BuildSuffixArraySettingsReference fragmentationРазбиение референса<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">This parameter influences the number of parts the
reference will be divided. It is better to make it bigger, but it influences the
amount of memory used during the alignment.</span></p></body></html><!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Этот параметр влияет на количество частей
на которое будет разделен референс. Лучше, когда их больше, но это существенно влияет на
количество памяти, используемое для выравнивания.</span></p></body></html>ResourcesTotal memory usage:Использование памяти:System memory size:Доступно памяти:GenomeAlignerSettingsFormФормаChech this box if mismatches between the reference sequence and the reads are allowed.Отметьте этот чекбокс если допускается несоответствие с референсной последовательностью.Mismatches allowedДопустимо несоответствийSelect the number of mismatched nucleotides allowed.Задайте допустимое число несоответствий.Select the percentage of mismatches allowed. Note, that absolute number of mismatches can vary for different reads.Задайте допустимое число несоответствий в процентах.Mismatches numberЧисло несоответствийCommon parametersОбщие параметрыPercentage of mismatchesДоля несоответствийSet short reads aligning options.Установите настройки выравнивания.Use both the read and its reverse complement during aligning.Использовать риды и обратно-комплементарные риды в процессе выравнивания.Align reverse complement readsВыровнять обратно-комплементарные риды<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Report only about best alignments (in terms of mismatches).</span></p></body></html><!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Только отчет о лучших выравнивания (с точки зрения несоответствия).</span></p></body></html>Use "best"-mode during the alignmentИспользовать "best" режим в процессе выравниванияUse an openCL-enabled GPU during the aligning.Использовать доступные openCL GPU в процессе выравнивания.Use GPU-optimizationИспользовать GPU оптимизациюAdvanced parametersДополнительные параметрыMaximum memory for short readsМаксимум требуемой памятиTotal memory usage:Использовано памяти:System memory size:Доступно памяти:Index parametersПараметры для индексаReference fragmentationРазбиение референсаIndex memory usage size:Использование памяти для индекса:You can choose a temporary directory for saving index files for the reference that will be built during the alignment. If you need to run this algorithm one more time with the same reference and with the same reference fragmentation parameter, you can use this prebuilt index that will be located in the temporary directory.Directory for index files:Folder for index files:Папка для индексных файлов:Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads that have no qualities are not omited.Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются.<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Allows one to decrease the load on the computer on one side and to increase the computation speed of the task on the other side.
</span></p></body></html><!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Позволяет снизить нагрузку на компьютер с одной стороны и увеличить скорость вычислений задачи с другой.
</span></p></body></html><!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">This parameter influences the number of parts the
reference will be divided. It is better to make it bigger, but it influences the
amount of memory used during the alignment.</span></p></body></html><!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.0//EN" "http://www.w3.org/TR/REC-html40/strict.dtd">
<html><head><meta name="qrichtext" content="1" /><style type="text/css">
p, li { white-space: pre-wrap; }
</style></head><body style=" font-family:'MS Shell Dlg 2'; font-size:8.25pt; font-weight:400; font-style:normal;">
<p style=" margin-top:0px; margin-bottom:0px; margin-left:0px; margin-right:0px; -qt-block-indent:0; text-indent:0px;"><span style=" font-size:8pt;">Этот параметр влияет на количество частей
на которое будет разделен референс. Лучше, когда их больше, но это существенно влияет на
количество памяти, используемое для выравнивания.</span></p></body></html>You can choose a temporary folder for saving index files for the reference that will be built during the alignment. If you need to run this algorithm one more time with the same reference and with the same reference fragmentation parameter, you can use this prebuilt index that will be located in the temporary folder.Вы можете задать временную папку для сохранения индексных файлов для референса, которые будут построены в процессе выравнивания. Если необходимо запустить этот алгоритм снова с той же референсной последовательностью и с тем же параметром разбиения, вы можете использовать этот индексный файл, который будет сохранен во временной папки.Specify an index to build during execution of the selected short reads aligning algorithm. If this option is selected, the value is <b>required</b>.Укажите индексный файл для выравнивания выбранным алгоритмом. Если опция выбрана, то значение <b>обязательно</b>.......Align optionsНастройки выравниванияOmit reads with qualities lower thanПропустить риды с качеством менее чемGenomeAlignerSettingsWidgetGenome aligner settingsНастройкиFoldersПапкиFolder for built indexesПапка для сохранения индексаQObjectUGENE Genome AlignerМодуль сборки контигов UGENEU2::GenomeAlignerCMDLineTaskRun genome aligner from command lineЗапустить модуль сборки контигов из командной строкиFinished parsing genome aligner options.Разбор опций модуля сборки контигов завершен.Path to reference sequence is not set.Путь до референсной последовательности не указан.Short reads list is empty.Список считываемых последовательностей пуст.Reference (index or sequence) is not set.Референс (индекс или последовательность) не установлен. --%1 Use this flag to only build index for reference sequence.
--%1 Используйте этот флаг только для построения индекса для референсной последовательности.
--%1 Path to reference genome sequence
--%1 Путь до референсной последовательности
--%1 Path to short-reads data in FASTA or FASTQ format
--%1 Путь до ридов в FASTA или FASTQ формате
--%1 Path to prebuilt index (base file name or with .idx extension). If not set, index is searched in system temporary folder. If --build-index option is applied, index will be saved to specified path.
--%1 Путь до индекса (только имя или с расширением .idx). Если не задан, будет произведен поиск индекса во временной папки. Если --build-index опция применена, индекс будет сохранен в указанное место.
--%1 Path to output alignment in UGENEDB or SAM format (see --%2)
--%1 Путь до выходного выравнивания в формате UGENEDB или SAM формате (см. --%2)
--%1 Memory size (in Mbs) reserved for short-reads. The bigger value the faster algorithm works. Default value depends on available system memory.
--%1 Размер памяти (в Mb) зарезервированный для коротких ридов. Большее значение обеспечит более быструю работу алгоритма. Значение по умолчанию зависит от доступной памяти.
--%1 Index fragmentation size (in Mbs). Small fragments better fit into RAM, allowing to load more short reads. Default value is 10.
--%1 Размер разбиения индекса (в Mb). Небольшие фрагменты лучше вписываются в оперативной памяти, позволяющие загружать больше коротких ридов. Значение по умолчанию 10.
--%1 Absolute amount of allowed mismatches per every short-read (mutually exclusive with --%2). Default value is 0.
--%1 Абсолютное значение разрешенных несовпадений для каждого короткого рида (взаимоисключающее --%2). Значение по умолчанию 0.
--%1 Percentage amount of allowed mismatches per every short-read (mutually exclusive with --%2). Default value is 0.
--%1 Значение в процентах количества разрешенный несоответствий для каждого короткого рида (взаимоисключающее --%2). Значение по умолчанию 0.
--%1 Use both the read and its reverse complement during the aligning.
--%1 Использовать риды и обратно комплементарные риды в процессе выравнивания.
--%1 Report only about best alignments (in terms of mismatches).
--%1 Включить в отчет только наилучшее выравнивание (в терминах несовпадений).
--%1 Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads which have no qualities are not omitted. Default value is 0.
--%1 Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются. Значение по умолчанию 0. --%1 Output aligned reads in SAM format. Default value is false.
--%1 Выходные риды в формате SAM. Значение по умолчанию - нет.
U2::GenomeAlignerIndexTaskFile %1 is not found. Try to create index another time.Файл %1 не найден. Попробуйте создать индекс еще раз.Can not init short reads loader. %1Невозможно загрузить короткие риды. %1U2::GenomeAlignerPluginUGENE Genome AlignerМодуль сборки контигов UGENEAssembly DNA to reference sequenceСборка контигов по последовательностиUGENE Short Reads AlignerМодуль сборки контигов UGENEUGENE Genome Aligner is an efficient and fast tool for short read alignment.It has 2 work modes: build index and align short reads (default mode).
If there is no index available for reference sequence it will be built on the fly.
Usage: ugene --genome-aligner { --option[=argument] }
Options
--------
%1
Examples
--------
Build index for reference sequence:
ugene --genome-aligner --build-index --reference=/path/to/ref
Align short reads using existing index:
ugene --genome-aligner --reference=/path/to/ref --short-reads=/path/to/reads --result=/path/to/result
Модуль сборки контигов UGENE это быстрый и эффективный инструмент для выравнивания коротких ридов. Он имеет два режима работы: построение индекса и выравнивание коротких ридов (режим по умолчанию).
Если индекса для референсной последовательности нет, он будет построен в процессе.
Использование: ugene --genome-aligner { --option[=argument] }
Опции
--------
%1
Примеры
--------
Построение индекса для референсной последовательности:
ugene --genome-aligner --build-index --reference=/path/to/ref
Выравнивание ридов используя построенный индекс:
ugene --genome-aligner --reference=/path/to/ref --short-reads=/path/to/reads --result=/path/to/resultU2::GenomeAlignerSettingsWidgetThis index file is corrupted. Please, load a valid index file.Этот индексный файл поврежден. Пожалуйста, загрузите другой индексный файл.The index folder has already contain the prebuilt index. But its reference fragmentation parameter is %1 and it doesn't equal to the parameter you have chosen (%2).
Press "Ok" to delete this index file and create a new during the aligning.
Press "Cancel" to change this parameter or the index folder.Индексная папка уже содержит индекс. Но параметр разбиения %1 и это не совпадает с параметром, который задан (%2).
Нажмите "ОК" чтобы удалить этот индексный файл и создать новый в процессе выравнивания.
Нажмите "Отмена" чтобы изменить параметр или индексную папку.Set index files folderВыбрать индексную папкуU2::GenomeAlignerTaskGenome Aligner settingsНастройки модуля сборки контиговIndex file name: %1Имя индексного файла: %1Use prebuilt index: %2Использовать индекс: %2Can not init short reads loader.Невозможно загрузить короткие риды.The aligning is finished.Выравнивание завершено.Whole working time = %1.Время выполнения = %1.%1% reads aligned.%1% ридов было выровнено.Short-reads loading time = %1Время загрузки ридов = %1Results writing time = %1Время записи результатов = %1Index loading time = %1Время загрузки индекса = %1Short-reads IO time = %1Время IO коротких ридов = %1U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerBuildPrompterBuild genome aligner index from %1 and send it url to output.Построить индекс из %1 и отравить его путь на выход.U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerBuildWorkerReferenceРеференсная последовательностьReference sequence url. The short reads will be aligned to this reference genome.Путь до референсной последовательности. Короткие риды будут выровнены на эту референсную последовательность.Genome aligner index builderПостроение индекса модуля сборки контиговGenomeAlignerBuild builds an index from a set of DNA sequences. GenomeAlignerBuild outputs a set of 3 files with suffixes .idx, .ref, .sarr. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference.GenomeAlignerBuild строит индекс из набора ДНК последовательностей. На выходе получается набор из трех файлов с расширениями .idx, .ref, .sarr. Эти файлы вместе составляют индекс: они все необходимы для выравнивания ридов на рефенсную последовательность.IndexИндексOutput index url.Путь до индексного файла.Reference fragmentationРазбиение референсаReference fragmentation sizeРазмер референсного разбиенияReference sequence URL is emptyНеу казан путь до референсной последовательностиResult index URL is emptyНе указан путь до индексаGenome aligner index building finished. Result name is %1Построение индекса завершено. Результирующее имя %1U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerIndexReaderPrompterRead genome aligner index from %1 and send it url to output.Построить индекс из %1 и отравить его путь на выход.U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerIndexReaderWorkerGenome aligner indexИндекс модуля сборки контиговResult of genome aligner index builder.Результат построения индекса.Genome aligner index readerЧтение индексаRead a set of several files with extensions .idx, .ref, .X.sarr. These files together constitute the index: they are all that is needed to align reads to that reference.Чтение набора нескольких файлов с расширениями .idx, .ref, .X.sarr. Эти файлы вместе составляют индекс: они необходимы для выравнивания ридов на референс.IndexИндексSelect an index file with the .idx extensionВыберите индексный файл с расширением .idxIndex URL is emptyНе указан путь до индексаReading genome aligner index finished. Result name is %1Чтение индекса завершено. Результирующее имя %1U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerPrompterunsetне указанAligns reads from <u>%1</u> Выровненные риды из <u>%1</u> to reference genome <u>%1</u>. на референсную последовательность <u>%1</u>.U2::LocalWorkflow::GenomeAlignerWorkerIs absolute mismatches values?Это абсолютное число несоответствий?Bowtie2 cannot recognize read pairs from the same file. Please, perform demultiplexing first.Bowtie2 не может распознать пары ридов из того же файла. Пожалуйста, выполните демультиплексирование в первую очередь.The slot must be not empty: '%1'Слот не может быть пустым: '%1'URL of a file with readsПуть до файла с ридамиInput reads to be aligned.Входные риды будут выровнены.URL of a file with mate readsПуть до файла со вспомогательными ридамиInput mate reads to be aligned.Вспомогательные риды будут выровнены.Genome aligner dataДанные модуля сборки контиговInput reads to be aligned with Bowtie2.Входные риды будут выровнены при помощи Bowtie2.Assembly URLПуть до сборкиOutput assembly URL.Выходной путь для сборки.Genome aligner output dataВыходные данные модуля сборки контиговOutput assembly files.Выходные файлы сборки.Output folderВыходная папкаFolder to save UGENE genome aligner output files.Папка для сохранения выходных файлов модуля сборки контигов.Output file nameИмя выходного файлаBase name of the output file. 'out.sam' by defaultБазовое имя для выходных файлов. По умолчанию 'out.sam'Reference genomeРеференсная последовательностьPath to indexed reference genome.Путь до индексированной референсной последовательности.<html><body><p><b>true</b> - absolute mismatches mode is used</p><p><b>false</b> - percentage mismatches mode is used</p> You can choose absolute or percentage mismatches values mode.</body></html><html><body><p><b>true</b> - используется абсолютное значение несоответствий</p><p><b>false</b> - используется процентное значение несоответствий</p> Вы можете выбрать абсолютный или процентный режим.</body></html>Absolute mismatchesАбсолютное число несоответствий<html><body>Number of mismatches allowed while aligning reads.</body></html><html><body>Число несоответствий, допустимое при сборке контигов из считываемых последовательностей.</body></html>Percentage mismatchesПроцентное число несоответствий<html><body>Percentage of mismatches allowed while aligning reads.</body></html><html><body>Процентное число несоответствий, допустимое при собрке контигов из считываемых последовательностей.</body></html>Align reverse complement readsВыровнять обратно-комплементарные риды<html><body>Set this option to align both direct and reverse complement reads.</body></html><html><body>Выбрать эту опцию, чтобы выровнять риды и обратно комплементарные риды.</body></html>Use "best"-modeИспользовать "best" режим<html><body>Report only the best alignment for each read (in terms of mismatches).</body></html><html><body>Включить в отчет только наилучшее выравнивание (в терминах несовпадений)</body></html>
Omit reads with qualities lower thanПропустить риды с качеством менее чем<html><body>Omit reads with qualities lower than the specified value. Reads that have no qualities are not omited. <p>Set <b>"0"</b> to switch off this option.</p></body></html><html><body>Пропустить риды с качеством ниже указанного значения. Риды, которые не имеют оценки качества не пропускаются. <p>Установите <b>"0"</b> чтобы переключить эту опцию.</p></body></html>Align Reads with UGENE Genome AlignerВыравнивание с помощью модуля сборки контигов UGENEUse GPU-optimizationИспользовать GPU оптимизацию<html><body>Use GPU-calculatings while aligning reads. This option requires OpenCL-enable GPU-device.</body></html><html><body>Использовать GPU-вычисления в процессе выравнивания. Эта опция требует наличие устройства OpenCL GPU.</body></html>Unique UGENE algorithm for aligning short reads to reference genomeУникальный алгоритм UGENE для сборки контигов из считываемых последовательностей по референсному геномуShort reads list is empty.Список считываемых последовательностей пуст.U2::ShortReadAlignerCPU[%1] Index size for part %2/%3 is zero, skipping it.[%1] Размер индекса для части %2/%3 равен нулю, пропустить его.U2::ShortReadAlignerOpenCLIndex size for part %1/%2 is zero, skipping it.Размер индекса для части %1/%2 равен нулю, пропустить его.