It's the mappable genome size or effective genome size which is defined as the genome size which can be sequenced. Because of the repetitive features on the chromosomes, the actual mappable genome size will be smaller than the original size, about 90% or 70% of the genome size (--gsize). Homo sapience - 2700 Mbp Mus musculus - 1870 Mbp Caenorhabditis elegans - 90 Mbp Drosophila melanogaster - 120 Mbp . Это графический размер генома или эффективный размер генома, который определяется как размер генома, который может быть упорядочен. Из-за повторяющихся особенностей на хромосомах, фактическое отображаемыми размер генома будет меньше исходного размера, приблизительно 90% или 70% от размера генома (--gsize). P-value P-значение P-value cutoff. Default is 0.00001, for looser results, try 0.001 instead (--pvalue). P-значение среза. По умолчанию 0.00001 (--pvalue). Q-value Q-значение Minimum FDR (q-value) cutoff for peak detection. Минимальный срез FDR для поиска пика. Use model Использовать модель Whether or not to use MACS paired peaks model (--nomodel). Использовать или нет модель парных пиков MACS (--nomodel). Model fold Моедль сложения Select the regions within MFOLD range of high-confidence enrichment ratio against. Model fold is available when Use model is true, which is the foldchange to chose paired peaks to build paired peaks model. Users need to set a lower(smaller) and upper(larger) number for fold change so that MACS will only use the peaks within these foldchange range to build model (--mfold). Модель сложения доступна когда параметрИспользовать модель истина. Необходимо выбрать нижнюю и верхнюю границы для этой модели, MACS будет использовать только пики из этого интервала для построения модели (--mfold). Shift size Величина сдвига An arbitrary shift value used as a half of the fragment size when model is not built. Shift size is available when Use model is false, which will represent the HALF of the fragment size of your sample. If your sonication and size selection size is 300 bps, after you trim out nearly 100 bps adapters, the fragment size is about 200 bps, so you can specify 100 here (--shiftsize). Величина сдвига используется как половина размера фрагмента в том случае, когда модель не построена. Величина сдвига доступна когда параметр Использовать модель не истина (--shiftsize). Keep duplicates Сохранять дубликаты It controls the MACS behavior towards duplicate tags at the exact same location -- the same coordination and the same strand. The default auto option makes MACS calculate the maximum tags at the exact same location based on binomal distribution using 1e-5 as pvalue cutoff; and the all option keeps every tags. If an integer is given, at most this number of tags will be kept at the same location (--keep-dup). Этот параметр контролирует поведение MACS для дубликатов, найденных в одном месте, с одинаковыми координатами и в одинаковой цепи (--keep-dup). Band width Ширина полосы The band width which is used to scan the genome for model building. You can set this parameter as the sonication fragment size expected from wet experiment. Used only while building the shifting model (--bw). Ширина полосы, которая используется для сканирования генома для построения модели. Используется только при построении модели сдвига (--bw). Extended fragment pileup Накопления расширенного фрагмента Whether or not to generate extended fragment pileup, local lambda and score tracks at every bp. Генерировать или нет накопления разширенного фрагмента. Tag size (optional) Размер ярлыка Length of reads. Determined from first 10 reads if not specified (input 0) (--tsize). Длина ридов. Определеятся из первых 10 ридов (--tsize). Use lambda Использовать лямбда Whether to use local lambda model which can use the local bias at peak regions to throw out false positives (--nolambda). Следует ли использовать локальную модель лямбда (--nanolambda). Small nearby region Небольшой ближайший регион The small nearby region in basepairs to calculate dynamic lambda. This is used to capture the bias near the peak summit region. Invalid if there is no control data (--slocal). Небольшой ближайший регион в парах оснований для расчета динамической лямбда. Это используется, чтобы захватить смещения вблизи области пика. (--local). Large nearby region Большой ближайший регион The large nearby region in basepairs to calculate dynamic lambda. This is used to capture the surround bias (--llocal). Большой ближайший регион в парах оснований для расчета динамической лямбда. Это используется, чтобы захватить объемные смещения (--local). Auto bimodal Авто бимодальный Whether turn on the auto pair model process.If set, when MACS failed to build paired model, it will use the nomodelsettings, the “Shift size” parameter to shift and extend each tags (--on-auto). Whether turn on the auto pair model process.If set, when MACS failed to build paired model, it will use the nomodelsettings, the âShift sizeâ parameter to shift and extend each tags (--on-auto). Авто бимодальный (--on-Авто). If set, MACS will try to call broad peaks by linking nearby highly enriched regions.The linking region is controlled by another cutoff through âBroad cutoffâ.The maximum linking region length is 4 times of d from MACS. Если установлено, MACS будет пытаться вызвать широкие пики. Cutoff for broad region. This option is not available unless âBroadâ is set.If âP-valueâ is set, this is a pvalue cutoff, otherwise, it's a qvalue cutoff. Срез для широких регионов. Scale to large Масштаб для больших When set, scale the small sample up to the bigger sample.By default, the bigger dataset will be scaled down towards the smaller dataset,which will lead to smaller p/qvalues and more specific results.Keep in mind that scaling down will bring down background noise more (--to-large). Когда установлено, масштаб увеличивается до большого. (--to-large). Shift control Контроль сдвига When set, control tags will be shifted just as ChIP tags according to their strand before the extension of d, slocal and llocal. By default, control tags are extended centeredat their current positions regardless of strand. You may consider to turn this option on whilecomparing two ChIP datasets of different condition but the same factor. Если установлен ярлыки управления будут сдвинуты как ChIP ярлыки. Half-extend Расширение наполовину When set, MACS extends 1/2 d size for each fragment centered at its middle point. Когда установлен, MACS расширяет размер на 1/2 от размера для каждого фрагмента. Broad Широкий If set, MACS will try to call broad peaks by linking nearby highly enriched regions.The linking region is controlled by another cutoff through “Broad cutoff”.The maximum linking region length is 4 times of d from MACS. Broad cutoff Широкий срез Cutoff for broad region. This option is not available unless “Broad” is set.If “P-value” is set, this is a pvalue cutoff, otherwise, it's a qvalue cutoff. Find Peaks with MACS Поиск пиков с помощью MACS Performs peak calling for ChIP-Seq data. Выполняет поиск пиков для данных ChIP-Seq. U2::LocalWorkflow::MAFFTPrompter from %1 из %1 Aligns each MSA supplied %1 with "MAFFT". Выравнивает каждое MSA из %1 при помощи "MAFFT". U2::LocalWorkflow::MAFFTWorker Input MSA Входное MSA Multiple sequence alignment to be processed. Множественное выравнивание, которое будет обработано. Multiple sequence alignment Множественное выравнивание Result of alignment. Результат выравнивания. Gap Open Penalty Штраф за открытие пробела Gap Open Penalty. Штраф за открытие пробела. Offset Смещение Works like gap extension penalty. Работает как штраф за расширение пробела. Maximum number of iterative refinement. Максимальное число итерационных уточнений. External tool path. Путь до внешнего инструмента. Folder for temporary files. Папка для временных файлов. An empty MSA '%1' has been supplied to MAFFT. An empty MSA '%1' has been supplied to MAFFT. Max Iteration Количество итераций Tool Path Путь Temporary folder Временная папка Align with MAFFT Выравнивание с помощью MAFFT Aligned %1 with MAFFT Aligned %1 with MAFFT MAFFT is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems. <dfn>It offers a range of multiple alignment methods, L-INS-i (accurate; for alignment of <~200 sequences), FFT-NS-2 (fast; for alignment of <~10,000 sequences), etc. </dfn> MAFFT - это программа для выравнивания последовательностей для Unix-подобных операционных систем. <dfn>MAFFT предлагает широкий выбор методов выравнивания, L-INS-i (точно; для выравнивания около 200 последовательностей), FFT-NS-2 (быстро; для выравнивания около 10.000 последовательностей).</dfn> U2::LocalWorkflow::Peak2GenePrompter unset не указан Uses annotations from %1 as peak regions Использует аннотации из %1 в качестве пиковых регионов to annotate with genes nearby from %1. для аннотации генов рядом с %1. U2::LocalWorkflow::Peak2GeneWorker Treatment features Treatment особенности Result peaks of MACS. MACS пики. Peak2gene data Данные Peak2gene MACS peaks to get the refgenes near the peak summit/center. Пики MACS, чтобы получить refgenes вблизи пика в центре. Gene regions Регионы гена Annotation for each gene, containing all the peaks nearby. Аннотация для каждого гена, содержащая все близлежащие пики. Peak regions Пиковые регионы Annotation for each peak, containing all the genes nearby. Аннотрация для каждого пика, содержащая все близлежащие гены. Gene regions URL URL to file with annotation for each gene, containing all the peaks nearby. Peak regions URL URL to file with annotation for each peak, containing all the genes nearby. Peak2gene output data Выходные данные Peak2gene Genes containing all the peaks nearby and peaks containing all the genes nearby. Гены, содержащие все близлежащие пики и пики, содержащие все близлежащие гены. Output type Тип выходного файла Select which type of genes need to output. up for genes upstream to peak summit, down for genes downstream to peak summit, all for both up and down (--op). выберите тип генов для выходных файлов up для вышележащих генов, down для нижележащих генов, all для обоих up и down. Соответствует опции --op. Official gene symbols Официальные символы генов Output official gene symbol instead of refseq name (--symbol). выходной официальный символ гена вместо имени refseq. Соответствует опции --symbol. Distance Расстояние Set a number which unit is base. It will get the refGenes in n bases from peak center (--distance). установите число, которое является базовым. Он будет получать refGenes в n базах из центра пика. Соответствует опции --distance. Genome file Файл генома Select a genome file (sqlite3 file) to search refGenes (--genome). выберите файл генома для (sqlite3 файл) для поиска refGenes. Соответствует опции --genome. Annotate Peaks with peak2gene Аннотация пиков с помощью peak2gene Gets refGenes near the ChIP regions identified by a peak-caller. этот элемент получает refGenes рядом с регионами ChIP найденными поиском пиков. U2::LocalWorkflow::SeqPosComboBoxWithChecksDelegate Hint: Совет: Use 'cistrome.xml' to descrease the computation time. It is a comprehensive collection of motifs from the other databases with similar motifs deleted. Используйте 'cistrome.xml' чтобы понизить время вычисления. Это полная коллекция мотивов из других баз данных с аналогичными мотивами. U2::LocalWorkflow::SeqPosPrompter unset не указан Uses regions from %1 to find motifs enriched in them. Использует регионы из %1 для поиска мотивов обогащенных в них. Genome assembly: %1. Геномная сборка: %1. Finds de novo motifs. Ищет мотивы de novo. Uses %1 known motifs. Использует известные мотивы %1. Outputs all result files to %1 folder Записывает все выходные файлы в %1 U2::LocalWorkflow::SeqPosWorker Input regions Входные регионы Peak summits. Пределы пиков. SeqPos data Данные SeqPos Finds motifs enriched in a set of regions. Находит мотивы, обогащенные в наборе областей. Output folder Выходная папка The folder to store seqpos results. Папка для сохранения результатов seqpos. Genome assembly version Версия геномной сборки UCSC database version (GENOME). ВЕрсия базы данных UCSC (GENOME). De novo motifs Мотивы de novo Run de novo motif search (-d). Запускает поиск de novo мотивов (-d). Motif database База данных мотивов Known motif collections (-m). Warning: computation time increases with selecting additional databases. It is recommended to use cistrome.xml. It is a comprehensive collection of motifs from the other databases with similar motifs deleted. Известная коллекция мотивов (-m). Предупреждение: время вычисления возрастает при выборе этих баз данных. Рекомендуется использовать cistrome.xml. Output file name Имя выходного файла Name of the output file which stores new motifs found during a de novo search (-n). Имя выходной файла (-n). Region width Ширина региона Width of the region to be scanned for motifs; depends on a resolution of assay (-w). Ширина региона (-w). Pvalue cutoff Срез Pзначения Pvalue cutoff for the motif significance (-p). Срез Pзначения (-p). Collect Motifs with SeqPos Сбор мотивов с помощью SeqPos U2::LocalWorkflow::ShortReadsAlignerPrompter unset не указан Aligns upstream oriented reads from %1 and downstream oriented reads from %2 Выравнивает верховые риды из %1 и низовые риды из %2 Aligns reads from %1 Выравнивает риды из %1 to reference genome %1. на референсный геном %1. U2::LocalWorkflow::SlopbedPrompter unset не указан from %1 из %1 Increases the size of each feature in files from %1 with bedtool slop. Увеличивает размер каждого элемента в файлах из%1 при помощи bedtools. U2::LocalWorkflow::SlopbedWorker slopBed Продление аннотаций (slopBed) Increases the size of each feature in files using bedtools slop. Увеличивает размер каждой аннотации в файлах при помощи bedtools slop. Input File Входной файл Set of files to bedtools slop Набор файлов для bedtools slop Output File Выходной файл Output file Выходной файл Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. Output file name Имя выходного файла A name of an output file. If default of empty value is provided the output name is the name of the first file with additional extention. Имя выходного файла. По умолчанию будет использовано имя первого файла с соответствующим расширением. Genome Геном In order to prevent the extension of intervals beyond chromosome boundaries, bedtools slop requires a genome file defining the length of each chromosome or contig. The format of the file is: <chromName><TAB><chromSize> (-g). Для того, чтобы предотвратить расширение интервалов за пределами границ хромосом, для bedtools slopотстойный требуется файл генома, определяющий длину каждой хромосомы или контига. Формат файла: <chromName> <TAB> <chromSize> (-g). Each direction increase Увеличение каждого направления Increase the BED/GFF/VCF entry by the same number base pairs in each direction. If this parameter is used -l and -l are ignored. Enter 0 to disable. (-b) Увеличивает BED/ GFF / VCF на одинаковое число пар оснований в каждом направлении. Если этот параметр используется -l и -l игнорируются. Введите 0 для отключения. (-b) Substract from start Вычесть из начала The number of base pairs to subtract from the start coordinate. Enter 0 to disable. (-l) Число пар основания, которое нужно вычесть, начиная от стартовой координаты. Введите 0 для отключения. (-l) Add to end Добавить в конец The number of base pairs to add to the end coordinate. Enter 0 to disable. (-r) Число пар основания для добавления в конец. Введите 0 для отключения. (-r) Strand-based На основе цепи Define -l and -r based on strand. For example. if used, -l 500 for a negative-stranded feature, it will add 500 bp to the end coordinate. (-s) Определяет -l и -r на основе цепи. (-s) As fraction Как доля Define -l and -r as a fraction of the featureâs length. E.g. if used on a 1000bp feature, -l 0.50, will add 500 bp âupstreamâ. (-pct) Определяет -l и -r как долю от длины аннотации. (-pct) Print header Вывести заголовок Print the header from the input file prior to results. (-header) Вывести заголовок из входного файла в результат. (-header) Filter start>end fields Фильтровать области начало>конец Remove lines with start postion greater than end position Удаляет линии, в которых стартовая позиция больши конечной позиции Custom Частный Input file Входной файл Define -l and -r as a fraction of the feature’s length. E.g. if used on a 1000bp feature, -l 0.50, will add 500 bp “upstream”. (-pct) Workflow Схема U2::LocalWorkflow::SnpEffDatabaseDialog Select Cancel Отмена U2::LocalWorkflow::SnpEffDatabasePropertyWidget Select genome The list of %1 genomes is not available. Path for %1 tool is not selected. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::LocalWorkflow::SnpEffPrompter unset не указан from %1 из %1 Annotates and filters variations %1 with SnpEff. Аннотирует и фильтрует вариации %1 при помощи SnpEff. U2::LocalWorkflow::SnpEffWorker SnpEff Annotation and Filtration Аннотация и фильтрация с помощью SnpEff Annotates and filters variations with SnpEff. этот элемент аннотирует и фильтрует вариации при помощи SnpEff. Variations Вариации Set of variations Набор вариаций Annotated variations Аннотированные вариации Output folder Выходная папка Select an output folder. Custom - specify the output folder in the 'Custom folder' parameter. Workflow - internal workflow folder. Input file - the folder of the input file. выберите выходную папку. Частная - укажите папку в параметре 'Частная папка'. Заданная - внутренняя папка дизайнера. Входной файл - папка входного файла. Custom folder Частная папка Select the custom output folder. Укажите частную выходную папку. Input format Входной формат Select the input format of variations. выберите входной формат вариаций. Output format Выходной формат Select the format of annotated output files. выберите формат выходных аннотированных файлов. Genome Геном Select the target genome. Genome data will be downloaded if it is not found. выберите референсный геном. Если он не найден, данные генома будут загружены из сети Интернет. Upstream/downstream length Верхняя/нижняя длина Upstream and downstream interval size. Eliminate any upstream and downstream effect by using 0 length верхний и нижний размеры интервала. Canonical transcripts Канонические транскрипты Use only canonical transcripts использовать только канонические транскрипты. HGVS nomenclature Номенклатура HGVS Annotate using HGVS nomenclature аннотировать при помощи номенклатуры HGVS. Annotate Loss of function variations Аннотировать варианты loss of function Annotate Loss of function variations (LOF) and Nonsense mediated decay (NMD) аннотирует варианты, связанные с потерей функции (loss of function) и изменением деградации, связанной с преждевременным стоп-кодоном (NMD). Annotate TFBSs motifs Аннотировать мотивы TFBS Annotate transcription factor binding site motifs (only available for latest GRCh37) аннотирует сайты связывания транскрипционных факторов (опция доступна только для последней версии сборки GRCh37). Input file Входной файл Workflow Схема Custom Частный U2::LocalWorkflow::SpadesPrompter unset не указан Assemble reads from %1. Собирает риды из %1. U2::LocalWorkflow::SpadesWorker SPAdes cannot recognize read pairs from the same file. Please, perform demultiplexing first. SPAdes cannot recognize read pairs from the same file. Please, perform demultiplexing first. URL of a file with reads Путь до файла с ридами Input reads to be assembled. Входные риды будут собраны. URL of a file with right pair reads Путь до файла с ридами правой пары Input right pair reads to be assembled. Выходные риды правой пары будут собраны. SPAdes data Данные SPAdes Input reads to be assembled with Spades. Входные риды будут собраны при помощи Spades. Scaffolds URL Путь до Scaffolds Output scaffolds URL. Путь до выходногог scaffolds. SPAdes output data Выходные данные SPAdes Output assembly files. Выходные файлы сборки. Output folder Выходная папка Folder to save Spades output files. folder to save Spades output files. Папка для сохранения выходных файлов Spades. Number of threads Число потоков Number of threads (-t). число потоков (-t). Memory limit (GB) Предел памяти (GB) Memory limit (-m). Предел памяти (-m). Dataset type Тип набора данных Input dataset type. Тип входного набора данных. Running mode Режим запуска Running mode. режим запуска. K-mers K-mers k-mer sizes (-k). Размеры k-mer (-k). Assemble genomes with SPAdes Сборка геномов с помощью SPAdes Performes assembly of input short reads. Производит сборку входных коротких ридов. U2::LocalWorkflow::TCoffeePrompter from %1 из %1 For each MSA%1, build the alignment using "T-Coffee" and send it to output. Для каждого MSA%1, строится выравнивание при помощи "T-Coffee". U2::LocalWorkflow::TCoffeeWorker Input MSA Входное MSA Multiple sequence alignment to be processed. Множественное выравнивание, которое будет обработано. Multiple sequence alignment Множественное выравнивание Result of alignment. Результат выравнивания. Gap Open Penalty Штраф за открытие пробела Gap Open Penalty. Must be negative, best matches get a score of 1000. Штраф за открытие пробела. Должно быть отрицательным, лучшие совпадения оцениваются в 1000. Gap Extension Penalty Штраф за расширение пробела Gap Extension Penalty. Positive values give rewards to gaps and prevent the alignment of unrelated segments. Штраф за расширение пробела. Положительные значения дают дополнительные очки для пробелов и предотвращают выравнивание не связанных между собой сегментов. Max Iteration Количество итераций Number of iteration on the progressive alignment. 0 - no iteration, -1 - Nseq iterations. Число итераций. 0 - нет итераций, -1 - итераций Nseq. Tool Path Путь External tool path. Путь до внешнего инструмента. Folder for temporary file.s Папка для временных файлов An empty MSA '%1' has been supplied to T-Coffee. An empty MSA '%1' has been supplied to T-Coffee. Temporary folder Временная папка folder for temporary file.s Align with T-Coffee Выравнивание с помощью T-Coffee T-Coffee is a multiple sequence alignment package. T-Coffee это пакет для множественного выравнивания. Aligned %1 with T-Coffee Aligned %1 with T-Coffee U2::LocalWorkflow::TopHatWorker Input reads Входные риды Input RNA-Seq reads Входные риды RNA-Seq TopHat output Выходные данные TopHat Accepted hits, junctions, insertions and deletions Допустимы хиты, переходы, вставки и удаления TopHat input reads. Set this slot empty if you want to align reads directly from a file and specify the "Input reads url" slot. When running TopHat with paired-end reads, this should be the *_1 ("left") set of reads. Входные риды TopHat. Оставьте этот слот пустым если вы хотите выровнять риды напрямую из файла и укажите слот "Путь для входных ридов". Input reads url Путь для входных ридов TopHat input reads url. When running TopHat with paired-end reads, this should be the *_1 ("left") set of reads. Путь для входных ридов TopHat. Input paired reads Входные парные риды Set this slot empty if you want to align reads directly from a file and specify the "Input reads url" slot. Only used when running TopHat with paired end reads, and contains the *_2 ("right") set of reads. Reads MUST appear in the same order as the *_1 reads. Оставьте этот слот пустым если вы хотите выровнять риды напрямую из файла и укажите слот "Путь для входных ридов". Input paired reads url Путь для входных парных ридов Only used when running TopHat with paired end reads, and contains the *_2 ("right") set of reads. Используется только когда TopHat запускается для парных ридов, и содержит набор ридов *_2 ("right"). Dataset name Имя набора данных Use it only when sequences slot(or slots) is specified. Group input reads into chunks for several Tophat runs. Set it empty if you want to run Tophat once for all input reads Используйте этот параметр только когда указан слот типа последовательность. Оставьте его пустым если хотите запустить задачу для всех входных ридов Accepted hits Принимаемые хиты Accepted hits found by TopHat Принимаемые хиты найденные TopHat Sample name Пример имени Sample name for running Cuffdiff Пример имени для запуска Cuffdiff Accepted hits url Путь до принимаемых хитов The url to the assembly file with the accepted hits Путь до файла сборки с принимаемыми хитами Find Splice Junctions with TopHat Поиск сайтов сплайсинга с помощью TopHat TopHat is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. TopHat является быстрым инструментом для определения сплайсинга по данным секвенирования РНК. TopHat выравнивает риды с помощью Bowtie и затем анализирует результаты выравнивания для определения границ экзонов. Output folder Выходная папка The base name of output folder. It could be modified with a suffix. Базовое имя для выходной папки. Samples map Карта образцов The map which divide all input datasets into samples. Every sample has the unique name. карта, которая разделяет все входные наборы данных на образцы. Каждый образец имеет уникальное название. Bowtie index folder Папка для индекса Bowtie The folder with the Bowtie index for the reference sequence. папка, в которой расположен индекс Bowtie для референсной последовательности. Bowtie index basename Базовое имя для индекса Bowtie The basename of the Bowtie index for the reference sequence. базовое имя для индекса Bowtie для референсной последовательности. Mate inner distance Внутренняя дистанция в паре The expected (mean) inner distance between mate pairs. ожидаемая (средняя) внутренняя дистанция между ридами в паре (mate pair). Mate standard deviation Стандартное отклонение в паре The standard deviation for the distribution on inner distances between mate pairs. стандартное отклонение для распределения в внутренних дистанций между ридами в паре (mate pair). Library type Тип библиотеки Specifies RNA-Seq protocol. задает протокол секвенирования РНК. No novel junctions Не искать новые сайты сплайсинга Only look for reads across junctions indicated in the supplied GFF or junctions file. This parameter is ignored if Raw junctions or Known transcript file is not set. Искать только такие сплайсированные риды, которые соответствуют информации в приложенном файле (GFF или файле с описанием сайтов сплайсинга). Если ни один из этих файлов не указан, параметр будет проигнорирован. Raw junctions Новые сайты сплайсинга The list of raw junctions. список обнаруженных сайтов сплайсинга. Known transcript file Файл с известными транскриптами A set of gene model annotations and/or known transcripts. файл с аннотацией моделей генов и/или известными транскриптами. Max multihits Максимальное количество множественных выравниваний Instructs TopHat to allow up to this many alignments to the reference for a given read, and suppresses all alignments for reads with more than this many alignments. Tophat не будет анализировать все выравнивания для ридов с большим количеством выравниваний, чем указанный параметр. Segment length Длина сегмента Each read is cut up into segments, each at least this long. These segments are mapped independently. каждый рид разрезается на сегменты указанной длины. Эти сегменты выравниваются независимо. Fusion search Поиск химер Turn on fusion mapping. искать выравнивание для химерных ридов. Transcriptome only Только транскриптом Only align the reads to the transcriptome and report only those mappings as genomic mappings. выравнивать риды только на транскриптом и выдавать только эти выравнивания при выравнивании на геном. Transcriptome max hits Максимальное число выравниваний Maximum number of mappings allowed for a read, when aligned to the transcriptome (any reads found with more than this number of mappings will be discarded). максимальное число выравниваний, разрешенных для рида при выравнивании на транскриптом (риды с большим числом выравниваний будут исключены из дальнейшего анализа). Prefilter multihits Предварительный фильтр множественных выравниваний When mapping reads on the transcriptome, some repetitive or low complexity reads that would be discarded in the context of the genome may appear to align to the transcript sequences and thus may end up reported as mapped to those genes only. This option directs TopHat to first align the reads to the whole genome in order to determine and exclude such multi-mapped reads (according to the value of the Max multihits option). при выравнивании ридов на транскриптом, некоторые повторяющиеся риды или риды, содержащие повторы, могут быть выявлены как выровненные, хотя при выравнивании на геном они были бы отброшены. При выборе этой опции TopHat сначала выравнивает риды на весь геном, чтобы определить и исключить риды, которые выравниваются несколько раз (число выравниваний определяется значением опции). Min anchor length Минимальная длина якоря The anchor length. TopHat will report junctions spanned by reads with at least this many bases on each side of the junction. Note that individual spliced alignments may span a junction with fewer than this many bases on one side. However, every junction involved in spliced alignments is supported by at least one read with this many bases on each side. длина якоря. TopHat будет указывать в отчете сайты сплайсинга в том случае, если с каждой стороны от стыка прочитано не менее указанного числа нуклеотидов. В отдельных выравниваниях число нуклеотидов может быть меньше, однако для любого указанного в отчете сайта сплайсинга будет существовать хотя бы одно выравнивание с не менее чем указанным числом нуклеотидов с каждой стороны. Splice mismatches Замены около сайтов сплайсинга The maximum number of mismatches that may appear in the anchor region of a spliced alignment. максимально допустимое число несоответствий в нуклеотидах около сайтов сплайсинга.. Read mismatches Замены в ридах Final read alignments having more than these many mismatches are discarded. финальные выравнивания, число несоответствий в которых больше указанного, будут отброшены. Segment mismatches Замены в сегментах Read segments are mapped independently, allowing up to this many mismatches in each segment alignment. сегменты рида выравниваются независимо, и при этом при выравнивании каждого сегмента допускается указанное максимальное число несоответствий. Solexa 1.3 quals Качество в шкале Solexa 1.3 As of the Illumina GA pipeline version 1.3, quality scores are encoded in Phred-scaled base-64. Use this option for FASTQ files from pipeline 1.3 or later. в пайплайне Illumina GA версии 1.3 показатели качества кодируются в шкале Phred64. Используйте эту опцию для FASTQ файлов из пайплайна 1.3 или более поздних версии. Bowtie version Версия Bowtie Specifies which Bowtie version should be used. указывает, какую версию Bowtie необходимо использовать. Bowtie -n mode Режим Bowtie -n TopHat uses -v in Bowtie for initial read mapping (the default), but with this option, -n is used instead. Read segments are always mapped using -v option. по умолчанию TopHat использует -v в Bowtie для выравнивания ридов, но при выборе этой опции будет использован параметр -n. Выравнивание сегментов ридов всегда осуществляется с параметром -v. Bowtie tool path Путь The path to the Bowtie external tool. Путь до внешнего инструмента Bowtie в UGENE. SAMtools tool path Путь The path to the SAMtools tool. Note that the tool is available in the UGENE External Tool Package. Путь до инструмента SAMtools. Обратите внимание, что этот доступен в пакете внешних инструментов UGENE. TopHat tool path Путь The path to the TopHat external tool in UGENE. Путь до внешнего инструмента TopHat в UGENE. Temporary folder Временная папка The folder for temporary files. Папка для временных файлов. Use -n mode Use -v mode Aligns RNA-seq reads to a reference and finds splice junctions. Выравнивает риды RNA-seq на референсную последовательность и ищет регионы сплайсинга. Incorrect value of the library type parameter for Cufflinks! Incorrect value of the library type parameter for Cufflinks! Unrecognized value of the Bowtie mode option! Unrecognized value of the Bowtie mode option! U2::LocalWorkflow::VcfConsensusPrompter Apply VCF variants from %1 to fasta file %2 and save consensus sequence to %3. Применяются вариации VCF из %1 к файлу в формате fasta%2, консенсус сохраняется в %3. U2::LocalWorkflow::VcfConsensusWorker Input fasta slot is empty Input fasta slot is empty Input vcf slot is empty Input vcf slot is empty Input FASTA and VCF Входные FASTA и VCF FASTA url Путь до FASTA VCF url Путь до VCF Fasta consensus url Путь до консенсуса в формате Fasta Output FASTA consensus Записать консенсус в формате FASTA The path to the output file with the result consensus. путь до выходного файла с консенсусом. Create VCF Consensus Создание консенсуса с помощью VCF Apply VCF variants to a fasta file to create consensus sequence. этот элемент применяет список вариаций в формате VCF к файлу в формате FASTA для создания консенсуса. U2::MACSSupport MACS - Model-based Analysis of ChIP-Seq data, which analyzes datagenerated by short read sequencers such as Solexa's Genome Analyzer. MACS empirically models the shiftsize of ChIP-Seq tags, and uses it to improve the spatial resolution of predicted binding sites.MACS also uses a dynamic Poisson distribution to effectively capture local biases in the genome,allowing for more robust predictions. MACS compares favorably to existing ChIP-Seq peak-finding algorithms, and is freely available. MACS - Model-based Analysis of ChIP-Seq data, который анализирует данные полученные из коротких ридов подобно Solexa's Genome Analyzer. MACS эмпирически моделирует ChIP-Seq ярлыки, и использует их для улучшения пространственного разрешения прогнозируемых обязательных участков. U2::MACSTask MACS peak calling MACS peak calling U2::MAFFTLogParser MAFFT has switched to the memsave mode. UGENE is unable to track its progress. MAFFT has switched to the memsave mode. UGENE is unable to track its progress. U2::MAFFTSupport MAFFT is a multiple sequence alignment program for unix-like operating systems. MAFFTэто программа для выравнивания множественных наборов последовательностей. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::MAFFTSupportContext Align with MAFFT... Выравнивание с помощью MAFFT... Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::MAFFTSupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена U2::MAFFTSupportTask MAFFT alignment started MAFFT alignment started Saving data to temporary file '%1' Saving data to temporary file '%1' Subdir for temporary files exists. Can not remove this folder. Subdir for temporary files exists. Can not remove this folder. Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Can not open output file: Can not open output file: May be %1 tool path '%2' not valid? May be %1 tool path '%2' not valid? Output file '%1' not found Output file '%1' not found Output file '%3' not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file '%3' not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Loading output file '%1' Loading output file '%1' Failed to apply the result of aligning with MAFFT: alignment object is not available! Failed to apply the result of aligning with MAFFT: alignment object is not available! MAFFT alignment successfully finished MAFFT alignment successfully finished Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. U2::MAFFTWithExtFileSpecifySupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена Open an alignment file Открыть выравнивание Save an multiple alignment file Сохранить выравнивание Kalign with Align Выравнивание с помощью Kalign Input file is not set! Не указан входной файл! Output file is not set! Не указан выходной файл! U2::MAFFTWithExtFileSpecifySupportTask Unrecognized input alignment file format Unrecognized input alignment file format U2::MafftAddToAlignmentTask Align sequences to alignment task Align sequences to alignment task Align sequences to an existing alignment by MAFFT started Align sequences to an existing alignment by MAFFT started Output file '%1' not found Output file '%1' not found Output file '%3' not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file '%3' not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Loading output file '%1' Loading output file '%1' Row for updating doesn't found MAFFT alignment successfully finished MAFFT alignment successfully finished U2::MrBayesGetCalculatedTreeTask Generating output trees from MrBayes Создание выходных дереьев черезе MrBayes Output file is not found Output file is not found No trees are found Деревья не найдены U2::MrBayesPrepareDataForCalculation Generating input file for MrBayes Создание входного файла для MRBayes U2::MrBayesSupport MrBayes is a program for the Bayesian estimation of phylogeny.Bayesian inference of phylogeny is based upon a quantity called the posterior probability distribution of trees, which is the probability of a tree conditioned on the observations. The conditioning is accomplished using Bayes's theorem. The posterior probability distribution of trees is impossible to calculate analytically; instead, MrBayes uses a simulation technique called Markov chain Monte Carlo (or MCMC) to approximate the posterior probabilities of trees. MrBayes это программа для байесовского анализа и выбора модели в широком диапазоне филогенетических и эволюционных моделей. MrBayes использует методы Монте-Карло для оценки распределения параметров модели. U2::MrBayesSupportTask MrBayes tree calculation MrBayes вычисление деревьев U2::MrBayesWidget Substitution model Модель замен Rate Matrix (fixed) Матрица оценок Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::PathLineEdit Select a file Выберите файл U2::Peak2GeneFormatLoader Incorrect start position at line %1: '%2' Incorrect end position at line %1: '%2' Incorrect peak score at line %1: '%2' Incorrect NA value at line %1: '%2' U2::Peak2GeneSupport peak2gene - Gets refGenes near the ChIP regions identified by a peak-caller peak2gene - получает refGenes рядом с регионами ChIP идентифицированных пиками U2::PerlSupport Perl scripts interpreter Perl scriptsинтерпретатор U2::PhmmerSearchDialog Search Искать Cancel Отмена Select query sequence file Query sequence file path is empty Error Ошибка Cannot create an annotation object. Please check settings Невозможно создать аннотацию. Проверьте настройки Error: bad arguments! U2::PhmmerSearchTask Search with phmmer Query sequence: Task was not finished Result annotation table: Result annotation group: Result annotation name: Results count: Cannot create a folder for temporary files. U2::PhyMLGetCalculatedTreeTask Generating output trees from PhyML Generating output trees from PhyML Output file is not found Output file is not found No trees are found Деревья не найдены No result tree in PhyML output No result tree in PhyML output U2::PhyMLLogParser PhyML finished with error PhyML finished with error UGENE internal error UGENE internal error U2::PhyMLPrepareDataForCalculation Generating input file for PhyML Generating input file for PhyML Internal UGENE error Internal UGENE error Can not open tmp file Can not open tmp file U2::PhyMLSupport PhyML is a simple, fast, and accurate algorithm to estimate large phylogenies by maximum likelihood PhyML это простой, быстрый и точный алгоритм для построения больших филогенетических деревьев методом максимального правдоподобия U2::PhyMLSupportTask PhyML tree calculation PhyML tree calculation UGENE internal error UGENE internal error U2::PhyMlWidget Open an alignment file Открыть выравнивание File with the starting tree is not set. File with the starting tree doesn't exist. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::PrepareInputFastaFilesTask Prepare input FASTA files File '%1' was skipped. Cannot detect the file format. U2::PrepareInputForCAP3Task Failed to initialize sequence writer. Failed to initialize sequence writer. Failed to write sequence %1 Failed to write sequence %1 U2::PrepareInputForSpideyTask Failed to write DNA sequence %1 Failed to write DNA sequence %1 U2::PrepareReferenceSequenceTask Prepare reference sequence No reference sequence in the file: More than one sequence in the reference file: Unable to cast gobject to sequence object The input reference sequence '%1' contains characters that don't belong to DNA alphabet. U2::PythonModuleDjangoSupport : Python module for the %1 tool : Python модуль для инструмента %1 U2::PythonModuleNumpySupport : Python module for the %1 tool : Python модуль для инструмента %1 U2::PythonModuleSupport Python module is not installed. Install module or set path to another Python scripts interpreter with installed module in the External Tools settings Python модуль не установлен. Установите модель или укажите другой путь с установленным модулем в настройках внешних инструментов U2::PythonSupport Python scripts interpreter Python интерпретатор U2::RModuleCelegansdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleDrosophila2dbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleGodbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleGostatsSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleHgu133adbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleHgu133bdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleHgu133plus2dbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleHgu95av2dbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleMouse430a2dbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleOrgceegdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleOrgdmegdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleOrghsegdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleOrgmmegdbSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleSeqlogoSupport : Rscript module for the %1 tool : Rscript модуль для инструмента %1 U2::RModuleSupport R module is not installed. Install module or set path to another R scripts interpreter with installed module in the External Tools settings R модуль не установлен. Установите модель или укажите другой путь с установленным модулем в настройках внешних инструментов U2::RSupport Rscript interpreter Rscript интерпретатор U2::RemoveGapsFromSequenceTask Remove gaps from the sequence Find gaps in the sequence U2::RunCap3AndOpenResultTask CAP3 run and open result task CAP3 run and open result task Invalid CAP3 task Invalid CAP3 task Project loader is NULL Project loader is NULL U2::SaveAlignmentTask Export alignment to '%1' Export alignment to '%1' An alignment is empty An alignment is empty U2::SaveMSA2SequencesTask Export alignment to sequence: %1 Export alignment to sequence: %1 U2::SaveSequenceTask Save sequence '%' format is not registered U2::SeqPosSupport SeqPos - Finds motifs enriched in a set of regions. SeqPos - ищет мотивы, обогащенные в наборе регионов. U2::SnpEffDatabaseListModel Genome Геном Organism U2::SnpEffDatabaseListTask SnpEff Database List task U2::SnpEffParser A problem occurred during allocating memory for running SnpEff. Check the "Tasks memory limit" parameter in the UGENE Application Settings.It is recommended to set this value to the available RAM on the computer. There is not enough memory to complete the SnpEff execution.It is recommended to run SnpEff on a computer with RAM 4Gb or more. Failed to download SnpEff database. Check your internet connection. Genome database '%1' is not found. U2::SnpEffSupport SnpEff: Genetic variant annotation and effect prediction toolbox. SnpEff: инструмент генетического варианта аннотации и прогнозирования эффекта. Failed to get SnpEff database list U2::SnpEffTask SNPEff dataDir is not initialized. SNPEff dataDir is not initialized. U2::SpadesSupport SPAdes - St. Petersburg genome assembler - is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. Official site: http://bioinf.spbau.ru/spades SPAdes - геномный сборщик, разработанный в Санкт-Петербурге. Официальный сайт: http://bioinf.spbau.ru/spades U2::SpadesTask Folder does not exist: Folder does not exist: U2::SpideyAlignmentTask Output file not found Выходной файл не найден Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Failed to open result file %1 Failed to open result file %1 U2::SpideySupport Spidey is mRNA-to-DNA alignment program. Binaries can be downloaded from http://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/spideyexec.html Spideyэто программа для выранивания mRNA-to-DNA. Программа может быть скачана http://www.ncbi.nlm.nih.gov/spidey/spideyexec.html Wheelan SJ, Church DM, Ostell JM. Wheelan SJ, Church DM, Ostell JM. Spidey: a tool for mRNA-to-genomic alignments Spidey: a tool for mRNA-to-genomic alignments Genome Res. 2001 Nov;11(11):1952-7. Genome Res. 2001 Nov;11(11):1952-7. U2::SpideySupportContext Align sequence to mRNA Выровнять последовательность на мРНК Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::SpideySupportTask Failed to align mRNA to genomic sequence: no alignment is found. Failed to align mRNA to genomic sequence: no alignment is found. U2::TBlastXPlusSupportTask Unexpected settings combination Unexpected settings combination U2::TCoffeeSupport T-Coffee is a multiple sequence alignment package. T-Coffee это пакет для множественного выравнивания. Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::TCoffeeSupportContext Align with T-Coffee... Выравнивание с помощью T-Coffee... Path for %1 tool not selected. Путь для %1 не установлен. Do you want to select it now? Выбрать сейчас? U2::TCoffeeSupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена U2::TCoffeeSupportTask Unsupported alphabet: %1 Unsupported alphabet: %1 T-Coffee alignment started T-Coffee alignment started Saving data to temporary file '%1' Saving data to temporary file '%1' Subdir for temporary files exists. Can not remove this folder. Subdir for temporary files exists. Can not remove this folder. Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Output file %1 not found Output file %1 not found Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Output file %3 not found. May be %1 tool path '%2' not valid? Loading output file '%1' Loading output file '%1' Failed to apply the result of TCoffee: alignment object is not available! Failed to apply the result of TCoffee: alignment object is not available! T-Coffee alignment successfully finished T-Coffee alignment successfully finished Can not remove folder for temporary files. Can not remove folder for temporary files. U2::TCoffeeWithExtFileSpecifySupportRunDialog Align Выровнять Cancel Отмена Open an alignment file Открыть выравнивание Save an multiple alignment file Сохранить выравнивание Kalign with Align Выравнивание с помощью Kalign Input file is not set! Не указан входной файл! Output file is not set! Не указан выходной файл! U2::TCoffeeWithExtFileSpecifySupportTask Unrecognized input alignment file format Unrecognized input alignment file format U2::TabixSupport Tabix is a generic indexer for TAB-delimited genome position files Tabixэто индексатор для TAB-файлов с разделителями позиции генома U2::TabixSupportTask Generate index with Tabix task Generate index with Tabix task Tabix indexing started Tabix indexing started Input file '%1' is already bgzipped Input file '%1' is already bgzipped Saving data to file '%1' Saving data to file '%1' U2::TabulatedFormatReader IO adapter is not opened U2::TopHatSupportTask Running TopHat task Running TopHat task An unexpected error has occurred during preparing the TopHat task! An unexpected error has occurred during preparing the TopHat task! Preparing TopHatSupportTask internal error: unable to get a sequence object! Preparing TopHatSupportTask internal error: unable to get a sequence object! TopHat was not able to map reads to the reference. There are no accepted hits in the result There are no accepted hits in the result U2::UserAppsSettings Temporary UGENE dir is empty Temporary UGENE dir is empty U2::VcfConsensusSupport Apply VCF variants to a fasta file to create consensus sequence. Применяет VCF вариации для файла fasta для создания консенсуса. U2::VcfConsensusSupportTask Create Vcf Consensus Create Vcf Consensus VcfConsensus started VcfConsensus started AppSettings is NULL AppSettings is NULL UserAppsSettings is NULL UserAppsSettings is NULL Temporary folder is not set! Temporary folder is not set! Can not create folder for temporary files. Не удаётся создать папку для временных файлов. Saving temporary data to file '%1' Saving temporary data to file '%1' ExternalToolRegistry is NULL ExternalToolRegistry is NULL There is no VcfConsensus external tool registered There is no VcfConsensus external tool registered There is no Tabix external tool registered There is no Tabix external tool registered Trying to get path of NULL external tool Trying to get path of NULL external tool Path to %1 Path to %1 U2::Workflow::BlastAndSwReadTask Map one read with BLAST & SW task A problem occurred while mapping "%1" to "%2". %1 was skipped. No BLAST results. %1 was skipped. Low similarity: %2. Minimum similarity was set to %3 Read doesn't contain meaningful data The %1 algorithm is not found. Add the %1 plugin. The %1 algorithm is not found. Check that the %1 plugin is up to date. U2::Workflow::BlastReadsSubTask Map reads with BLAST & SW task The task uses a temporary folder to process the data. The folder path is required not to have spaces. Please set up an appropriate path for the "Temporary files" parameter on the "Directories" tab of the UGENE Application Settings. U2::Workflow::ComposeResultSubTask Compose alignment No read satisfy minimum similarity criteria. The related chromatogram not found U2::Workflow::FormatDBSubTask Format DB task wrapper The task uses a temporary folder to process the data. It is required that the folder path doesn't have spaces. Please set up an appropriate path for the "Temporary files" parameter on the "Directories" tab of the UGENE Application Settings. U2::Workflow::IntegralBusPort '%1' slot must be not binded '%1' слот не должен быть связан One of these slots must be not empty: '%1', '%2' Один из этих слотов не должен быть пустым: '%1', '%2' Only one of these slots must be binded: '%1', '%2' Только один из этих слотов должен быть связан: '%1', '%2' The slot must be not empty: '%1' Слот не должен быть пустым: '%1' Error! One of these slots must be not empty: '%1', '%2' Ошибка! Один из этих слотов не должен быть пустым: '%1', '%2' Error! You can not bind one of sequences slots and one of url slots simultaneously Ошибка! Вы не можете связать слот последовательности и слот пути одновременно UserAppsSettings Temporary UGENE dir is empty Temporary UGENE dir is empty